希干希纳区的惨剧发生后五年，艾伦又遭遇到当年毁掉玛利亚之墙的巨人，于是立刻发动立体机动装置，想攻击巨人的要害，但巨人却在一阵蒸气中消失无踪。由于城门已被攻破，为预防巨人们的第二波进军，艾伦们准备展开防卫殊死战……。

34班的同伴们纷纷倒在眼前，就连艾伦也为了救阿尔敏而被巨人吞下，残酷的事实让阿尔敏无法接受。　　另一方面的三笠，为了救正在逃难中的居民，冷静地压制了商会会长，同时也回想起与艾伦相识的悲惨情景来……。

阿尔敏等人因为立体机动装置快用完燃料无法登墙，正好三笠赶来了，提议大家赶往补给部队所在的本部补充燃料，还率先采取行动，却因为得知艾伦丧生的消息内心动摇并失去冷静，在面对巨人时，更丧失了求生意志……。

阿尔敏提议诱导救了三笠的巨人前往驻扎兵团，好杀了其他群聚一起的巨人，于是在柯尼的掩护下，三笠朝向驻扎兵团前进。另一方面，约翰等人也一边与巨人们交战，一边朝著目标前进，最后抢在三笠之前到达本部……。

人类与巨人在托洛斯特区展开一场死斗，而在阿尔敏面前被巨人吞下的艾伦，竟化身为巨人来救人类，还反过来杀了很多巨人，却也因此吓倒众人，更让率领驻扎兵团的基斯因为不相信他，而命令枪口对准艾伦及护着艾伦的三笠与阿尔敏……。

南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾伦巨人化後搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾伦也决定成为大家的希望……。

南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾伦巨人化後搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾伦也决定成为大家的希望……。

巨人化的艾伦，竟对著三笠挥拳，让托洛斯特区夺回作战计划，似乎蒙上一层失败的色彩，尽管三笠快速闪过，但巨人化的艾伦继续攻击，最后还挥拳打中自己，并因此无法动弹。就在此时，有三具巨人朝著艾伦而来……。

艾伦在阿尔敏的刺激下终于觉醒，继续执行任务用大石封住洞口。但在这期间，仍有巨人陆续入侵托洛斯特区。为避免艾伦遭受巨人攻击，精锐部队决定舍命保护艾伦，尽管任务最后终于成功但伤亡人数也不断攀升……。