日没まであと１時間。調査兵団の精鋭たちがついに巨大樹の森に到達した。目的はあくまで戦闘ではなく、エレンを見つけ出し奪還すること。だが、それでも危険な作戦であることに変わりはない。そんな中で、クリスタだけは絶対に助け出さなければならないと、ユミルの心に焦りが生じていた。ユミルは思い出す。貧民街で暮らしていた幼い頃と、その後の数奇な運命、そしてクリスタとの出会いを――。はたして、ユミルはどう動くのか!?

憲兵団の策により、民間人を殺害した罪を着せられてしまった調査兵団。彼らが潜伏する森の中に、見回りをしていた男女二人の憲兵、マルロとヒッチが足を踏み入れる。水汲みをしているアルミンを発見するも、逆にリヴァイたちによって拘束された二人。だが、憲兵団のやり方に疑問を感じるマルロは調査兵団への協力を申し出る。リヴァイは二人の身柄をジャンに預けるが……。

ロッドが語るレイス家の真実。何代にもわたって受け継がれてきた巨人の力は今、エレンの中にあるという。ヒストリアは叫ぶ。その力を手に入れ、世界の歴史を継承し、この世から巨人を駆逐することこそが自分の使命だと。一方、真実を知ったエレンは償いきれない罪を犯してしまったと涙を流し、人類の命運をヒストリアに託す覚悟を決める。そんなエレンの想いを受けたヒストリアは、ロッドの目論み通りに巨人化してしまうのだろうか？

ヒストリアの戴冠から２か月。牧場で孤児たちの面倒を見るヒストリアは、人々から親しみを込めて「牛飼いの女神様」と呼ばれていた。調査兵団ではエレンが得た硬質化の能力に関する実験が行われ、対巨人兵器の開発に成功する。度重なる実験は体に大きな負担を強いるものだったが、エレンは、巨人を一掃できるなら自分の身が削られることなどいとわない覚悟を見せる。そして、ある人物のことを思い出すのだった。

「獣の巨人」を中心とした巨人の大群が出現し、調査兵団は完全に包囲されてしまう。彼らは足となる馬を死守しつつ、「鎧の巨人」の打倒に全力を挙げる……。

エレンはアルミンの前に立ち尽くしていた。悲しみに暮れるエレンのもとに、壁の上から２つの影が姿を現す……。

エレンの父・グリシャが残した本には、彼の記憶が綴られていた。まだ幼い少年であったグリシャは、ある日突然に、この世の真実と向かい合うことになる……。