갑옷거인과의 전투에서 패배한 엘런은 거대수가 있는 숲에서 눈을 뜬다. 그곳에서 엘런은 엘런과 같이 인간이지만 거인화 능력을 가진 자들과 마주하게 되는데. 이미 거인의 소굴이 되어버린 숲은 빠져나가기 쉽지 않았고 격한 전투로 인해 엘런에겐 체력마저 남아있지 않았다.

헌병단의 계획대로 민간인을 살해했다는 누명을 쓰게 된 조사병단. 조사병단이 잠복해 있는 숲에 수색 담당 헌병인 마를로와 하치가 발을 들인다. 이윽고 물을 긷던 아르민을 발견한 두 사람은 그를 구속하려 하지만, 되려 조사병단에게 구속되고 만다.

로드의 명령을 거역한 히스토리아는 엘런을 데리고 예배당에서 탈출하려 한다. 그러자 로드는 바닥에 부딪혀 깨진 약품을 핥고 스스로 거인화를 하게 된다. 이에 조사병단이 서둘러 도착해 바람에 날아간 히스토리아 및 아직 구속되어 있는 엘런을 구해내는데...

히스토리아의 여왕 즉위 2개월 후. 목장에 있는 고아들을 보살피는 히스토리아는 사람들에게 소 치는 여신님이라고 불리고 있다. 한편 조사병단은 엘런이 얻은 경화 능력으로 실험을 하고, 새로운 거인 토벌 병기를 개발해 낸다. 거듭되는 실험으로 엘런의 몸에 많은 부담이 가해지지만 엘런은 거인을 퇴치할 수만 있다면 자신의 몸이 부셔져도 좋다는 각오를 내비친다.

짐승 거인을 중심으로 조사병단을 포위한 수많은 거인들. 엘빈은 조사병단의 퇴로를 차단하려는 거인들에게서 말을 보호하며, 다른 한편에서는 갑옷 거인과 대치하는 전략을 짜는데...

불타버린 아르민을 발견한 엘런. 아르민을 잃은 슬픔을 주체 못하고 무너지는 엘런의 앞에 두 개의 그림자가 나타나는데...