Eren attacca il Gigante Colossale, ma questi scompare in una nuvola di fumo prima che il giovane sia in grado di colpirlo. Con la breccia ormai aperta i giganti si riversano a Trost e l'esercito si mobilita per organizzare la difesa e permettere l'evacuazione degli abitanti. Mikasa è assegnata alla retroguardia, mentre la squadra di Eren e Armin è schierata a supporto delle prime linee. I giovani si separano dunque, nonostante le proteste della ragazza che vorrebbe seguire il fratello per proteggerlo. Giunta sul campo di battaglia, la squadra di Eren si accorge che la prima linea è già stata sconfitta e i giganti sono penetrati a fondo nella città. Scendono dunque in campo usando l'Attrezzatura per il Movimento, ma gli avversari si rivelano incredibilmente forti e agili, e, uno ad uno, tutti i soldati sono uccisi o mangiati, mentre Eren perde parte della gamba sinistra. Armin, paralizzato dalla paura nel vedere la morte dei suoi compagni, non riesce a opporsi a un gigante che lo raccoglie e lo ingoia vivo; ma nel sentire l'urlo di disperazione dell'amico, Eren si risveglia e, tenendo aperta la bocca del gigante, riesce a estrarne Armin. Tuttavia, mentre si trova ancora nella gola del titano, questi serra le mascelle e lo ingoia, staccandogli parte del braccio sinistro.

Nelle retrovie un ricco mercante cerca di mettere in salvo il proprio carro carico di beni attraverso lo stretto arco della porta, ostruendo così il passaggio ai cittadini in fuga dalla città sotto attacco. Mentre la folla protesta per l'egoismo dell'uomo, senza essere in grado di opporvisi, un gigante che ha oltrepassato le difese si avvicina rapidamente alla porta, ma viene abbattuto all'ultimo da Mikasa. La ragazza minaccia ritorsioni contro il mercante ottenendo così il passaggio dei cittadini. Successivamente, mentre Mikasa è a colloquio con il suo superiore, le torna alla mente l'episodio della sua infanzia, quando i suoi genitori furono assassinati da un gruppo di uomini e lei rapita per essere rivenduta per i suoi tratti orientali. Il dottor Jaeger e Eren si accorgono degli omicidi e, nonostante l'ordine del padre di tornare a casa, il giovane si mette sulle tracce dei rapitori e li trova in una capanna vicina. Nel tentativo di salvare la ragazza uccide due uomini, ma viene sorpreso dal terzo che tenta di strangolarlo. Con l'ultimo fiato il ragazzo cerca di convincere Mikasa a uccidere il malvivente, cosa che fa dopo aver realizzato che il mondo è permeato dalla morte e che solo combattendo si può sopravvivere. All'arrivo della Gendarmeria, il dottor Jaeger rimprovera il figlio per il suo gesto sconsiderato. Inoltre invita Mikasa a venire a vivere con lui e la sua famiglia, dal momento che la ragazza non ha più un posto da poter chiamare casa, mentre Eren le dona la sua sciarpa in segno di amicizia. Al termine del flashback Mikasa avanza verso la prima linea in soccorso delle altre squadre.

Con l'evacuazione degli abitanti completata, il gruppo dei cadetti ha quasi esaurito il propellente dell'Attrezzatura per il Movimento ed è quindi impossibilitato a lasciare il campo di battaglia. Tra la disperazione generale per la paura di morire mangiati dai giganti, arriva Mikasa, che scopre da Armin della morte di Eren e di tutto il suo squadrone. Apparentemente poco scossa dalla notizia, la ragazza sprona i suoi compagni ad aprirsi un varco verso il quartier generale per rifornirsi di gas e lasciare la città, tuttavia finisce presto il carburante e cade in un vicolo. Qui il peso della notizia della morte del fratello la colpisce con più violenza, e abbattuta dall'aver perso nuovamente la sua famiglia, decide di non combattere al sopraggiungere di un gigante. Ciononostante, quando il gigante si avvicina per raccoglierla, lei reagisce automaticamente, ricordando le parole di Eren sul combattere. Nel mentre si prepara ad attaccare la creatura con l'ultima lama rimastale, un gigante dai capelli lunghi, che nel frattempo si era avvicinato, colpisce l'avversario della ragazza e lo calpesta fino a ucciderlo. Intanto Mikasa viene portata in salvo sopra a un tetto da Armin e Connie, e i tre rimangono a vedere stupefatti, mentre il gigante assume una posa da combattimento corpo a corpo e uccide un altro suo simile colpendolo nel suo punto debole dietro la nuca. Armin consegna a Mikasa le sue bombole di gas e le sue lame, così che possa attaccare con successo i giganti. I tre cadetti partono quindi per il quartier generale, ancora incuriositi dallo strano comportamento del gigante, che Mikasa associa all'incarnazione dell'odio dell'umanità nei confronti dei giganti.

Con il quartier generale circondato da giganti, Armin propone di attirare il gigante che attacca i suoi simili per aprirsi un varco e sconfiggerli. Nel frattempo il gruppo guidato da Jean raggiunge l'edificio e riesce a entrarvi al prezzo del sacrificio di alcuni compagni, poco prima dell'arrivo di Armin, Connie e Mikasa. Il piano di Armin funziona, ma mentre il gigante è impegnato a combattere all'aperto, sette giganti minori si aggirano nell'area contenente i rifornimenti di gas, impedendo l'accesso ai soldati. Il giovane prepara quindi un nuovo piano, per attirare l'attenzione dei giganti verso un gruppo di soldati, accecarli per un istante sparandogli negli occhi con dei fucili e dare modo a sette compagni di calarsi dal soffitto per colpirli nel loro punto debole. Connie e Sasha non riescono a uccidere i loro bersagli e vengono salvati da Mikasa e Annie. Una volta riforniti di propellente, i soldati si preparano a lasciare l'edificio, ma si fermano a osservare il gigante combattente mentre sconfigge i suoi simili e cade al suolo stremato. Con loro grande sorpresa notano che dal corpo del gigante fuoriesce la sagoma di Eren. Mikasa si precipita a prelevarlo e piange di gioia nel constatare che il fratello è ancora vivo, mentre Armin osserva meravigliato che gli arti recisi dell'amico sono tornati al loro posto.

L'Armata Ricognitiva, guidata dal caporale Rivaille, riprende possesso di una città invasa dai giganti, ma è richiamata d'urgenza a Trost per aiutare le difese. Eren ripercorre gli eventi che l'hanno portato nello stomaco del gigante e il suo sfogo di rabbia che gli ha permesso di liberarsi, trasformandosi in gigante e attaccando senza pietà i nemici dell'umanità. Quando il giovane riprende conoscenza, si trova circondato da soldati in atteggiamento minaccioso, con Armin al suo fianco e Mikasa a proteggerli. Il comandante del Corpo di Guarnigione di Trost, Kitz Verman, infatti, è spaventato dalla doppia natura di Eren e teme di aver portato un nemico all'interno del Wall Rose. Nonostante il giovane neghi di essere un gigante, Kitz impaurito dà l'ordine di fare fuoco su di lui coi cannoni. Mentre i tre cercano di fuggire, a Eren tornano alla mente ricordi della sua infanzia, quando il padre gli fece un'iniezione, dicendogli di usare il suo potere per riconquistare il Wall Maria e aprire il seminterrato della loro casa con le chiavi che gli aveva lasciato. Per proteggere Armin e Mikasa dai cannoni, si morde quindi il dito e si trasforma in gigante.

Dopo essersi parzialmente trasformato in gigante ed essere riuscito a intercettare la palla di cannone, proteggendo Armin e Mikasa, Eren si libera dal corpo del gigante. Oscurati dalla coltre di fumo generata dall'impatto, Eren comunica agli amici la sua intenzione di raggiungere lo scantinato della sua vecchia casa per cercare delle risposte sull'origine dei giganti e sulla sopravvivenza del genere umano. Per far ciò propone due piani: il primo consiste nel trasformarsi in gigante e fuggire per conto proprio, condannandosi però come traditore e nemico agli occhi dell'umanità; il secondo prevede che Armin sia in grado di convincere Kitz sul fatto che Eren non sia una minaccia per gli uomini ma una risorsa. L'amico accetta, felice di potersi sdebitare con la dialiettica, dei tanti episodi in cui Eren e Mikasa lo avevano aiutato, ma nonostante riesca a muovere i sentimenti dei soldati, Kitz è ancora troppo spaventato e, senza sentire ragioni, si prepara a dare un nuovo ordine di attacco. Il comando è però interrotto dal comandante della regione militare del sud, Dot Pixis. Egli chiede a Eren se se la sente di trasformarsi nuovamente in gigante per bloccare la breccia nel muro esterno di Trost e cercare di riconquistare la città. Il giovane accetta nonostante non sia sicuro di riuscire a controllare la sua forma di gigante.

Mentre Armin aiuta i subordinati di Pixis a escogitare un piano per chiudere la breccia nelle mura, il morale delle truppe cala rapidamente poiché alcuni soldati cominciano a mettere in discussione una nuova missione giudicata suicida e pensano di disertare. Dot riesce a ristabilire l'ordine ricordando ai soldati che questa occasione costituisce la loro ultima possibilità per fermare i giganti e proteggere le loro famiglie. Affermando che Eren sia il risultato di un progetto di massima segretezza per trasformare gli umani in giganti, il comandante progetta di assemblare il grosso delle truppe in un angolo della città, per attirare i giganti e dare modo a Eren, trasformato in gigante, di trasportare un'enorme masso e chiudere così la breccia. Il piano prevede inoltre che Eren sia protetto da Mikasa e dai tre migliori soldati della Guarnigione di Trost: Ian Dietrich, Rico Brzenska e Mitabi Jarnach. Mentre si dirigono verso il masso, Rico ricorda a Eren che molte vite sono in gioco nella missione e che il giovane ne è in qualche modo responsabile. Arrivati alla roccia, Eren si trasforma in gigante, ma perde il controllo e attacca Mikasa.

Mikasa cerca invano di far ragionare Eren trasformato in gigante; così, mentre la creatura cerca di sferrare un pugno contro la ragazza, si colpisce da solo, stordendosi e accasciandosi al suolo. La guardia di élite a protezione di Eren segnala con un razzo rosso che il piano è fallito, per cui Armin si dirige sul luogo per accertarsi delle condizioni degli amici. Intanto dopo una discussione, la guardia di élite decide di continuare a proteggere Eren, riconoscendo in lui una risorsa militare preziosa. Durante le operazioni sul lato interno del Wall Rose, Jean rimane separato da Connie e Annie a causa di un malfunzionamento all'Attrezzatura per il Movimento Tridimensionale, ed è costretto a cercare rifugio in un edificio per nascondersi dai giganti. Quando Armin raggiunge Eren questi è ancora privo di sensi. Il giovane conficca allora la sua spada alla base del collo del gigante, in prossimità del punto dove Eren controlla il gigante, risvegliandolo per un istante. Mentre Armin parla del mondo esterno e della promessa di Eren di uccidere tutti i giganti, Eren si risveglia dal suo stato onirico e riacquista coscienza.

Jean recupera un'Attrezzatura per il Movimento da un soldato deceduto e riesce a fuggire grazie ad Annie, Connie e Marco che nel frattempo distraggono i giganti. Intanto Eren nel suo stato da gigante trasporta il masso verso la breccia e la sigilla, mentre tutt'intorno i soldati attirano i giganti lontano da Eren, sacrificando in certi casi la loro vita. Mentre Armin è impegnato a estrarre il corpo dell'amico dal gigante, i due vengono circondati da altrettante creature, ma sono salvati dal tempestivo arrivo di Rivaille. Con la breccia nel muro finalmente chiusa, i soldati si concentrano nell'abbattere tutti i giganti intrappolati a Trost, preservandone due a scopo di ricerca. Quando Eren si risveglia, si ritrova rinchiuso in una cella sorvegliata dal Corpo di Gendarmeria. Qui riceve la visita di Rivaille e del comandante Elvin Smith dell'Armata Ricognitiva. Dopo aver constatato la sua determinazione nel voler distruggere i giganti, Rivaille accetta di accogliere Eren nel suo squadrone, ma lo avverte che se dovesse tradirli o perdere il controllo, non si farà scrupoli a ucciderlo personalmente.