Après leur vie majestueuse dans l'hôtel de Monsieur Tipton, Zack et Cody embarquent dans son bateau, au grand malheur de Moseby. Ils y retrouvent London et se lient d'amitié avec leurs compagnons de chambre : Cody ne peut plus vivre avec Woody qui est sale et Zack doit vivre avec un garçon plutôt étrange... London, elle, paie sa compagne de chambre pour qu'elle quitte le bateau, voulant rester seule. Le garçon étrange est en fait une fille nommée Bailey dont les jumeaux tombent amoureux. En ayant marre des cours, London s'échappe avec un hélicoptère...

Woody, Bailey, Cody, Zack, Moseby et Mademoiselle Tutweiller partent à l'île aux perroquets où se trouve London. Mais ils se font capturer par un habitant qui estime que c'est à cause de Monsieur Tipton si tous les arbres sont rasés et que la ville n'est plus la même... Ils vont tout tenter pour essayer de se libérer avant que le bateau ne reparte.

Zack va utiliser tous l'argent qui sert à son frère et lui pour manger pour faire une fête.Pour regagner de l'argent Cody va affronter un grand professionnel lors d'un concours de yoyo mais il va perdre...

Zack tombe amoureux d'une jeune fille riche, Violette, qui est déjà fiancée à un homme plutôt jaloux et méchant. Zack sympathise avec elle et ils deviennent très complices. Le fiancé de Violette, pour montrer qu'il est plus riche que Zack, offre à Violette un bijou très précieux. Mais Violette n'est pas très impressionnée par ce bijou. Jaloux de Zack, le fiancé décide alors de se venger : il va voler le bijou, le rein des océans, et le glisse dans la poche de Zack. Cody, quant à lui, essaie de déterminer l'animal le plus intelligent entre celui de Bailey et celui de London. Mais il n'y arrive pas...

Zack et Cody enfreignent le couvre-feu pour aller voir un spectacle réservé aux adultes, accompagnés de Woody. Une des femmes du show tend sa jambe devant Zack, qui y voit une petite chaîne rouge. Le lendemain, en ramassant des cartes devant le bureau de Mlle Tutweiller, il y reconnaît la même chaîne ! Mais Bailey et London essaient de prouver aux jumeaux que leur professeur sort avec Moseby. Donc, Bailey et London vont s'intégrer aux danseuses et regarder les chevilles de chacune...

Cody est bien décidé à avouer son amour à Bailey, mais aujourd'hui est un jour particulier : c'est le jour où le bateau va passer la ligne de changement de date. Lors de la soirée organisée, Cody est frappé par un éclair et revit donc la même journée un bon nombre de fois. Mais avant chaque éclair, il se rapproche du moment de révéler ses sentiments à Bailey...

Lors d'une escale en Grèce, les jumeaux font la connaissance du cousin d'Arwin... Mais ce dernier va se révéler pas très futé et très maladroit comme son cousin d'ailleurs ! Cody offre à Bailey un collier.

Cody et Bailey doivent faire un exposé de science et Cody essaie de prouver l'existence d'un monstre marin mais Zack, au courant du plan de son frère, va utiliser un jouet pour lui faire peur !

Barbara, l'ex- petite amie de Cody, vient passer quelques jours sur le bateau. Voyant qu'elle a pour petit ami un de ses anciens camarades au SS Tipton, il fait croire qu'il est avec Bailey sous le coup de la jalousie. Zack se plaint : l'ancien ami qu'il avait à Boston n'écoute que celle qu'il aime. Au cinéma du bateau, pendant le film "Fleurs et Chocolats", Cody essaie désespérément d'impressionner Barbara. À la fin, tout le monde s'excuse auprès de l'autre en lui offrant un ours en peluche !

Bailey découvre que London se moque de ses vêtements lors de son émission sur internet : "Vive-moi". La riche fille n'hésite pas une seconde à l'humilier devant tous les habitants du bateau, déplaçant même son lit du pont supérieur au pont central. Pour se faire pardonner, London organise un dîner aux chandelles pour Bailey avec un garçon plutôt mignon. Mais cette dernière gâche tout en croyant que les caméras sont cachées, encore une fois pour l'humilier.

Sur Internet, il y a le test des amoureux qui circule. Chacun s'y est inscrit. Cody va voir les réponses de Bailey pour voir quel type de garçon elle préfère et essayer de la séduire tandis que Zack et London ont modifié celles de Moseby et Mlle Tutweiller pour qu'ils se mettent ensemble et qu'ils les laissent tranquilles...

Lors d'une escale, Cody décide d'intégrer la quête spirituelle avec certaines autres personnes. Mais il se trouve que le chef est un voleur, un chenapan car il va tout faire pour faire acheter toutes sortes de choses à Cody...

Maddie vient rendre visite à tous ses amis sur le bateau. Tous ensemble ils vont visiter un château. Le petit prince de huit ans qui loge au château voit Maddie et en tombe amoureux : il veut se marier avec elle ! Zack et Cody vont ensemble essayer de déjouer ce mariage princier...

Lors d'une escale à Rome, London tombe amoureuse d'un jeune chanteur. De leur côté, Cody et Zack essayent de manger dans un restaurant italien tres réputé pour lequel Cody a beaucoup d'admiration. Mais ils ne pourront dîner que dans 15 ans... Les deux jumeaux essaient alors de déjeuner avec Moseby, qui lui aussi a une réservation. De son côté, Bailey surprend une conversation entre l'amoureux de London et son oncle, et comprend que ce ne sont que des escrocs. Elle essaie alors de faire comprendre à London qu'elle s'est faite avoir…

Il y a de nouveaux passagers sur le bateau : le directeur de l'université de Harvard et sa fille Olivia, dont Zack tombe amoureux. Mais ce dernier a fait une mauvaise impression au père de Olivia,qui refuse donc qu'ils sortent ensemble. Zack demande donc à Cody de sortir pour de faux avec Olivia pour que son père ne se doute de rien. De son côté, London a été hypnotisée et est devenue comme Bailey.

Le père de Zack et Cody est monté à bord. Les deux ados sont fous de joie à l'idée de passer quelques jours avec leur père. Mais la mère de Zack et Cody est venue leur faire une surprise en venant les voir, et les jumeaux déchantent un peu.

Cody et Woody s'affrontent pour savoir qui accompagnera London dans l'espace, pendant ce temps, Zack anime les activités pour les seniors

Le S.S. Tipton trouve une fille à la mer, en la voyant, Zack tombe littéralement raide-dingue d'elle et fait tout pour la séduire et Woody veut lui faire croire que c'est une sirène

Bailey a le mal du Pays et quand Cody le sait il organise une fête du maïs pour qu'elle soit la reine du maïs et lui roi du maïs pour qu'il soit assorti ensemble

À cause d'une erreur de Zack, Moseby se casse le bras et la jambe. Mais tout va mal, car il doit à tout prix organiser l'anniversaire du capitaine du SS.Tipton, et surtout éviter que quelqu'un ne brise son cadeau très fragile…

Cody a promis à Bailey d'avoir des places pour le concert de Hannah Montana. Alors c'est dans cet épisode que Cody et Bailey sortent ensemble après 6 mois.

Zack et Cody rencontrent un espion qui va leur confier une mission, retrouver l'agent doigt rouge qui doit leur transmettre une puce électronique.

Un magicien arrive à bord du bateau et London tombe amoureuse de lui. Alors quand celui-ci lui présenter son assistante de spectacle, elle devient folle de jalousie ! Elle se débarrasse d'elle en faisant appel à son père qui se marie avec elle...

Zack qui a fait un acte qui déplaît à Mr. Moseby et Mlle Tutweiller, mais au lieu de le coller il le font travailler en surveillant des couloirs...

Cody devient le nouveau chef de la spécialité cuisine. Grâce à ça, il séduit les filles du groupe ce qui a le don d'agacer Bailey

Avant un examen, London est certaine qu'elle ne réussira pas cet examen. Seulement Bailey parie avec Cody qu'elle arrivera à lui faire obtenir une bonne note. Cependant quand Bailey veut faire réviser London, celle-ci n'écoute rien. Bailey va alors lui faire croire que son parfum est un parfum magique et que c'est grâce à ça, qu'elle s'en sort aussi bien

London rend visite à sa grand-mère en Thaïlande tout en croyant qu'elle vit dans un château. C'est en arrivant qu'elle se rend compte du contraire.

Lors d'un gros devoirs à rendre, Zack prend un vieux devoir de Cody. Cependant, celui-ci avait ajouté un petit paragraphe sur la phobie des bananes qui ne veut rien dire. C'est seulement lorsque Mlle Tutweiller lui rend son devoir qu'il s'en rend compte. Il va alors devoir prendre des séances avec Mr Blanckett.

Une nouvelle année scolaire commence sur le Seven Seas. Tout le monde se retrouve. À son retour, Cody a mué ce qui fait rire Bailey. London se plaint de ne pas pouvoir agrandir son dressing, elle range donc ses affaires dans un canot de sauvetage. Alors que Cody et Bailey sont devant ce canot, London pousse un cri ce qui les oblige à rentrer avec elle. Zack poursuit Woody pour avoir fait échouer son plan séduction avec une nouvelle élève. À la suite de cela, ils se retrouvent également dans ce canot. Lorsque London pousse Woody, celui-ci appuie accidentellement sur le bouton pour lâcher ce canot ce qui fait que les 5 élèves se retrouvent en mer. Ils s'échouent, grâce à Cody, sur une île déserte.

L'épisode recommence lorsque les élèves arrivent sur l'île. Bailey a quitté Cody qui est très malheureux. Sur le SS Tipton, Mlle Tutweiller et Mr Mosebyse rendent compte qu'ils ont disparu. Par accident, encore, les deux tombent également dans l'eau. London pense qu'elle est sur une île déserte 5 étoiles et donc, Woody doit faire tout ce qu'elle exige. De son côté, Cody est jaloux de son frère qui ramène à manger, construit les cabanes, trouve l'eau ce qui attire Bailey. Zack le rassure et lui dit qu'il a séduit Bailey une première fois grâce à son cerveau et non, son physique et que s'il veut la récupérer, il peut trouver un moyen pour sortir de cette île.

Zack a un nouveau colocataire, Marcus, et n'en est pas très ravi. De leur côté, Cody propose des jeux à Bailey pour lui prouver qu'il est fort, mais elle gagne toujours, ce qui rend Cody jaloux et en colère.

Jordin Sparks comes aboard the S.S. Tipton and Zack, Cody and Marcus try to write a song for her. Meanwhile, as one of London's Yay Me! contest, one of her fans gets to spend a couple days with her on the ship, but London's fan is a little crazy.

Zack and Cody receive a $200 check from their parents for their 16th Birthday, but have an argument about how to spend it. During the argument, they both wish they were an only child and once the ship enters the Bermuda Triangle, their wish comes true.

Zack, Marcus, and Woody create a fake beauty pageant so they can meet girls. When Mr. Moseby learns of their plans, he punishes them by forcing them to see it through. Meanwhile, Bailey enters the pageant to try to beat London and hires Cody as her coach, but gets mad at him when he becomes too controlling.

Zack and Cody talk to Mayor Ragnar when the boat docks in Sweden, and they are shocked to learn that their ancestors were scoundrels and not heroes like the twins originally thought. Meanwhile, Moseby gets help from Marcus to find the missing screw for his nightstand, but they accidentally get stuck in a furniture store.

Esteban boards the boat to get married, however his mother doesn't approve of his future wife.

Cody creates a web of lies to cover the fact that he didn't do his homework and it gets out of hand. Mr. Moseby and Zack get handcuffed together when their fighting gets worse.

After Mr. Moseby forbids the gang from playing football, they become interested in fantasy football.

Cody tries to find out who stole a valuable book.

While searching through an archaeological site in South America, Zack awakens the spirit of an ancient princess.

When London's father gives her one million dollars to find an invention to market, she enlists her friends to come up with a unique invention and offers them the cash as a prize. At first everyone comes up with their own ideas, but then they combine their resources, wreaking havoc on the ship with their multifunctional robot.

The gang all have dreams of being characters in three different fairy tales; Hansel and Gretel, Snow White, and Jack and the Beanstalk.

A class assignment requires the students to simulate marriage to learn the challenges that face married couples in everyday life. Cody 'marries' Bailey, Zack 'marries' London, and Woody 'marries' Addison. However, when the "Wheel of Life" gives Cody as injury, he and Bailey begin to fight.

When Mr. Moseby leaves to go to a reunion, Zack and Marcus decide to throw a party on the sky deck with models. Janice and Jessica, from the Boston Tipton, come aboard the ship as models and while Janice tries to draw Zack's attention, Cody believes Bailey is jealous of Jessica. Meanwhile, to distract the modeling agent from discovering the party, Woody pretends to be a male model named Woodlander.

Cody wants to buy earrings for Bailey, but Zack insists he bargain with the cashier for a better price. Meanwhile, London, Bailey, Marcus, and Woody discover a magic lamp that contains a genie willing to grant wishes, causing them to argue over which wishes should be granted.

The SS Tipton is going straight in the path of endangered blue whales motivating Zack, Cody, Bailey, and Marcus to try their best to change the ship's course. They lock themselves into the engine room hoping the whales will safely pass, however they discover it's not as easy as it seems. Cody begins to faint due to heat exhaustion, Marcus becomes desperate for water, and Zack loses it and tries to break free. Eventually, Kirby and Mr. Moseby break into the engine room to attempt to stop them, but after seeing the whales on Cody's laptop, they decide to go along with plan.

While producing a news show for Ms. Tutweiller's class, each of the kids find their own set of problems. Zack and Bailey clash as co-anchors, Cody makes a shocking discovery linked to London during his investigative reporting, Kirby reminisces about the good ole days, while London is having trouble with the green screen.

Centuries in the future, Starship Tipton resident prankster Zerk (Zack's great-great-great-great-great grandson) plays a joke on feuding aliens and because of it, they vow to destroy the starship. The kids must travel to the future to save their descendants and fix the problem before it's too late. Meanwhile, London discovers that she has a great-great-great-great-great grandson, Rome, and that the Starship Tipton belongs to her family.

Bailey bets London $1 million dollars that she cannot go on one week without insulting her, so London asks Mr. Blanket for help to try not to insult Bailey. When Bailey loses the bet, London insults her one million times. Meanwhile, Cody attempts to avoid the assaults of a seagull after not permitting the seagull to eat fries.

Cody and Bailey are planning to celebrate their one year anniversary when the SS Tipton docks in Paris. Cody asks London to help him make his date perfect. However, a big misunderstanding begins when Bailey sees Cody with London (who were just practicing the date) and mistakes her as the "hideous French girl". The next day, the day of the anniversary, Cody sees Bailey with another guy, Jean Luc, who was just trying to cheer her up. Bailey and Cody start arguing about the misunderstanding, and decide it would be better if they broke up. Meanwhile, Zack and Woody are pursued by art thieves.

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Cody leaves the ship following his break up with Bailey to join an elite, non-religious, monk-like club which he hopes will help him get over the break up. Zack and Woody are determined to go there and save Cody. Meanwhile, London and Miss Tutweiller try to console Bailey by giving her relationship advice.

No longer a couple, Cody and Bailey must choose who keeps Buck, their pet rat. Kirby investigates both to see who will make the better owner, but Woody is bitten by Buck, creating a super-hero alter-ego "Ratman."

The Seven Seas High dance is coming up. Having broke up, Cody and Bailey lie about having dates to the dance, so they quickly try to find a backup date to backup their lie. Now the pressure is on to see who has the best game. Meanwhile, Woody is tired of Tutweiller and Moseby arguing about who should get the skydeck for the school dance, so he makes them share the skydeck. It is revealed though flashback that Mr. Moseby and Miss Tutweiler's interest in the Middle Ages and 1980s, respectively, comes from the tribulations they endured as outcasts in their youth. Through understanding, Mr. Moseby convinces Emma that they both have become successful adults and have overcome their painful pasts.

Zack becomes attracted to a girl named Maya, but when he realizes he is actually falling in love with her, he attempts to use the six month plan Cody devised to date Bailey. Meanwhile, Dante, the boy who stole Marcus's identity in Paris, stows away on board to have Marcus produce his next album. In addition, Cody is trying to condition himself to forget about Bailey by flicking a rubber band against his wrist every time he thinks about her while she is visiting her home in Kettlecorn.

Zack, London, Woody, and Maya are all trapped in London's shoe submarine with only enough air for thirty minutes. Meanwhile, Marcus helps Cody prepare to play chess against a beautiful Russian junior champion.

When the new aqua lounge is flooded, Mr. Moseby vows to expel the student responsible for the mess. Although Mr. Moseby assumes Zack is the culprit, Cody, Bailey (who had just returned from Kettlecorn), and Woody all believe they are each responsible for the disaster for different reasons. Meanwhile, Marcus leaves the ship to make a Broadway musical based on his hit song "Retainer Baby."

Arwin comes on board the SS Tipton to improve the ship by adding a robot. However, problems start to occur when it begins to have feelings for Cody. Meanwhile, London and Woody enlist Zack's help to pass a gym class.

Maya's birthday is coming up and Zack decides to do something special for her. When singer Sean Kingston comes on board, he immediately becomes attracted to London. Zack misleads Sean Kingston into throwing a surprise party for London and also making Mr. Moseby believe it is for him, when it is actually a party for Maya. Meanwhile, Cody goes with Bailey to a Belgian chocolate factory on a couple's tour and runs into Woody who mistakenly came instead of attending a hiking trip.

Zack and Maya are officially together and she hopes he'll be able to attend her poetry reading on stage. The trouble is it's scheduled at the same time he, Cody, Woody, and Mr. Moseby are competing in an online war game for the championship against an Australian team. As a result, Zack splits his time between the two events. Meanwhile, for a community service project, London and Bailey run a daycare program for young children who seem to prefer London and Bailey doubts herself until trouble arises.

Carey joins the boys while they're in Japan when she's selected to star in a soda commercial by a businessman who's taken a liking to her when he saw her perform at the Tipton. Shooting the commercial is difficult enough since the soda is flavored with shrimp and tastes awful. Things get worse when Zack smashes an expensive camera and the family has to pay for it by becoming tasters at the soda factory. Meanwhile, Woody is able to defeat a sumo wrestler in the ring to win an unlimited ship gold card. However, having lost his confidence, the wrestler continuously hangs around Woody, getting him annoyed to the point of facing him in the ring again in hopes he finally leaves the ship. Also, London does everything she can to avoid going to the dentist.

When the ship is docked in New Orleans, Mr. Moseby tells the tale of the ghost of Captain Entenille, whose old steamship, the Jessie Belle, sunk 150 years ago. His spirit makes contact with Zack, sending him on a mission to prove the sinking of the old ship wasn't the captain's fault. Meanwhile, London and Bailey try to help Moseby overcome his fear of performing in public.

London and Woody go to a posh beach club for senior ditch day, but when the bouncer won't let Woody in, London and Zack go without him. Meanwhile, in an effort to keep their perfect attendance records, Bailey and Cody show up for class, which annoys Ms. Tutweiller who was looking forward to her day off.

Cody shows Woody's sister around the ship. Meanwhile, London hires a double to do her chores, but she falls in love with Zack.

Cody goes to a scientific research facility in Antarctica, and Zack and Woody tag along to go snowmobiling. But after they arrive, the head scientist steals their snowmobile, stranding the boys at the facility, leaving them to find ways to survive until help arrives. Meanwhile, London's favorite fashion designer comes on board to announce he's quitting the business. She eventually tries to inspire him to find some new ideas for designs and come out of retirement.

London's magic mirror takes her to a Christmas past, present and future, and realizes something which may change her forever.

After assigning the class to write their own play, Ms. Tutweiler selects Cody's play to be presented in class. However, Bailey refuses to participate after realizing the play antagonizes her role in the break-up between her and Cody, forcing Cody to act as Bailey and Zack as Cody.

London offers to take Bailey to Kettlecorn to celebrate her grandmother's 90th birthday, but when their blimp malfunctions they are forced to drive the rest of the way. Elsewhere, Zack, Cody, and Woody challenge Mr. Moseby and his brother, who is visiting with his teammates, to a game of basketball, that is until they learn his brother is NBA star Dwight Howard. Meanwhile, Cody is unsure of where or why Bailey has gone to and laments her absence, until he discovers that she went to her family farm. He decides to go there to ultimately win her affections back.

Cody arrives in Kettlecorn and is surprised to see that Moose is also there to get Bailey back. A tornado approaches and everyone evacuates into the Pickett's storm shelter. As the tornado hits, Bailey is knocked out and dreams that she is Dorothy Gale and is trying to find her way back home through the Land of Oz. As Bailey unwittingly re-enacts the story of The Wonderful Wizard of Oz, she encounters Moose as the Scarecrow, Cody as the Tin Woodman, Woody as the Cowardly Lion, Zack as a Flying Monkey, London as Glinda the Good Witch and the Wicked Witch of the West, and Mr. Moseby as a Munchkin. She wakes up from her dream and has to decide between Moose and Cody.

The group starts rebuilding Kettlecorn after the tornado, but they continue to struggle to pay off the damage. As a result, London's father, Mr. Tipton arrives (who finally reveals himself) to discuss aiding their monetary costs. Meanwhile, Zack, Woody, and Mr. Moseby attempt to sneak into Kettlecorn with a Search and Rescue team.

It's couples game night and the gang has a hard time finding a fun game everyone finds interesting. London tries to play a prank on Woody and it results in the release of a crate full of snakes. Meanwhile, Cody tries to prove he can be funny to Bailey and Zack tries to get forgiven by Maya when she learns how many girls he has dated.

After the students pull a prank on Mr. Moseby, he cancels the senior prom. So, Zack comes up with a plan to have a "secret prom". Meanwhile, Bailey tries to get everybody to vote her for prom queen while Cody helps Woody ask Addison to prom. Ultimately, the kids award the roles of king and queen to Mr. Moseby and Ms. Tutweiller.

Mr. Moseby announces that London's dad, Mr. Tipton is selling the ship and that it will be dismantled within a week.