久利生公平是刚从青森地检处调到东京地检署的检察官，由于调职的时机很特别，所以被认为是一个很厉害的角色。雨宫舞子是一个很想成为检察官的事务官，原以为可以在新人久利生身上学到很多东西，所以就向上司毛遂自荐，担任久利生的事务官。但是后来发现久利生并不如自己想像中那么能干，于是便马上要求换人，但是已经为时已晚，所以她也只好忍气吞声在久利生手下工作。

　　此时城西地检署正在处理一件非常棘手的议员收贿案件，而刚来的久利生负责的是内衣小偷案件。正当大家为了找寻破解议员不在场证明的方法时，久利生也努力调查内衣小偷的案子。但是由于久利生的做法很不正常，所以引起了不少误会……

久利生公平这次接到了一件主张正当防卫的过失伤害致死案，嫌犯自称死者主动找他麻烦，后来还不断殴打他，为了要抵挡死者的殴打，他才不小心害死者摔下楼而致死。

　　可是奇怪的是，嫌犯对侦讯连一句回也不说，保持缄默。后来才得知嫌犯是一位国会议员的儿子，而他之所以保持缄默，完全是一位大律师的指导，目的就是要让检方无计可施。因为嫌犯主张正当防卫，而且又有证人提出证明，但是却又保持缄默，这种做法令久利生感到非常奇怪。于是他便不顾众人的阻止，擅自展开调查……

久利生公平与舞子在酒馆喝酒的时候，突然撞见一名失控的男子。他因为女友纱江子(森口瑶子饰)提出分手，所以愤而挥刀想要伤害纱江子，所幸被机警的久利生阻挡下来，才没有酿成大祸。 后来久利生自然承办了这件伤害案，不过在查案时才发现，曾经与纱江子交往过的男性非常多，而且几乎每一个人都有给她一笔钱。而她每次都会在得到钱后提出分手，所以久利生怀疑纱江子很可能是骗婚。

　　不过骗婚这种案子非常难证明，所以要告纱江子根本就不可能，可是后来在舞子的坚持之下，久利生决定以骗婚罪起诉纱江子……

江上(胜村政信饰)与舞子去侦讯一名疑似杀害女大学生的嫌犯小山田，但因为小山田坚称人不是自己杀的，再加上警方所采取到的证据不足，所以江上决定撤销逮捕令。没想到小山田在当天就逃出医院，检方也因此受到各方的苛责。

　　为了要证明江上的判断没有错，久利生公平(木村拓哉饰)等人开始展开案件的调查，但是却处处遭到警方的阻挠。后来在找不到新证据的情况下，小山田再度遭到逮捕，可是就在这个时候，不肯放弃的久利生终于找到小山田不是凶手的新证据……

地检署最近发生了一件检察官因为外遇而遭到贬职的事件，搞得人心惶惶，而久利生却刚好接了一件因为婚外情而引起的伤害案件。 嫌犯坚称自己并没有杀伤自己的老婆，但是他的老婆跟当时也在场的情妇朝美(樱井幸子饰)，都表示是他伤人没错。照理说来本案应该没有矛盾之处，但是久利生却觉得情妇可能在说谎，于是便与舞子(松隆子饰)一起去找情妇朝美确认证辞。

　　朝美刚开始仍坚称自己所说的全部都是事实，因为她已经对嫌犯完全失去感觉，所以才决定说出所谓的真相。可是这种说法反而令久利生感到奇怪，后来舞子跟朝美聊过以后，朝美终于愿意说出事情发生的真正经过……

久利生接到一件杀警案件，自首的嫌犯坦然承认自己犯案，不过后来又推翻自己的供辞，表示自己是替人顶罪，于是检方便释放了他，而逮捕一名恶名昭彰的地下钱庄老板。

　　舞子被一名陌生男子搭讪，然后就莫名其妙的跟着他到一间酒吧去，没想到却突然碰到警方临检，舞子也一起被带到警局去，直到早上才放她回去。舞子在当时的混乱场面中遗失了一样东西，由于那样东西对她而言非常重要，但她又不想让其他人知道，所以便背着大家到处去找，但是也因此引来大家的误会。结果在舞子的误打误撞之下，虽然没有找到她想找的东西，但是却找到了犯案的铁证……

地检署的内部考试即将举办，一直想当检察官的舞子，很想利用这次的考试升任检察官，但是这个考试的惯例，是针对资历十年以上的事务官所举办。于是舞子便拜托上司帮忙推荐，为了说服其他高层长官，舞子也每天忙着应酬。

　　久利生接到一件强制猥亵案，嫌犯是一名大企业的总经理，而被害者刚好就是这间公司的职员。该名职员在案件爆发后，就马上遭到解雇。但嫌犯全然否认自己犯案，坚称自己每天都是坐专车上班，绝不可能在电车上面作出这种猥亵行为，而且还有其他人为他作证，所以要成立这个案件非常困难……

久利生这次接了一件大家都不想接的医疗过失案件，而且最令人意外的是，他的对手律师竟然是以前的旧识巽江理子(饭岛直子饰)。原本坦承自己有失误的医生突然翻供，这么一来让原本就已经很难打的医疗过失案更难处理。为了找出真相，久利生与舞子到处寻找人证，来推翻医院方面的说法。

　　后来在检方的努力之下，终于找到了一个肯说出真相的护士(木内晶子饰)，但当江理子知道此事以后，便以利诱的方式胁迫该名护士在法庭上面说谎……

舞子在上班途中，突然有一个石膏像从高空掉下来，差一点就打到她。不过大家都认为这只是个意外，所以不以为意。后来办公室里突然有一名男子送披萨来，结果一打开竟是烟雾弹，而且这名男子还藉着混乱，大闹地检署，此事也引起检方的重视。

　　久利生保护舞子回家时，又发生收到炸弹的事件，此时舞子才发现原来这些事件都是针对自己而来，感到非常害怕。为了要找出歹徒到底是谁，久利生使出了浑身解数，后来在他的细心与警方的通力合作之下，终于抓到了歹徒，但是……

当久利生侦讯犯了伤害罪的古田的时候，原本一直沉默不语的古田突然推翻之前的口供，坚称自己并没有伤害与自己有过节的主播槚田由起(羽田美智子饰)。后来经过久利生的调查，以证据不足下了不起诉的决定。

　　不过这个决定却惹恼了由起以及警方，在社会上也引起热烈讨论。后来因为由起再度受到攻击，再加上古田下落不明，于是大家便再度把矛头指向放走古田的久利生。为了不让风波继续扩大，所以上面决定让久利生退出本案。

　　坚信古田并没有伤人的久利生，到处寻找古田的下落。后来古田终于打电话给他，并且告诉他自己在案发时根本不在东京。久利生不断鼓励古田出来澄清，但是古田却挂掉电话……

因为久利生上次的案件引起社会骚动，再加上媒体对他的负面报导，虽然久利生并没有犯任何错误，但是检方高层还是决定将久利生调走。此时久利生正在负责查办一件警卫命案，当他知道自己只剩十天就要调走的消息，仍然保持冷静的态度，并且坚持要办完手上的案子。

　　有一天特别搜查部突然闯入城西分部，并且要求久利生交出警卫命案的嫌犯。平常只查办大案子的特搜部，为什么坚持要侦讯一个杀了警卫的嫌犯，此举令久利生等人非常怀疑，于是开始展开调查，发现这个命案的背后关系到某政党高层……

　　今次特别版的背景为山口县，讲述木村饰演的久利生公平被调到山口县，与当地的检察官堤真一和绫濑遥一同调查案件。由于山口县近海，因此故事与海也有不可分割的关系，相比上集以东京为背景，今次的特别版又别有一番味道。

　　检察官久利生（木村拓哉饰），离开东京跑到刚落成“儿童乐园”的山口县任职，适逢当地发生杀人事件，令这片向来和平的地方发生很大的骚动。

　　久利生开始时，更因其独特调查手法常与津轻事务官（堤真一饰）发生冲突，不过后来当发现疑犯是和兴建“儿童乐园”的大型企业有关时，众人逐渐接近真相，可是又因此而和当地居民发生严重磨擦……

　　检察官久力生公平（木村拓哉 饰）六年后回到东京地方监察厅城西部，继续由事务官雨宫舞（松隆子 饰）担任助手。六年时间并没有隔断他们的感情，在斗嘴中舞试探着久利生的心意，久利生感觉到却故意调皮地置之不理。芝山检察官（阿部宽 饰）正对一桩故意伤害人的案件提起起诉，犯罪嫌疑人对罪状也供认不讳。芝山由于正在为自己争取女儿抚养权的官司弄得焦头烂额，这件官司只得转交久利生处理。久利生和舞去了案发现场重演经过时遇见了一个神情庄重的中年人。在初审法庭上发现他竟是犯罪嫌疑人的辩护律师——在业界首屈一指的蒲生一臣，而犯罪嫌疑人也一改之前的口供，否认罪状。原来花岗练三郎议员正在被控贿赂，而他坚称当时正在牙医诊所，目击证人正是一名保安，这名保安就是久利生的犯罪嫌疑人。为了帮花岗脱罪，所以这名犯罪嫌疑人必须身在牙医诊所而不是案发现场。

　　对于高官来说，让花岗入罪是为民除害。但是对于久利生来说，没有什么比杀人之后逃窜更恶劣。尽管艰难重重，他们还是坚定地踏上了寻找证据控告入罪之路。

久利生公平在居酒屋一边吃饭，一边和店员聊天。突然店内传出争吵声，并有店员被人推落阶梯。久利生去追逃跑的客人，将对方制服。这时东京地检城西支部的成员，正七嘴八舌讨论即将有新的检察官到任。而将与新检察官搭档的是事务官麻木千佳。久利生公平回到城西支部，审讯闹事客人大西（森山直太朗饰）时被部长打断，得知此次犯人与十五年前钻石盗窃案犯人指纹一致。但大西的否认令久利生决定亲自去现场勘查后才决定是否起诉。因此部长决定将此案交给田村，这让千佳对久利生很失望。久利生还是决定从大西打人事件着手调查。而接手盗窃案的田村因大西的审讯也放弃起诉，而审讯后马场也无法起诉大西。久利生与居酒屋店长的谈话被千佳听见，令千佳开始接受久利生的风格。最后久利生通过闹事案件的线索将钻石案成功告破。

久利生此次负责精英上班族胜俣大毅（岩濑亮饰）的色狼案件。胜俣虽承认罪行，但千佳却对其作案动机难以忍受。胜俣的律师樱井文太郎（谷原章介饰）出现，要求胜俣暂时返家。气愤的千佳打电话抱怨律师事务所，却被泼冷水，久利生对于受打击的千佳感到奇怪。久利生与千佳随即就案件与受害人宫原见面，宫原气愤表示一定要起诉胜俣。转天樱井拿着宫原的和谈书交给久利生，让众人很不解。久利生与千佳找到宫原却发现宫原的表现有些不对劲。

城西署的杀人犯佐伯亘心肌梗塞突然死亡，如此一来无法起诉嫌犯。随后久利生审讯一起涉及兴奋剂案件嫌疑人川边凉子，看到川边悔恨的态度与话语后久利生有些异样。检察官上下班几次被死者长谷川洋介的父亲拦截，质问起诉一事。久利生遇上蹲点的长谷川父亲便与其聊天。久利生与千佳为川边一案来到机场调查。部长突然给各位检察官重新安排事务官。千佳被安排到田村处工作，她习惯性的继续久利生的风格。久利生再次审问川边，向川边分析毒品交易的利害关系。久利生的一番话令川边彻底醒悟。田村听到跟随久利生加班的末次的话，受久利生的影响改变自己审案的态度，决定调查清楚佐伯亘与长谷川一案，并给长谷川父亲一个解释。

某日，有女检察官从京都地检来城西支部出差，她就是之前曾与久利生公平、远藤贤司等人共事的中村美铃（大冢宁宁饰），同行的有事务官小金泽克雄（温水洋一饰）。这是因为宇野大介正在调查的欺诈案嫌犯土井垣次郎（西村和彦饰），在关西也有类似犯案，美铃为此前来调查。 久利生与千佳在调查偷盗下水道井盖的嫌犯飞田时收到很多请愿书，突然嫌犯认出千佳，这让久利生对千佳的过去有了了解。千佳便对久利生说起自己的过往。审问时宇野不敌口齿伶俐的销售犯人，美玲只好亲自审问。久利生与千佳为飞田一案询问写请愿书的人，但旧友的重逢却令千佳有些不愉快。宇野因美玲的成功审讯以及久利生和千佳的过去开始对自己产生怀疑。千佳离开餐吧后却遇上暴徒，久利及时将千佳救下。此事引起久利生的疑心，便展开更深入的调查，才发现盗窃案背后的秘密。

城西支部成员的健康检查报告出炉，结果只有久利生公平是健康的。麻木千佳的体脂肪增加，她大叹都是因为跟着久利生工作量过大的缘故。川尻健三郎的体检结果比起去年几乎全面恶化，让他一大早就心情不佳。川尻出气似的分发新案件给检察官们，最后剩下一个案件。久利生和千佳表示川尻可以自己调查，城西支部的成员们也异口同声同说，想拜见川尻办案的英姿，部长收到律师朋友今村的电话，加上体检结果不如意让部长很烦躁。审问犯人小茂田偷窃案，小茂田却否认，扬言此案并非自己所为。千佳与久利生因吊桥一案借书回来讨论建筑学。部长对盗窃案的审问完全无可奈何，部长与千佳到幼儿园调查却再次受打击，此时部长觉得自己该考虑律师朋友今村的话。但在久利生的帮助下，部长重新找回当检察官的感觉，而案件也因此有了进展。

远藤参加联谊时遇上一起凶杀案，却阴差阳错被误认成凶手逮捕。此事令检察官与事务官匪夷所思，而特搜部来到城西支部扣押远藤的所有文件。远藤面对特搜部的问询坚称自己无罪。久利生在看过远藤联谊的照片后便去外出调查自己的案子，然后久利生带着千佳去医院找远藤案件的受害人早田，却被特搜部阻止。此时久利生与千佳得知早田竟是国会议员的私人秘书，部长随即找到副检察长确认。检察官们各自来到事发餐厅调查却没有任何发现。久利生找到办案的相关警察询问案件情况，同时特搜部的做法也引起久利生等人的怀疑，众人一致认为案件并非表面这般简单。大家从远藤联谊时拍摄的照片中有了重大发现。

嫌犯城山圭吾（竹财辉之助饰）涉嫌对同居女友绫野樱（中村友理饰）施暴，城山也坦承因女友要求分手，一时气愤而动手。久利生与千佳审讯城山圭吾，但是审讯过程中千佳一直打喷嚏。一位律师来到检察院取证，这位律师是马场检察官的前夫。久利生为查暴力案申请外出去热海两天，生病的千佳也跟着一起去了。这令宇野醋意大发。久利生亲访受害者绫野，所有问题却都是由绫野母亲回答。千佳病情越来越严重，却还坚持工作。绫野单独约久利生见面详谈，想对城山撤诉。随后久利生在接送千佳的途中见到城山，便下车追上去。城山直言自己是想去跟绫野道歉，便拜托久利生替自己将信件转交给绫野。

涉嫌袭击杀害黑社会暴力团干部，向警察自首的嫌犯权藤明（池内博之饰）被送到城西支部。因为其他检察官都不想接和黑道有关的案件，所以最后由久利生公平来负责。嫌犯权藤明的辩护律师是小此木诚（鹤见辰吾饰），小此木曾经是宇野大介当司法实习生时的教官，这时他成为了暴力团川藤组的顾问律师。他到检察院提出尽快结案。久利生与千佳对权藤进行常规审讯，权藤对案件供认不讳。审讯过后久利生怀疑权藤是替罪羊，远藤无意的一句话令大家茅塞顿开。久利生再次审问权藤，直接了当指出权藤只是替人受过。权藤将此事告诉小此木诚。久利生与千佳到案发现场调查。小此木诚再次要求检察官尽快结案，久利生到警局要求警察继续调查。众检察官因害怕被报复成天担惊受怕，久利生还收到照片警告，但这却不能阻止久利生追查真相的决心。

四名大学生涉嫌集体暴力致死的案件，被害人是这四人的同学。但凶器尚未发现，嫌疑人也无法确定。于是川尻指示久利生、田村和宇野以及马场分别负责调查一名嫌犯。但四人对各自负责的学生的审讯并不顺利，四名大学生不愿承认，同时对案件守口如瓶。随后千佳随久利生在炎炎夏日中去案发现场以及学校周边调查。第二轮审讯后四名大学生松口，但招的是假供。随后意识被耍的检察官开始运用各种方法，重新审问。无奈久利生再次到案发现场勘查，却有了新发现，确定新的嫌疑人。

川尻指示久利生和千佳前往东京地检特搜部支援搜证现任大臣与建设公司的收贿案。久利生的旧识江上达夫向两人介绍此次的案件，千佳十分兴奋。但久利生与千佳只是被指派去资料部。而此时其他的检察官因久利生支援特搜部而嫉妒。面对支持工作的繁琐千佳感到十分疲惫。转天江上因胃溃疡入院，久利生便接替江上的工作，这令疲惫的千佳重新振奋。但久利生的调查结果却被特搜部副部长否定，副部长一心想起诉受贿案件。

久利生被特搜部解除任务，与千佳回到城西支部。而此时城西的一个案件的犯人南云尊之以前可能犯下伤害案。部长等人决定连带旧案一同起诉，这就意味着之前的判决是误判。此举引起检察厅高层的批评与质疑。随后城西支部各个检察官到类似案件的案发现场调查，田村还去拜访之前起诉案件的检察官国分先生却被赶出去。马场、宇野也前去拜访，但结果还是一样，国分不愿协助调查。南云尊之案件再次开庭，久利生却得知国分为辨方作证否认误判，审判局势开始不顺利。而特搜部方面找到确定受贿案的关键证据，副部长感叹多亏久利生当初对真相的坚持。

瓢泼大雨之夜，一名妙龄女子遭遇车祸身亡。当久利生公平（木村拓哉 饰）和麻木千佳（北川景子 饰）对肇事司机进行例行问询时，大阪地方检察厅难波支部检察官雨宫舞子（松隆子 饰）意外出现在久利生的面前。原来死者和舞子正在追查的一起黑社会恐吓事件有关，种种迹象表明，雨夜车祸背后隐藏着不为人知的秘密。执着的久利生和伙伴们前往现场勘查，结果竟和纽斯特里亚公国大使馆扯上关系。由于大使馆享有治外法权，所以日本的检察系统根本无法取得对方的合作。 　　在此之后，久利生等人接连遭遇死亡威胁，重重疑云无法打消这个固执男子追查真相的念头。他和伙伴们沿着一条遍布荆棘的道路奋勇前行……