第49回壁外調査で壁の外へと出発した調査兵団一行。兵站拠点でエルヴィンと意見が割れてハンジが単独行動に出る。巨人を捕獲しようとおびき寄せるハンジ、そしてそれを追うリヴァイ班。森の奥へと進み、そこで彼らが見たものは―。

849年、ジャンキルシュタインはアーミンとアニーとの訓練の後、数年ぶりに帰国しました。しかし、彼はサーシャ、コニー、およびライナー、ならびにピクシス司令官に気を取られています。

848年には、エレンと他の新入社員が訓練に参加します。2つのチームに分かれて、彼らのタスクは往復を行い、途中の進捗状況を記録し、基地に戻る前に目的の場所で情報を交換することです。しかし、計画通りにはいきません...

地下街……三重の壁に守られ、選ばれた者達（たち）が住むもっとも安全な地域の地下にそれはあった。中止された地下移住計画の残骸。華やかな王都の陰に生まれ育った者達（たち）は、一度も地上に出ることなく一生を終えることも珍しくなかった…。そこで暮らすリヴァイ、ファーラン、そして新しく仲間に加わったイザベルのもとに、新たな依頼者が現れた……。

エルヴィンとの取引に応じ、調査兵団に入団したリヴァイ、ファーラン、イザベル。だがそれは、ロヴォフと交わしたもう一つの「取引」を果たすためのフェイクだった！エルヴィンの隙を窺（うかが）う３人は、計画の実行を壁外調査の機会に求めるのだが…。彼らはまだ、壁の外で待ち受ける巨人の脅威、そして下される選択の重みを知らなかった。

第57回エクステリアスカウティングミッションの前日に、ヒッチはアニーレオンハートに行方不明者、ストリーズ地区の裕福な商人の娘、カーリーストラトマンを見つける任務を与えます。彼女はストラットマン家の屋敷を訪れ、カーリーの父親であるエリオットG.ストラットマンに、彼女の失踪に関連している可能性のある状況について尋ねます。

憲兵団が依頼を受けた家出人捜索。ヒッチからその任務を引き継ぎ、消えた資産家令嬢の行方を追うアニは、やがてストヘス区にはびこる闇に行き当たる―――。

あの日も雨が降っていた―――。ミカサの魂は、穏やかで温かな森の暮らしへと立ち戻る。そして、少女の世界を変えた少年とのあり得たはずの出会いへと……。９歳のエレンとミカサ、強い絆で結ばれる二人の幻想の物語。「あるいは君だけが、エレンをその大きな力から守ってあげられるのかもしれない。」