在DA总部发生的事之后,过着顺利的LycoReco生活的千束和泷奈。有一天,千束发现泷奈的内衣是■■■■■■......。对自己太不关心了,千束惊呆了,决定把泷奈带去购物!

千束接收到了来自肌萎缩性侧索硬化症晚期患者的委托，委托人期盼能够在有保护的情况下游览东京。千束一行人在执行保护任务时，危机正悄然来临。

即使有DA的补助金，LycoReco的收支仍逐渐拮据，泷奈于是担下了会计的职位。为减少支出，泷奈要求千束减少弹药使用量、尽量不要破坏现场。泷奈还想出新款的巧克力百汇，以代替制作成本高的特制百汇，不料其独特的造型意外爆红，吸引大量人潮光顾。在增加委托案、来客数暴增的状况下，LycoReco逐渐转亏为盈，店内还增购了唱片机、洗碗机和机器店员。隔日，千束原预定去做定期健康检查，不料被真岛堵在家中。真岛提起在电波塔事件，Lycoris处于劣势之时，是千束凭借超高的反应能力打倒包括真岛在内的袭击者。真岛表示自己是被看上杀人才能而受到赞助的，然而千束不愿相信吉松会帮助罪犯。回到LycoReco，泷奈送给千束一个狗造型吊饰，千束把它挂在书包上。千束去做了定期检查，不料被潜入的姫蒲弄昏，打算对千束的人工心脏动手脚。

就在延空木事件似乎已经尘埃落定之际，本应在旧电波塔里被击败的真岛再次出现在千束面前。声称在延空木安置了炸弹的真岛，以炸弹引爆为赌注要与千束一决高下。随着千束的时间限制临近，最后的战斗开始了……