四方を50ｍを超える壁に囲まれた街・シガンシナ地区。人々は壁の外の巨人から自分たちを守るため、この巨大な壁を作りあげたのだった。外の世界に憧れる 少年・エレンと、彼のよき相談相手であるミカサは、壁の中で平和な時を過ごしていた。そんなある日、壁の外を探索に行った調査兵団が、この町に帰還するの を知る。調査兵団を“英雄”と呼ぶエレンが見たのは……。

シガンシナ地区を襲った巨人は、そこで生活していた人々の日常を一変させた。悲鳴と怒号が飛び交うなか、我先にと逃げる人々をおもむ ろにつまみあげ、次々に口の中へと放り込んでいく巨人の姿は、人類はただのエサに過ぎないことを実感させるのに十分だった。目の前にいた母を救えず、己の無力さを痛感したエレンは、巨人への憎しみを募らせる。「あいつらを駆逐してやる……この世から……一匹、残ら ず！」

巨人殺しの最も有効な手段「立体機動術」を身に付けるため訓練兵団に入団したエレン、ミカサ、アルミン。キース教官の課す厳しい訓練 の過程で、出身も考え方も異なる同期同士の連帯感が芽生える。立体機動術の前段階である姿勢制御訓練をミカサやアルミン、同期の仲間たちが難なくクリアしていくなか、エレンは無様に失敗してしまう。兵士としての適正がなければ開拓地へと送られ、人類の食糧を支える 「生産者」になるほかないが……。

訓練兵団に入団して3年。キース教官のもと厳しい訓練を経たエレン、ミカサ、アルミンたちに、いよいよ卒団の時期が迫っていた。そん ななか、エレンは「立体機動術」などの巨人殺しの技術を磨くことが、同時に巨人からいち早く安全圏に逃れる技術に繋がっている矛盾に気づく。訓練兵団での成績上位者は内地にて王の元で民を統制し、秩序を守る憲兵団に入れるのだが……。

シガンシナ区の惨劇から5年、エレンは「ウォール・マリア」破壊のきっかけとなった巨人と対峙していた。立体機動装置を作動させ、巨 人の急所であるうなじを狙い攻撃を加えるエレン。しかし、突如発生した大量の蒸気に巨人を見失ってしまう。破壊された開閉扉、壁の修復にあたりながら、巨人の第二波進軍に備えるエレンたち。はたして、迫りくる巨人たちに一矢報いることはできるのか!?

トーマス、ナック、ミリウス、ミーナ、エレン……巨人の前に次々に斃れていく34班の仲間たち。一人生き残ったアルミンは救助に訪れたコニーに声をかけられるが、あまりの出来事に現実を受け入れられないでいた。エレンとは別の部隊で巨人と戦っていたミカサは、エレンと出会ったときのことを回想する。

一時撤退の鐘が鳴ったものの、立体機動装置用のガスが尽きかけているため、壁を登れないジャン、コニー、アルミンたち訓練兵。そこにミカサが追いつき、補給部隊が籠城した駐屯兵団本部に向かうことを提案する。しかしそこには多数の巨人たちが群がっていた。先陣を切って本部奪還に向かうミカサだが……。

窮地に陥ったミカサを救った巨人を補給所まで誘導して、駐屯兵団本部に群がる巨人たちを倒せないか、と提案するアルミン。その提案を受け、コニーの援護のもとミカサは駐屯兵団本部を目指す。一方、ジャンたちは立ち塞がる巨人たちをすんでのところでかわしながら、ミカサたちよりひと足早く本部に辿りついていた。

トロスト区全域で繰り広げられた人類と巨人との死闘。アルミンの目の前で巨人の餌食となったエレンだったが、自ら巨人となりミカサたちの窮地を救った。しかしにわかには信じ難いキッツ率いる駐屯兵団はエレンたちに武器を向ける。キッツから「貴様の正体は何だ？　人か巨人か？」と問われたエレンは……。

巨人が人に化けている──恐怖が伝染した戦場では、エレンやアルミンがどんな申し開きをしようと、誰も聞く耳を持つ者はなかった。エレン達にむかって放たれる砲弾。その刹那、エレンは上半身を巨人化させ、ミカサとアルミンを守ることに成功した。蒸気とともに消えゆく巨人の骨格のなかで、エレンが選択するのは……!?

南側領土を統括する最高責任者であるピクシス司令から駐屯兵団に知らされたトロスト区奪還作戦。それは、巨人化したエレンが大岩を運び、破壊された扉を塞ぐというものだった。巨人たちがトロスト区に入り続けているいま一刻の猶予もままならない。エレン自身、自らの力を信じているわけではなかったが「オレはならなきゃいけないんだ……みんなの希望に」と決意を固める。

ミカサに向けて振り下ろされた巨人化したエレンの拳。トロスト区奪還作戦は、いきなり暗礁に乗り上げていた。すんでのところでその拳をかわすミカサだったが、再度、エレンはミカサめがけて拳を振り上げる。ついに自らの拳を顔面に打ち込み、動けなくなってしまうエレン巨人。そこに3体の巨人が接近してきて……。作戦の現場指揮を任された精鋭班・班長イアンは判断に苦慮する。

エレンを覚醒させるべく語りかけたアルミンによって、巨人化したエレンは大岩を運び始めた。トロスト区内に侵入した巨人たちがエレンに群がるのを防ぐため、イアンをはじめ精鋭班の班員たちは決死の覚悟で巨人を自らに引き付ける作戦を展開する。数々の命が無残に蹂躙されていくなか、巨人化したエレンはついに壁の穴を大岩で塞ぐことに成功する。

巨人となったエレンに対する民衆の反応は様々だった。壁のより内側に住む者ほど、破滅に導く悪魔と恐れ、より外側に住む者ほど希望へと導く救世主と呼んだ。中央政府はエレンを憲兵団と調査兵団、どちらに引き渡すかの審議にかける。それぞれの兵団の思惑が交錯するなか、エレンの審議が始まる。

審議の結果、調査兵団特別作戦班・通称「リヴァイ班」に所属することになったエレン。調査兵団のなかでも精鋭が集うリヴァイ班はひと癖もふた癖もある個性的な団員で構成されていた。30日後の大規模な壁外遠征を控え、エレンはトロスト区掃討戦の際に捕えた巨人の実験内容をハンジから聞くのだった。

調査兵団が生け捕りにしていた２体の巨人が何者かによって殺されてしまう。第104期訓練兵にも疑いの目が向けられ、一人一人調査が行われた。結局、誰が殺したのかは分からなかったが、訓練兵たちにとっては重要なそれぞれの所属兵団を決める時期が迫っていた。彼らの前に立ったエルヴィンは本来であれば伏せておくべき情報まで明かすのだが……。

エレンと同期のミカサ、アルミン、ジャンたち第104期訓練兵を新たに加えた調査兵団はエルヴィンの指揮のもと第57回壁外調査に出た。長距離索敵陣形にて巨人との接触をできるかぎり避けながら目的地を目指す。しかし陣形内で索敵を担当するアルミンは“知性”を持つ女型の巨人に迫られ窮地に立たされる。

女型の巨人によって、陣形の右翼側索敵に壊滅的な打撃を受けた調査兵団。撤退指令が出るものと思われたが、指令班が下したのは陣形の進路を変えつつ、作戦を続行することだった。その間にも女型の巨人は調査兵団の陣形を破壊しながら団員達を蹂躙していく。そして、ついにエレンが属するリヴァイ班からも目視できる距離まで迫られる。

“巨人殺し”のプロフェッショナルであるリヴァイ班の背後に迫る女型の巨人。しかし、リヴァイ班の面々は女型の巨人を足止めするべく、立ち向かう兵士にあえて増援することなく、ただひたすらに馬を走らせていた。エレンは問う「見殺しにする理由がわからない！　それを説明しない理由もわからない！」と。その問いにリヴァイは、ある選択を投げかける。

数多の犠牲を払いながら、ついに巨大樹の森で女型の巨人を拘束兵器で捕えることに成功した調査兵団。作戦の本来の目的を知らされていなかったほとんどの兵団員は、ようやくエルヴィン団長の真意を知ることとなる。身じろぎひとつできなくなった女型の巨人は、断末魔の悲鳴をあげるが……。

自らの肉体を他の巨人に喰らわせ、蒸気とともに消えた女型の巨人。その中にいた人物は、調査兵団員と同じ制服で兵士の中に紛れ込み、エレンを追っていた。エレンを護衛しながら帰還するグンタを手にかけ、再び女型の巨人となってエレンの前に現れる。オルオ、エルド、ぺトラが連携しながら女型の巨人に立ち向かうが……。

女型の巨人に捕えられたエレンを奪還するべく、そのあとを追うミカサ。そこにリヴァイが追いつき、巨人を仕留めることをあきらめ、エレンを救い出すことに目的を絞る。リヴァイは人間とは思えない驚異的な動きで、ついに女型の巨人の動きを止めることに成功する。ミカサは、止めを刺そうと攻撃に入るが……。

第57回壁外調査は、人類のなかに潜む敵━━巨人化能力を持ち、壁の破壊を企む人間を捉える作戦でもあった。しかし、調査兵団はこの作戦に失敗してしまう。政治的判断からエルヴィンら責任者が王都に召集されるだけでなく、エレンの引き渡しも決まってしまう。そんなおり、ストヘス区憲兵団支部に所属するアニは、調査兵団がストヘス区を通過する間の警備を命じられる。

アルミンの立案した作戦に沿って、アニを地下通路への入口まで誘い出すことに成功したエレン、ミカサ、アルミン。しかし、アルミンの真意に気づいたアニは巨人化し、エレンを死にもの狂いで捕えようとしていた。地下通路内に逃れたエレンたちを狙う女型の巨人・アニ。ミカサ、アルミンを守るためエレンも巨人化を試みるが……。

逃げる女型の巨人（アニ）に、巨人となったエレンは追いつき、2体の巨人は激しい闘いを繰り広げていた。巨人同士の闘いに巻き込まれ、ストヘ ス区市街では想像を絶する被害が出ていた。その責任を憲兵団師団長ナイルに糾弾されるエルヴィン。エルヴィンは「人類の勝利のため」と答え、ナイルの構える銃の前に立つ。