又过去很多天后，艾伦又一次在地牢里醒来，自己依旧被锁在这里。这时法庭中已经在为艾伦准备“特别军事会议”，由三大兵团统帅达利思·扎克雷总统裁决。之后艾伦被两位分队长：韩吉·佐伊、米凯·撒迦利亚斯押送至法庭。审判中，宪兵团和宗教高层因自私自利而对艾伦和三笠加以指责，在艾伦快要失去理智时，利威尔兵长对其施以拳脚令其冷静，并称：这是我一贯的主张，我认为最有效的管教就是疼痛。实则是为了保护艾伦不会在失去理智时被宪兵团杀害。埃尔文团长借此机会将艾伦吸纳进调查兵团。庭审结束后艾伦被送出法庭，在休息室里，利威尔变相的对艾伦道歉了一番，而后分队长韩吉为艾伦检查被利威尔打伤的嘴时，却发现本应断掉的牙奇迹般的重新长出来了。

艾伦在利威尔兵长的带领下进入了调查兵团，利威尔的特别作战小组为了控制随时可能暴走的艾伦入住了城堡。渐渐的，艾伦发现，小组的成员都显得有些奇怪。韩吉分队长来邀请艾伦参加将要进行的巨人活体实验，并在艾伦的请求下为他讲述了曾经实验的细节。巨人们不用食物和水，日光供给他们活动的能量……第二日却有士兵报告，两个巨人被人在夜间杀害了。韩吉分队长难过的快要疯了。

相关人员仍在调查是谁杀害了两名实验巨人，可是没有新的进展。三笠和阿明等104期学员此时开始了自己兵种的选择，在埃尔文团长的一番稍带恐吓分析现状的讲话后，阿尼选择了宪兵团，而康尼，萨莎和让经过了一番艰难的心理斗争后，和三笠、爱尔敏他们一样选择了调查兵团。于是在104期前十名中，三笠·阿克曼，莱纳·布朗，贝特霍尔德·胡佛，艾伦·耶格尔，让·基尔希斯坦，康尼·斯普林格，萨莎·布劳斯，赫里斯塔·兰斯成为调查兵团新成员；阿尼·利昂纳德加入宪兵团，马可·博特阵亡。同时加入调查兵团的主要人物还有阿明·阿诺德和尤弥尔。在调查兵团见到久违的艾伦，大家都激动不已，尤其是三笠，十分关心艾伦是否被虐待或强迫去做什么事。特别行动班和新兵都被列入了第57次壁外调查的名单。