Le détective Jimmy McNulty est contacté par le juge Phelan après qu'un jeune dealer, D'Angelo Barksdale, est sorti libre du tribunal. Il lui révèle que l'affaire concernant D'Angelo pourrait être liée à une série d'assassinats restés impunis en raison des mesures d'intimidation ou d'élimination des témoins pratiquées par Avon Barksdale et son gang. Barksdale, à la tête d'un réseau de trafic de drogue, est toujours parvenu à échapper à la police. Quelque temps plus tard, Cedric Daniels reçoit l'ordre d'ouvrir une enquête. Jimmy McNulty est chargé de mener une filature discrète...

McNulty et Bunk identifient le corps de William Gant, le témoin qui avait osé prendre la parole contre D'Angelo. Le lieutenant Daniels constitue son équipe d'enquêteurs prêtés par divers services dans un sous-sol inconfortable. McNulty demande à Phelan d'ouvrir une enquête sur l'assassinat de Gant. Phelan refuse mais lui conseille d'alerter la presse. Kima, Herc et Carver commencent à prendre des photos de la bande de dealers qui opère dans les tours. Bubbles, un drogué, les aide, car il est furieux que son copain Johnny ait été sévèrement battu pour une pacotille. Bunk et McNulty tentent d'intimider D'Angelo...

Daniels prend la défense de ses hommes, même s'il sait que Prez, Herc et Carver ont eu tort d'intervenir en pleine nuit dans la cité. Le major Valchek, soucieux de venir en aide à son gendre, Prez, promet du matériel de surveillance, dont les enquêteurs découvrent, à sa livraison, qu'il est périmé. McNulty obtient des micros ultra-modernes auprès de son contact au FBI, Fitzhugh. Freamon déniche une photo d'Avon Barksdale, du temps où il boxait. Chez Orlando, le bar qui sert de repaire au gang Barksdale, D'Orlando, après avoir été félicité par Stringer, se laisse approcher par une strip-teaseuse, Chardene...

Bodie parvient à tromper les agents de sécurité et à s'enfuir juste avant que Carver et Herc ne puissent l'interroger. Avon Barksdale demande à Stinkum, Wee-Bey et Stringer d'annoncer qu'il double la prime pour celui qui éliminera Omar et les membres de son équipe. Le meurtre déjà ancien d'une jeune femme, Diedre Kresson, impliquant un certain D, ressurgit. Jay Landsman plaide la cause de McNulty auprès du colonel Rawls. Rawls lui accorde quinze jours pour résoudre l'affaire Barksdale. Daniels explique à Burrell que l'enquête progresserait plus rapidement si les Barksdale pouvaient être mis sous écoute...

Avon Barksdale est de plus en plus suspicieux. Il finit par demander qu'on change toutes les lignes téléphoniques de son appartement. Il propose aussi une promotion à l'un de ses hommes en lui offrant un nouveau territoire. De son côté, Stringer apprend à D'Angelo à gérer son équipe de manière plus rigoureuse, en ne montrant aucune pitié. L'agent McNulty, qui a trouvé un moyen d'intercepter les messages du clan Barksdale, est dérouté par le code qu'emploient les trafiquants. Les inspecteurs se mobilisent pour trouver la clé du code. Quant à Carver et Herc, ils sont toujours sur les traces de Bodie...

Le corps martyrisé de Brandon est retrouvé en contrebas de la maison de Poot et de Wallace. Wallace est bouleversé. D'Angelo a passé la nuit avec l'une des strip-teaseuse d'Orlando, Chardene. Levy obtient la libération conditionnelle de Bodie. Grâce à McNulty, Omar peut dire adieu à son amant assassiné. Devant le spectacle de l'horreur de son agonie, il accepte de collaborer avec la police. Rawls ordonne l'arrestation immédiate de D'Angelo, à la grande fureur de McNulty qui estime que pour un piètre résultat son supérieur va ruiner toute l'enquête en cours. Daniels pourra-t-il s'y opposer ?...

Alors qu'il fait son marché avec ses fils, McNulty croise Stringer Bell. Il charge ses deux enfants de suivre le truand et obtient ainsi le numéro de la plaque minéralogique de sa voiture. Un beau résultat, même s'il égare ses fils au passage. Le chauffeur du sénateur Davis est arrêté en possession de 20 000 dollars qui lui ont été confiés par des dealers. Burrell exige la libération du chauffeur et la restitution des fonds. McNulty s'emporte. Pour lui, Daniels a failli et, s'il a cédé si vite, c'est que Burrell détient sur lui un secret compromettant. Avon Barksdale saccage l'appartement et le van d'Omar...

Après sa tentative de meurtre manquée contre Avon, Omar n'ose même pas se faire hospitaliser de peur de se trouver nez à nez avec des tueurs du clan Barksdale. Stringer plaide pour une paix des braves avec Omar et tente d'arranger une entrevue. Omar s'y rend, équipé d'un micro, mais Stringer, méfiant, ne livre aucune information. McNulty conseille à Omar de se mettre à l'abri à New York. Le juge Phelan risque de rater sa réélection en raison de son soutien à l'enquête sur Avon. Kima accepte d'aider Bubbles à échapper à l'emprise de la drogue et promet de revenir le lendemain. D'Angelo panique à l'idée d'emménager avec Donette...

Bunk rend visite à Kima à l'hôpital. Encore faible, mais consciente, elle identifie l'un des tueurs mais refuse de faire plaisir à Bunk en accusant Wee-Bey qu'elle n'a pas distinctement vu. Pendant ce temps, l'équipe de Daniels met une vingtaine de personnes du clan Barksdale sous les verrous. Moyennant une caution de quatre millions de dollars, Avon est promptement libéré. D'Angelo livre de précieuses informations aux policiers, et leur indique notamment la planque de Wee-Bey. Pearlman et McNulty célèbrent à leur façon l'heureuse tournure que prend l'enquête. Puis McNulty se décide à rendre visite à Kima...

Rétrogradé sur les ordres du colonel Rawl, Jimmy McNulty est intégré à l'unité portuaire de la police de Baltimore. N'ayant que des «affaires banales» à traiter, McNulty se sent parfaitement inutile et se met à déprimer même lorsque son nouveau partenaire, Diggins tente de lui montrer les côtés positifs de sa nouvelle affectation. Le major Valchek prête une oreille blasée aux allégations de son beau-fils Prez, qui aspire à travailler dans les narcotiques. Prez mentionne entre autres l'affaire Barksdale, qu'il considère comme l'enquête du siècle. Valchek décide à ce moment précis de calmer les ardeurs du jeune homme...

La découverte des treize corps sans vie dans le container n'intéresse pas grand monde. Les enquêteurs s'entendent pour y voir un accident et tenter de classer l'affaire. Sobotka exige de Vondas qu'une telle tragédie ne se reproduise plus. Brianna rend visite à son frère, Avon, en prison. Elle lui demande de prendre soin de son fils, D'Angelo, incarcéré pour vingt ans. Avon promet. McNulty mène sa petite enquête et jubile lorsqu'il parvient à déterminer que les morts suspectes des émigrantes clandestines relèvent du secteur de Rawls. Sur les ordres de Valchek, Carver colle un paquet de contraventions aux dockers...

Alors qu'il s'apprêtait à dévaliser un dealer dont il a consciencieusement étudié les habitudes, Omar assiste, de l'autre côté de la rue, admiratif, à une attaque en règle menée par deux femmes. Nick essuie une fois de plus les reproches de sa compagne, Aimee, qui souhaite déménager du sous-sol où elle le rejoint clandestinement. Mais Nick manque d'argent. Ziggy lui propose de tremper dans le trafic de drogue. Nick s'y refuse. Alors qu'il est à la recherche du dossier Gant, McNulty rencontre Daniels, qui lui confie sa décision de démissionner, puisqu'on l'a mis au rencart...

Les débuts dans la drogue de Ziggy ne sont guère probants. Son revendeur blanc, Frog, allègue de faux prétexte pour refuser de le payer puis le patron du quartier, Cheese, lui tombe sauvagement dessus et, pour lui apprendre à vivre, lui vole sa voiture. Daniels continue de réunir les anciens enquêteurs du cas Barksdale. A son arrivée dans les bureaux, Freamon reconnaît Sobotka sur la photo punaisée sur le mur et explique qu'il est compromis dans l'affaire des prostituées mortes. En prison, D'Angelo convainc sa mère de le laisser à l'écart des affaires de la famille. Le clan Barksdale peine à écouler sa marchandise dégradée...

Le témoignage peu conventionnel d'un Omar qui exceptionnellement porte une cravate fait forte impression sur la cour. Nick demande à Vondas de l'aider à tirer Ziggy du mauvais pas où il s'est fourvoyé. McNulty rend visite à sa femme, dont il est séparé, et arrache la promesse d'un rendez-vous. Greggs interroge Shardene, l'ancienne strip-teaseuse d'Orlando qui vit désormais avec Freamon et suit une formation d'infirmière, pour obtenir des informations sur les réseaux de prostituées russes. Shardene l'adresse à une amie toujours en activité. Sobotka apporte de bonnes nouvelles à ses camarades syndiqués...

Bodie et son équipe de dealers écoulent la drogue qu'ils ont reconditionnée et rebaptisée. Dans un appartement en surplomb, une jeune mère prépare ses enfants pour l'école. Une fusillade éclate lorsque le gang rival évincé par Bodie tente de reprendre possession du territoire. Dans sa chambre, une fillette, touchée, se vide de son sang. Freamon et ses collègues s'interrogent. Les truands qu'ils ont placés sous écoute s'expriment en langage codé. Stringer demande à Bodie de se débarrasser des armes. Bodie croit s'en acquitter mais lance le sac sur une barge qui passe au lieu de l'expédier au fond du fleuve...

Le quartier des Tours est en pleine effervescence. Dealers et junkies font tourner les affaires à plein régime. Bodie apprend par Stringer que des trafiquants des quartiers Est de Baltimore se sont implantés dans trois des tours qui était, jusqu'à présent, contrôlée par la bande de Barksdale. A son grand étonnement, Bodie reçoit pour instruction de se montrer courtois avec eux et même de les laisser faire à leur guise. Stringer lui explique alors que cette stratégie fait partie d'un accord qui vise à améliorer la qualité de la drogue qui circule dans la zone...

Au petit matin, des dockers remarquent une chaloupe de police amarrée dans le port et un policier en train de se battre avec un homme. Pendant ce temps, Nick frappe à la porte de son oncle, Frank Sobotka, et découvre que celui-ci n'est pas rentré de la nuit.

Les tours des Franklin Terrace sont rasées dans le cadre d'un projet de rénovation urbaine. Le maire promet qu'elles seront remplacées par des logements bon marché. Poot regrette la disparition des immeubles où il a grandi.

Jimmy McNulty décide de mener l'enquête au sujet du suicide suspect de D'Angelo Barksdale. Selon le policier, sa mort lors de son incarcération présente certains éléments insolites. Alors qu'il est amené à témoigner dans une sombre affaire de meurtre, Cheese est préoccupé par un pari sur des combats de chiens. De leur côté, Ellis, Herc et l'unité de lutte contre la drogue effectuent une mission en civil. Ils espèrent conclure un marché de drogue mais la transaction tourne très vite au vinaigre. Suite à cet événement malheureux, Howard Colvin, le commissaire du district, en vient à se questionner sur ses trente ans de carrière...

Johnny tente de dissuader Bubbles de continuer à servir d'indicateur pour Kima et McNulty. Jimmy observe les déplacements de Stinger à l'université. De retour dans les bureaux de la brigade Jimmy raconte sa filature. Freamon en fait le commentaire. Stringer ne se mêle plus des affaires de la rue et devient un homme d'affaires aux placements si complexes qu'ils le rendent intouchable. Omar et ses deux soldats survivants préparent un nouveau coup de main dans une ambiance tendue. Carver et Herc se plaignent au major Colvin de la résistance des petits dealers à son plan. Colvin obtient de Daniels la liste des chefs de groupe qui lui manquait...

Le major Howard Colvin et ses hommes observent les dealers et leurs clients dans la zone déclarée de vente de libre de Vincent Street. Colvin demande à ses troupes de contraindre les récalcitrants à quitter leurs coins de rue et à ne pas lésiner sur les moyens. Stringer découvre que le bâtiment est tout aussi corrompu que son secteur d'activité originel. Le lieutenant Daniels accepte de parader aux côtés de sa femme pour les besoins de sa campagne électorale. Avon et Stringer cachent mal leurs désaccords secrets sur leur avenir. Avon est décidé à récupérer ses rues gagnées par Marlo et à rester un gangster...

Répondant à un appel à l'aide, McNulty et Prez s'engagent sur une mauvaise piste avec des conséquences inattendues. Stinger découvre que deux membres de l'équipe Barksdale ont brisé la trêve dominicale et ouvert les hostilités. Visé, Omar décide de faire cavalier seul contre Avon et Stringer Bell. Daniels envoie ses hommes sur le terrain.

Bunk enquête sur le meurtre de Stringer Bell. Les douilles retrouvées montrent que deux tueurs ont exécuté le compagnon d'armes d'Avon Barksdale. Andy Krwaczyk, le seul témoin, remis de sa terreur, ne peut fournir qu'une très vague description. McNulty regrette la disparition de son meilleur ennemi, qu'il était à deux doigts de jeter en prison. Carcetti et sa directrice de campagne, Theresa, hésitent la façon d'intégrer Hamsterdam à leur campagne électorale. Avon a du mal à encaisser la mort de son vieux partenaire. Slim Charles le presse d'intervenir contre Marlo. Avon passe la main...

Tandis que Snoop et Partlow procèdent à une exécution dans une maison abandonnée, les inspecteurs Freamon et Greggs déplorent la maigre avancée de leur enquête concernant le gang de Marlo Stanfield.

Le commissaire Burrell perd l'appui de Royce. Chris Partlow tente de persuader Michael de se laisser enrôler dans la bande de Marlo Stanfield.

Déjà endimanché, peu avant les fêtes de la Nativité, le sergent Landsman peste contre la dernière initiative de Freamon, qu'il accuse de fabriquer des meurtres, et doit rejoindre Norris dans la salle d'interrogatoire. Bubbles s'y trouve dans un état de grande agitation et s'accuse d'un meurtre, avant d'être pris de vomissements. Le temps qu'il nettoie sa chemise, Landsman découvre que Bubbles s'est pendu. Pendant ce temps, Burrell, Rawls, Daniels et Pearlman contemplent, perplexes, les cadavres qui s'amoncellent sous leurs draps blancs dans le gymnase du collège où Daniels fut élève. Proposition Joe tente de convaincre les autres chefs de gang de régler ensemble le problème que pose l'arraisonnement du stock de drogue par Omar...

Le nouveau maire Tommy Carcetti consacre la plus grande partie de son budget à l'éducation et réduit les fonds alloués aux services de police. Les policiers se révoltent contre la dégradation de leurs conditions de travail. Carver essuie une volée de critiques. Au Baltimore Sun, les effectifs sont réduits. La brigade spéciale de Freamon, victime de cette période drastique, assiste, impuissante aux manœuvres du chef de gang Marlo Stanfield.

Spiros et Marlo se donnent rendez-vous dans un parc afin de conclure leur nouvelle alliance. Spiros lui remet un téléphone portable en lui recommandant de ne jamais l'utiliser pour traiter leurs affaires. McNulty peaufine le personnage de tueur en série qu'il a créé. Il raconte à Alma Gutierrez que le tueur a des pulsions sexuelles meurtrières. Il va même jusqu'à affirmer qu'il commencerait à mordre ses victimes.

Une fusillade éclate dans l'appartement de Monk. Omar saute par le balcon. Chris et Snoop partent à sa recherche. Ils confient à Marlo qu'Omar s'est littéralement envolé. Ce dernier, caché dans une buanderie, bande sa jambe blessée avant de retourner pourchasser ses ennemis. Les chaînes de télévision réclament la présence de Templeton sur leurs plateaux après sa fausse interview du tueur en série de McNulty.

McNulty se fait passer pour le tueur et appelle Templeton, et menace de le mordre. La fausse affaire devient alors d'une importance capitale. Tous les moyens sont alors mis à la disposition de McNulty pour retrouver ce faux meurtrier. Ce dernier en profite pour régler d'autres affaires en suspens. Le procès du sénateur David commence. Déterminé à s'en sortir, il a minutieusement préparé sa défense.

McNulty parvient à convaincre le maire de relancer les écoutes et demande la mise à disposition de véhicules camouflés. Parallèlement, sa relation avec Beadie se détériore. Il finit par lui avouer qu'il a monté l'histoire du tueur en série de toutes pièces. McNulty se voir également obligé de mettre Kima dans la confidence. Omar pourchasse toujours Marlo et sa bande. De son côté, Bunk réussit à mettre la main sur Cheese.

Freamon obtient un indice qui peut lui permettre d'interpeller Marlo et sa bande. Toutes les équipes sont mobilisées et convergent vers un entrepôt abandonné où une importante transaction de drogue doit se dérouler. Marlo et ses acolytes sont arrêtés. Gus commence a avoir des doutes sur la fiabilité de Templeton. Il enquête discrètement sur lui et demande à l'un de ses collègues venu de Londres de faire de même.

Le maire et son équipe découvrent la vérité à propos du tueur en série de McNulty. D'abord atterrés, ils prennent la décision d'étouffer l'affaire.. Fou de rage, le maire craint d'être éclaboussé par cette histoire et de perdre toute crédibilité dans sa lutte contre la criminalité. McNulty et Freamon apprennent que leurs supérieurs sont au courant. Parallèlement, un imitateur du faux tueur en série tue des sans-abri.