第57回壁外調査は、人類のなかに潜む敵━━巨人化能力を持ち、壁の破壊を企む人間を捉える作戦でもあった。しかし、調査兵団はこの作戦に失敗してしまう。政治的判断からエルヴィンら責任者が王都に召集されるだけでなく、エレンの引き渡しも決まってしまう。そんなおり、ストヘス区憲兵団支部に所属するアニは、調査兵団がストヘス区を通過する間の警備を命じられる。

アルミンの立案した作戦に沿って、アニを地下通路への入口まで誘い出すことに成功したエレン、ミカサ、アルミン。しかし、アルミンの真意に気づいたアニは巨人化し、エレンを死にもの狂いで捕えようとしていた。地下通路内に逃れたエレンたちを狙う女型の巨人・アニ。ミカサ、アルミンを守るためエレンも巨人化を試みるが……。

逃げる女型の巨人（アニ）に、巨人となったエレンは追いつき、2体の巨人は激しい闘いを繰り広げていた。巨人同士の闘いに巻き込まれ、ストヘ ス区市街では想像を絶する被害が出ていた。その責任を憲兵団師団長ナイルに糾弾されるエルヴィン。エルヴィンは「人類の勝利のため」と答え、ナイルの構える銃の前に立つ。