生活在希干希納區的少年艾連．葉卡一直都嚮往加入進行牆外調查活動的調查軍團。然而與小夥伴們嬉笑的平和日子在某一天被突然出現在牆外的超大型巨人所破壞。這個巨人踢開了希干希納區與外界相通的大門，引入了大量以吞噬人類的巨人入城。此外，飛濺的石塊砸中了艾連．葉卡的家並壓住了他的母親。艾連只能眼睜睜的看著自己的母親被巨人吞噬。

為了躲避不斷湧入的巨人，希干希納區的人們逃進了瑪利亞之牆內。但是此時出現了一個全身覆滿鎧甲的巨人撞開了希干希納區瑪利亞之牆的城門，導致瑪利亞之牆內的人被迫往更裡面的羅塞之牆轉移。由此帶來的食物短缺導致政府命令難民返回去奪回瑪利亞之牆，由此導致人口銳減20%。而此時的艾連．葉卡為了報仇而與同伴加入了第104期訓練兵。