人類と巨人との壮絶な戦いが始まって、もうどれくらいの時が過ぎただろうか……。エレン・イェーガーがめざし、たどり着いた海の向こう側では、いつ終わるとも知れない戦争が続いていた。彼らは何者で、何のために戦っているのか？　今、ひとりの少年兵が決死の覚悟をもって、最前線へと身を投じる。

４年に及んだマーレと中東連合との戦争は終結した。だが、あわやマーレの巨人２体が失われる事態は、巨人の力ですべてを支配する時代が終わりつつあることを示していた。対巨人兵器の開発を進める諸外国への後れを挽回すべく、ジーク・イェーガーはあることを軍の上層部に進言する。

故郷に帰り、母と再会したライナー・ブラウン。その夜、彼は戦士をめざした幼き日々を思い返していた。エルディア人を母に持つライナーの夢は、母と共に名誉マーレ人の称号を手に入れて、離れ離れになった父と共に暮らすこと。巨人の力を継承して世界を救う英雄になれば、その願いが叶うと信じて……。

戦士候補生の一人、ファルコ・グライス。想いを寄せるガビ・ブラウンを守るためには、自分が「鎧の巨人」を継承しなければならない。しかし、ガビとの成績の差は開くばかり。肩を落として歩く彼に、1人の男が声を掛ける。

ファルコに連れられ、とある建物の地下室へと足を踏み入れたライナー。そこで彼を待つ人物の顔を見て、ライナーは愕然とする。そんな中、世界中の注目を集める、ヴィリー・タイバーによる演説が始まろうとしていた。

ヴィリー・タイバーの演説によるパラディ島への宣戦布告。その最中、騒然とする広場に、招かれざるものが現れる。

混迷を極める戦場。自在に空【くう】を飛び、襲い来る兵士たちに、立ち向かう戦士たち。この戦いの行方は……？

助けを求める悲痛な叫びに応えるかのように、1体の巨人が目覚め立ちはだかる。そして、ガビは一人銃を携え、飛び出していく。

もしかしたら別の道があったのではないか……。後悔も、懺悔も、失ったものは、二度と戻らない。

外の世界に味方はいなかった。だから、生き残るため、敵を滅ぼす。戦うしかなかった。それが正しい選択なのか。その是非を知る者はいない。

行く当ても、手がかりも、帰れる保証もない。そんな彼らに手を差し伸べたのは、憎むべき悪魔だった。

憎むべきは誰なのか。恨むべきは何なのか。信じたものが、揺らぎ始める。

助けを求めるガビとファルコ。信じた先に報われる未来があるのか。それとも、報いを受けるのか。

アルミンとミカサを見据え、エレンは語り掛ける。「おまえらと話がしたくてな」と。

朦朧とした意識の中、確かめるのは、懐かしい面影と、朧気な記憶。それは、ある人物との出会いだった。その先に待つ自らの使命を果たすため。

求める未来は、交わらない。互いに想いを抱え、ぶつけ合うしかない。そして、今またぶつかる。始まりの地、で。

降りしきる雨の中、一人の兵士が倒れている。その横で謎の巨人の蒸気の中から、あの男が這い出てきて……。その頃、始まりの地・シガンシナ区でマーレが奇襲を仕掛け、巨人たちも動き出す。そして、始祖の巨人と鎧の巨人が再び対峙する。「来いよ、ライナー」。

ミカサの「助けたい」と思う気持ちは本物なのか。エレンは何のために戦っているのか……。地を響かせ激突する巨人たち。マーレの奇襲に人々は武器を手に戦場へと向かう。

獣の巨人と始祖の巨人、事態の鍵を握る2体の巨人を目指し、人々は争いを広げる。互いの思いと記憶が交錯し、兄弟の目指す先にあるものとは。

弟は兄を拒み、兄は弟を見捨てなかった。救いたい思いだけ。たどり着いた果ての場所でエレンとジークはあの日の記憶とともに、父・グリシャの真実を知る。

二千年前から抗い、戦い、進み続けてきたものたちの物語。それは、一体誰が始めた物語だったのか。歩き続ける始祖ユミルにエレンは語りかける「待っていたんだろ。ずっと…。二千年前から。誰かを。」

ごうごうと鳴り響く大地。空まで立ち上る土煙。その先を進む、巨人の群れ。島の壁は今、なくなった。この世からそこにある命を駆逐するまで、誰もエレンを止めることはできない。

人々の混乱の中、かつては友であり、そして敵だった人物が目を覚ます。止まっていた時は進み、すべては変わった。そうなった時、選ぶのは……。

進軍する巨人の軍勢。やがて、何も知らぬ人々を踏みつぶす。それを見上げる兵士と戦士たちは立ち尽くすのか、それとも立ち上がるのか。森の中にいた2人の兵士の気持ちはすでに固まっていた。

戦火の先に、僕らの敵がいた。僕らは互いを憎み、蔑み、殺してきた。今、焚火の先にいるのは、異なる「正義」を持っている者たちだった。

世界を救うため、エレンを止める。そう決めた者たちの前に、かつての仲間が立ちふさがる。誰も死なせたくないという思いを胸に彼らは戦う。

躊躇えば死ぬ。銃口を向け、引き金を引く。この裏切りの先に、世界を救う道があると信じて。

あの日、見たこと。あの日、語り合ったこと。あの日、選んだこと。それは全て彼が望んだこと。彼は何も変わってない。

世界を滅ぼそうと「地鳴らし」を発動させたエレン。無数の巨人たちが進撃を開始し、あらゆるものを踏み潰していく。ミカサ、アルミン、ジャン、コニー、ハンジ、ライナー、アニ、ピーク、そして瀕死の重傷を負ったリヴァイ……。残されたものたちがエレンを止めるため最後の戦いに挑む。

終尾の巨人となり、無数の巨人たちとスラトア要塞に進撃するエレン。絶望の淵に立たされた避難民の前に現れたのは、地鳴らしから間一髪で逃れたミカサ、アルミン、ジャン、コニー、ライナー、ピーク、リヴァイ。かつての仲間たち、そして幼なじみとエレンの戦いがここに終結する。