森に突入しようとしていたエルヴィンの前に姿を現す、鎧の巨人。その肩には、ある人物の背中に括りつけられたエレンの姿があった。巨人に連れ去られる前に、何としてでもエレンを救い出そうとする調査兵団。しかし、鎧の巨人とその協力者に攻撃を仕掛けるミカサを、もう一体の巨人が何度も妨害するのだった。その巨人を殺さなくてはならないと、敵意を剥き出しにするミカサ。彼女の前に立ち、戦いをやめるよう呼びかけたのは――!?

エレンは仲間を守ることができたが、同時にロッド巨人も地上に出てきてしまった。高熱を発し、周囲の木々を焼きながら、ロッド巨人はゆっくりと歩みを進める。その先にはオルブド区があるが、エルヴィンはあえて避難指示を出さずに巨人を迎え撃つ作戦を立てる。被害がウォール・シーナの中心部にまで及ぶことを防ぐためにオルブド区の住民をおとりにしつつ、ひとりも死傷者を出さないという困難な戦いに、調査兵団が立ち向かう。

調査兵団の悲願であるウォール・マリア奪還作戦は、２日後に決行されることとなった。リヴァイは手負いのエルヴィンに対し出陣を控えるよう進言するが、エルヴィンは固辞。「この世の真実が明らかになる瞬間に立ち会わなければならない」と語るエルヴィンの強い意志に、リヴァイも納得してその場を去るのだった。その夜、兵舎で盛大な宴会が催され、英気を養う兵士たち。エレンたちはここまでの戦いを振り返り、決意を新たにする。

「獣の巨人」を中心とした巨人の大群が出現し、調査兵団は完全に包囲されてしまう。彼らは足となる馬を死守しつつ、「鎧の巨人」の打倒に全力を挙げる……。

グリシャが残した記憶。その中でグリシャは、ある任務を託されることになる……。