シガンシナ区の惨劇から5年、エレンは「ウォール・マリア」破壊のきっかけとなった巨人と対峙していた。立体機動装置を作動させ、巨 人の急所であるうなじを狙い攻撃を加えるエレン。しかし、突如発生した大量の蒸気に巨人を見失ってしまう。破壊された開閉扉、壁の修復にあたりながら、巨人の第二波進軍に備えるエレンたち。はたして、迫りくる巨人たちに一矢報いることはできるのか!?

トーマス、ナック、ミリウス、ミーナ、エレン……巨人の前に次々に斃れていく34班の仲間たち。一人生き残ったアルミンは救助に訪れたコニーに声をかけられるが、あまりの出来事に現実を受け入れられないでいた。エレンとは別の部隊で巨人と戦っていたミカサは、エレンと出会ったときのことを回想する。

一時撤退の鐘が鳴ったものの、立体機動装置用のガスが尽きかけているため、壁を登れないジャン、コニー、アルミンたち訓練兵。そこにミカサが追いつき、補給部隊が籠城した駐屯兵団本部に向かうことを提案する。しかしそこには多数の巨人たちが群がっていた。先陣を切って本部奪還に向かうミカサだが……。

窮地に陥ったミカサを救った巨人を補給所まで誘導して、駐屯兵団本部に群がる巨人たちを倒せないか、と提案するアルミン。その提案を受け、コニーの援護のもとミカサは駐屯兵団本部を目指す。一方、ジャンたちは立ち塞がる巨人たちをすんでのところでかわしながら、ミカサたちよりひと足早く本部に辿りついていた。

トロスト区全域で繰り広げられた人類と巨人との死闘。アルミンの目の前で巨人の餌食となったエレンだったが、自ら巨人となりミカサたちの窮地を救った。しかしにわかには信じ難いキッツ率いる駐屯兵団はエレンたちに武器を向ける。キッツから「貴様の正体は何だ？　人か巨人か？」と問われたエレンは……。

巨人が人に化けている──恐怖が伝染した戦場では、エレンやアルミンがどんな申し開きをしようと、誰も聞く耳を持つ者はなかった。エレン達にむかって放たれる砲弾。その刹那、エレンは上半身を巨人化させ、ミカサとアルミンを守ることに成功した。蒸気とともに消えゆく巨人の骨格のなかで、エレンが選択するのは……!?

南側領土を統括する最高責任者であるピクシス司令から駐屯兵団に知らされたトロスト区奪還作戦。それは、巨人化したエレンが大岩を運び、破壊された扉を塞ぐというものだった。巨人たちがトロスト区に入り続けているいま一刻の猶予もままならない。エレン自身、自らの力を信じているわけではなかったが「オレはならなきゃいけないんだ……みんなの希望に」と決意を固める。

ミカサに向けて振り下ろされた巨人化したエレンの拳。トロスト区奪還作戦は、いきなり暗礁に乗り上げていた。すんでのところでその拳をかわすミカサだったが、再度、エレンはミカサめがけて拳を振り上げる。ついに自らの拳を顔面に打ち込み、動けなくなってしまうエレン巨人。そこに3体の巨人が接近してきて……。作戦の現場指揮を任された精鋭班・班長イアンは判断に苦慮する。

エレンを覚醒させるべく語りかけたアルミンによって、巨人化したエレンは大岩を運び始めた。トロスト区内に侵入した巨人たちがエレンに群がるのを防ぐため、イアンをはじめ精鋭班の班員たちは決死の覚悟で巨人を自らに引き付ける作戦を展開する。数々の命が無残に蹂躙されていくなか、巨人化したエレンはついに壁の穴を大岩で塞ぐことに成功する。