법정의 결정에 따라 특별 작전반, 통칭 리바이반과 함께 구 조사병단 본부로 향한 엘런. 그러나 그곳은 정예라기 보단 괴짜들의 소굴이었는데... 엘런은 한지의 거인에 관한 연구를 듣고 질려버리고 만다.

귀중한 실험체 거인 두 마리가 누군가에 의해 살해당하는 사건이 발생된다. 범인을 잡아내기 위해 병단내에서는 조사가 시작되는데... 그리고 그날 밤, 자신이 속할 병단을 선택하는 104기 훈련병 퇴소식이 거행된다.

엘빈 단장을 선두로 신병들과 함께 벽외 조사를 나서게 된 조사병단. 벽외조사는 얼마나 거인을 잘 피하냐에 성공여부가 달려있어 서로 신호탄을 쓰며 전진하고 있었는데... 그러나 이런 엘빈의 작전도 무색하게 기행종 무리와 엄청난 공격력을 가진 여성형 거인이 나타난다.

여성형 거인의 등장으로 인해 정예 조사병단조차 잇달아 희생당하고 만다. 이미 목적은 이룰 수 없는 상황... 그러나 단장 엘빈은 철수가 아닌 진로변경을 명한다.

거인을 피해 숲속으로 들어왔으나 가속하며 쫓아오는 여성형 거인을 막을 수는 없었다. 그러나 리바이는 입체기동도, 명령도 내리지 않은 채 단지 앞만 보고 달릴 뿐이었는데... 차례차례 죽어나가는 조사병을 보며 엘런은 자신이 직접 거인이 되어 싸워야 하나 갈등의 기로에 놓인다.

수많은 병단원들의 희생끝에 생포한 여성형 거인. 그러나 여성형의 특수한 능력때문에 안쪽의 본체를 끌어내는 것은 불가능했다. 리스크를 감수한채 화약으로 손을 날려버리려 한 순간, 여성형이 혼신의 비명을 지르기 시작했는데...

엘런, 미카사, 아르민이 훈련병으로서 거인을 쓰러트릴 기술과 지식을 배우고 있을 때 엘빈이 이끄는 조사병단의 정예들은 제49회 벽외 조사를 개시한다. 엘빈에게 거인 포획을 제안하는 한지였지만 너무 리스크가 커서 엘빈은 고개를 가로저었다. 그러던 중 미케가 1마리의 거인을 발견한다. 아무래도 거인 포획을 포기할 수 없었던 한지는 앞을 다투어 말을 타고 달려가는데...