調査兵団が生け捕りにしていた２体の巨人が何者かによって殺されてしまう。第104期訓練兵にも疑いの目が向けられ、一人一人調査が行われた。結局、誰が殺したのかは分からなかったが、訓練兵たちにとっては重要なそれぞれの所属兵団を決める時期が迫っていた。彼らの前に立ったエルヴィンは本来であれば伏せておくべき情報まで明かすのだが……。

攫われたヒストリアが目を覚ますと、そこには彼女の父親を名乗るロッド・レイスという中年の男がいた。ロッドはヒストリアを抱きしめながら、レイス家にまつわる重大な秘密を打ち明ける。一方、ハンジも捕らえた憲兵の口を割らせて、レイス家の秘密を掴んでいた。今後の方針を決定するため、エルヴィンにレイス家の情報を伝えようとするハンジ。その頃、エルヴィンはピクシスと面会し、人類の歴史を動かす決意を表明するのだった。

ロッドが語るレイス家の真実。何代にもわたって受け継がれてきた巨人の力は今、エレンの中にあるという。ヒストリアは叫ぶ。その力を手に入れ、世界の歴史を継承し、この世から巨人を駆逐することこそが自分の使命だと。一方、真実を知ったエレンは償いきれない罪を犯してしまったと涙を流し、人類の命運をヒストリアに託す覚悟を決める。そんなエレンの想いを受けたヒストリアは、ロッドの目論み通りに巨人化してしまうのだろうか？

絶体絶命の状況の中、調査兵団の新兵たちは、エルヴィンの指揮のもと決死の覚悟で「獣の巨人」に突撃をする。一方エレンたちもまた、ある作戦を練っていた……。