女型の巨人との戦闘の後、壁の中から発見された巨人。その正体を聞き出そうと、ハンジはニック司祭を激しく責め立てるが、ニックは脅しに屈することなく黙秘を貫くのだった。遡ること12時間前、ウォール・ローゼ南区で待機するコニーやサシャら104期生のもとに巨人が多数襲来したとの情報が伝えられる。巨人の群れが進む先には、コニーの故郷の村があった。コニーたちをそこへ向かわせるため、分隊長のミケがとった行動は……？

巨人発見より５時間後、北の森に向かったサシャは故郷の村まで到達する。サシャの胸中によみがえる、父親との苦い思い出……。３年ぶりの故郷は最早、人の住める土地ではなく、その先に見つけた新しい村でサシャは凄惨な光景を目の当たりにする。一方で、急ぎウォール・ローゼをめざすエレンたちだったが、同行者の中には何故かニックの姿があった。ウォール教が知る壁の秘密を開示するべきか、彼は自分の目で確かめるという。

コニーの故郷に人影は一切なく、代わりに残されていたのは一体の巨人が仰向けに倒れた姿のみ。失意のコニーの耳に届く、微かな声。それは巨人が発したように思われたが……。時を同じくして、リコ率いる駐屯兵第一師団精鋭部隊は東防衛線で巨人と交戦し、ハンネス率いるウォール・ローゼ対策部隊は壁沿いの道を偵察するも未だ一匹の巨人とも遭遇しないままだった。それぞれに胸騒ぎを覚えたまま、巨人出現から最初の夜が訪れる。

コニーやライナー、ベルトルトのいる南班、そしてクリスタとユミルがいた西班は暗闇の中で合流し、ウトガルド城という古城跡で共に夜を明かすことになった。だが、見張りが気づいたときには既に城の周りを大勢の巨人が取り囲んでいた。戦闘用の装備を持たない104期生たちは塔の中へ一時避難するが、突破されるのは時間の問題だった。巨人の侵入を防ごうと孤軍奮闘するライナー。彼の脳裏にフラッシュバックする記憶とは……？

エレンたちがまだ訓練兵団だった頃。とある雪山での訓練を終えた後、ふと気づくとクリスタとユミルの姿が見えなくなっていた。クリスタは訓練中に体調を崩したダズのそばについていて、また、ユミルはそんなクリスタに付き合っているうちに遭難してしまったのだ。吹雪の中、すっかり日も暮れて、息も絶え絶えなダズを引きずって山のふもとをめざすクリスタ。このままでは３人とも助からないという状況で、クリスタのとった決断は!?

ウトガルド城を取り囲んだ巨人の群れはユミルの活躍と、駆けつけた調査兵団の主力部隊によって撃退された。重傷を負ったユミルは治療のためトロスト区に送られることとなり、残った調査兵団は壁の修復作戦を再開することに。ところが、穴の位置を知らせに来たはずのハンネスは「穴はどこにもない」と報告する。穴がないのだとしたら、巨人はどうやって壁の内側に現れたのか？　疑問を抱えたまま、エレンたちはトロスト区で待機する。

「鎧の巨人」と「超大型巨人」がエレンの目の前に出現。激昂したエレンはすぐさま巨人化し、鎧の巨人の顔面に拳を叩きこむ。一方、超大型巨人は調査兵団が待機していた壁を破壊し、昏睡状態のユミルを捕らえて自らの口の中に放り込むのだった。調査兵団はハンジの号令のもと、一斉に超大型巨人へ襲いかかるが、巨人が全身から蒸気を噴出させたため、近づくことすら不可能となった。その頃、鎧の巨人を相手に苦戦するエレンは……？

エレン巨人は鎧の巨人をあと一歩のところまで追いつめたが、超大型巨人の頭部が落下してきたことにより形勢は逆転し、エレンは鎧の巨人に連れ去られてしまう。さらに、超大型巨人の発生させた熱と風圧が、その場にいた兵士たちに甚大なダメージを与える。倒れたミカサが目を覚ましたときには、既にエレンの敗北から５時間が経過していた。エレンを想って、涙するミカサ。そんなミカサやアルミンを、ハンネスは勇気づけるのだった。

鎧の巨人との戦いに敗れたエレンは、巨大樹の森で目を覚ます。そこにはエレンと同様に巨人化の能力を有する者たちがいた。巨人の巣窟となった森では、たとえ巨人になったとしても生き抜くことは困難であり、そもそも戦い終えたばかりのエレンには巨人になれるだけの体力はない。即ち今のエレンに出来ることは、巨人が動かなくなる夜まで大人しく待つことだけ。そんなエレンに、ある人物が「俺達の故郷に来てもらう」と語りかける。

日没まであと１時間。調査兵団の精鋭たちがついに巨大樹の森に到達した。目的はあくまで戦闘ではなく、エレンを見つけ出し奪還すること。だが、それでも危険な作戦であることに変わりはない。そんな中で、クリスタだけは絶対に助け出さなければならないと、ユミルの心に焦りが生じていた。ユミルは思い出す。貧民街で暮らしていた幼い頃と、その後の数奇な運命、そしてクリスタとの出会いを――。はたして、ユミルはどう動くのか!?

森に突入しようとしていたエルヴィンの前に姿を現す、鎧の巨人。その肩には、ある人物の背中に括りつけられたエレンの姿があった。巨人に連れ去られる前に、何としてでもエレンを救い出そうとする調査兵団。しかし、鎧の巨人とその協力者に攻撃を仕掛けるミカサを、もう一体の巨人が何度も妨害するのだった。その巨人を殺さなくてはならないと、敵意を剥き出しにするミカサ。彼女の前に立ち、戦いをやめるよう呼びかけたのは――!?

エルヴィンが引き連れてきた巨人の大群が、鎧の巨人に襲いかかる。まるで地獄のような光景が繰り広げられる中、調査兵団はエレンの奪還に何とか成功した。だが、退避する兵たちに向けて、鎧の巨人が他の巨人を投げつけてくる。その衝撃で落馬したエレンとミカサの前に出現したのは、５年前のあの日、エレンの母・カルラを食った巨人だった。憎き仇との因縁に自らの手で決着をつけるため、エレンは巨人となって戦おうとするが……。