Una cometa che avrebbe dovuto sfiorare la Terra cambia rotta di collisione, causando il panico generale. La cometa rallenta e poi esplode su Highland Beach rilasciando 4400 persone.

Tom è furioso dopo aver scoperto che Lytell ha preso in custodia suo figlio Kyle. Diana si offre di aiutarlo a liberare Kyle. Nel frattempo, Richard sospetta che Collier stia cercando di assumere il controllo della vita di Lily.

Un'insegnante terrorizza i genitori con la sua capacità di tirare fuori i talenti nascosti dei suoi studenti. Nel frattempo, Richard e Lily vengono contattati dalla polizia e Jordan avverte Shawn di non abusare del suo potere di guaritore.

Quando Tom arriva all'NTAC, scopre che non hanno mai sentito parlare dei 4400. Tom e Diana seguono un uomo in un museo e Tom trova un laboratorio misterioso che può vedere solo lui.

Tom e Diana indagano su Edwin Mayuya, un 4400 che ha la capacità di correggere malformazioni cromosomiche del feto durante la gestazione. Purtroppo si scopre che quest'uomo è anche il responsabile di un massacro avvenuto all'interno di una clinica.

Tom e Diana assumono un allucinogeno che è stato creato con un olio prodotto dalle mani di un 4400.

L'indagine di Tom e Diana su una serie di orribili omicidi li porta a scoprire un'altra cospirazione all'interno del governo. Al Centro, Shawn riceve in dono da uno dei 4400 la possibilità di vedere il suo futuro.

L'NTAC e il Centro 4400 collaborano per trovare Jordan Collier. Kyle Baldwin riceve una visita a sorpresa in prigione.

Uno studente delle superiori sviluppa un'abilità dopo un'iniezione di promicina. Tom va a trovare Isabelle in prigione, mentre Diana cerca sua sorella. Seguendo il consiglio di una ragazza di nome Cassie, Kyle riesce a far risvegliare Shawn dal coma.

Tom e Diana cercano qualcuno con la capacità di dare vita alle peggiori paure delle persone. Danny cerca l'aiuto di Shawn per trovare una dose di promicina. Cassie indirizza Kyle verso un libro che contiene una profezia su Jordan Collier.

Isabelle lavora con Tom per avvicinarsi a Jordan. Shawn raduna una piccola banda di positivi alla promicina per far scappare Kevin da Promise City. Tom e Diana si affrontano sul retro di un negozio di alimentari e Diana è costretta a sparare a Tom.

La nuova capacità di Danny Farrell di diffondere la promicina miete centinaia di vittime, tra cui sua madre. Con Seattle nel caos, l'NTAC deve accettare l'offerta d'aiuto di Promise City.