훈련병단에 지원한 엘런, 미카사, 아르민은 힘든 훈련을 받으면서 각지에서 온 동기들과 연대감을 쌓아나가고 있었다. 그런데 병사의 적성을 알아보는 입체기동 훈련이 있는 날, 엘런만이 자세제어에 실패하고 마는데...

월 마리아 돌파 후 5년, 수 년 간의 힘든 훈련을 극복하고 훈련병 졸업을 맞이한 엘런과 친구들. 엘런은 상위 10명에게만 주어지는 헌병단 입단 권한을 마다한 채 조사병단 입단을 결심하는데...