엘렌을 비롯한 104기 병사들은 새로운 리바이반에 들어가게 된다. 월 마리아에 뚫린 구멍을 막는다는 원래의 목적을 달성하기 위해, 거인화한 엘런의 몸을 자유자재로 경화하는 방법을 연구하던 한지에게 닉 사제가 살해당했다는 연락이 도착한다.

마차가 습격당해 그대로 납치되어버린 엘런과 히스토리아. 그리고 그 뒤를 쫓는 리바이의 앞에 나타난 한 남자. 그 남자의 얼굴을 본 리바이는 케니라고 외친다. 리바이의 과거와 연관 있어 보이는 그 남자와의 싸움은 마치 서로의 목숨을 빼앗으려는 모양새인데...

눈을 뜬 히스토리아의 앞에 자신이 아버지라고 말하는 로드 레이스가 나타난다. 그리고 로드는 히스토리아를 품에 안으며 레이스 가문에 관련된 중대한 비밀을 밝힌다. 한편 한지도 고문 끝에 헌병의 입을 열어 레이스 가문의 비밀과 마주하게 된다.

헌병단의 계획대로 민간인을 살해했다는 누명을 쓰게 된 조사병단. 조사병단이 잠복해 있는 숲에 수색 담당 헌병인 마를로와 하치가 발을 들인다. 이윽고 물을 긷던 아르민을 발견한 두 사람은 그를 구속하려 하지만, 되려 조사병단에게 구속되고 만다.

조사병단의 운명의 결말이 코앞으로 다가왔다. 중앙헌병에게 쫓기고 있는 데다 엘빈의 처형이 집행될 예정. 최후의 재판을 받게 된 엘빈은 조사병단을 잃는 것은 인류의 창을 잃는 것을 의미한다고 주장하지만 아무도 귀를 기울이지 않고 처형대로 올라갈 위기에 처하는데...

예배당 지하에서 눈을 뜬 엘런의 몸은 쇠사슬에 묶여 있고, 눈 앞에는 아버지 로드의 편을 들며 해명하는 히스토리아가 서 있다. 로드와 히스토리아의 손이 엘런의 등에 닿는 순간 엘런의 가슴 속 깊은 곳에서 끔찍한 기억이 피어오르는데...

몇 대를 걸쳐 계승되어온 거인의 힘은 지금 엘런에게 있었다. 그 힘을 손에 넣어 세계의 역사를 계승해, 거인을 몰살시키는 것이 자신의 사명이라며 울부짖는 히스토리아. 한편 진실을 알게 된 엘런은 씻을 수 없는 죄를 지었다는 것에 눈물을 흘린다.

로드의 명령을 거역한 히스토리아는 엘런을 데리고 예배당에서 탈출하려 한다. 그러자 로드는 바닥에 부딪혀 깨진 약품을 핥고 스스로 거인화를 하게 된다. 이에 조사병단이 서둘러 도착해 바람에 날아간 히스토리아 및 아직 구속되어 있는 엘런을 구해내는데...

엘런은 다행히도 동료들을 지켜낼 수 있었지만 거인화된 로드 레이스까지 밖으로 나오고 만다. 고온의 열을 내뿜어 주변의 나무들을 태우면서 천천히 앞으로 나아가는 로드 레이스 거인. 로드 레이스 거인이 가는 방향엔 오르부드 구가 있지만, 엘빈은 일부러 주민들을 피난시키지 않고 성벽에서 거인과 맞서 싸우는 작전을 세운다.

로드 레이스 거인을 쓰러트리고 숨통을 끊어놓은 히스토리아는 주민과 병사들 앞에서 자신이 진정한 왕이라는 것을 선언한다. 한편 무너진 예배당의 잔해 속에서 탈출한 케니의 머릿속에선 자신의 일생이 주마등처럼 흘러가고, 문득 눈을 떠 보니 그 앞에 리바이가 서 있는데...

히스토리아의 여왕 즉위 2개월 후. 목장에 있는 고아들을 보살피는 히스토리아는 사람들에게 소 치는 여신님이라고 불리고 있다. 한편 조사병단은 엘런이 얻은 경화 능력으로 실험을 하고, 새로운 거인 토벌 병기를 개발해 낸다. 거듭되는 실험으로 엘런의 몸에 많은 부담이 가해지지만 엘런은 거인을 퇴치할 수만 있다면 자신의 몸이 부셔져도 좋다는 각오를 내비친다.

조사병단의 숙원인 월 마리아 탈환 작전은 이틀 후 결행된다. 리바이는 팔을 잃은 엘빈에게 출전하지 말라고 조언하지만 엘빈은 의사를 굽히지 않는다. 이 세계의 진실이 밝혀지는 순간을 난 꼭 확인해야겠다며 강한 의지를 내보이는 엘빈. 그날 밤 병사들을 위한 성대한 연회가 열리고, 기력을 보충하며 지금까지의 싸움을 회상한 후 새롭게 각오를 내비치는데...

깊은 밤의 어둠을 틈타 월 마리아로 향하는 조사병단. 깊은 잠에 빠진 거인의 옆을 지나는 무리 속에서 엘런은 숨을 흐트러트린다. '이러다 탈환 작전에 실패하면?', '나 같은 놈이 어떻게 인류를 구하나' 같은 생각을 하며 몸을 떠는 엘런을 본 아르민은 그간 엘런과 함께 지나온 시간을 되짚어보는데...

짐승 거인을 중심으로 조사병단을 포위한 수많은 거인들. 엘빈은 조사병단의 퇴로를 차단하려는 거인들에게서 말을 보호하며, 다른 한편에서는 갑옷 거인과 대치하는 전략을 짜는데...

조사병단이 새롭게 개발한 무기 뇌창에 맞아 움직임이 멈춰버린 갑옷 거인. 쓰러트렸다고 생각한 조사병단이 잠시 숨을 돌리던 그때, 갑옷 거인이 다시 움직이며 크게 포효하는데...

초대형 거인이 불타는 잔해를 사방에 뿌리는 바람에 불길에 휩싸인 시간시나. 게다가 조사병단은 시간시나 바깥과 안쪽으로 분단되어 버렸다. 엘런과 아르민, 미카사가 있는 시간시나 안쪽은 불바다가 되어가고, 엘빈과 리바이가 있는 시간시나 바깥은 짐승 거인이 던지는 돌의 비가 마구잡이로 뿌려지는데...

절체절명의 위기에 처한 조사병단. 단장 엘빈의 뒤를 따르는 신병들은 죽을 각오로 짐승 거인에게 돌격한다. 한편 아르민 또한 이 위기를 타파할 새로운 작전을 고안해내는데...

불타버린 아르민을 발견한 엘런. 아르민을 잃은 슬픔을 주체 못하고 무너지는 엘런의 앞에 두 개의 그림자가 나타나는데...

월 마리아의 위에 모여든 조사병단. 살아남은 조사병단은 그 수가 얼마 되지 않았다. 그리고 엘런은 아버지 그리샤 예거가 남겨둔 지하실로 향하는데...

엘렌의 아버지, 그리샤 예거가 남긴 책에는 그의 기억이 담겨 있었다. 아직 어린 소년이었던 그는 어느 날 갑자기 이 세상의 진실과 마주하게 된다.

그리샤가 남긴 기억. 그 안에서 그리샤는 어떤 임무를 맡게 되는데...

벽 너머의 진실과 거인의 정체가 드러난다. 그걸 알게된 히스토리아와 병단의 간부들은 어떤 결정을 내린다. 그리고 엘런은 벽 너머의 세상에 대해 생각하는데...