降りしきる雨の中、一人の兵士が倒れている。その横で謎の巨人の蒸気の中から、あの男が這い出てきて……。その頃、始まりの地・シガンシナ区でマーレが奇襲を仕掛け、巨人たちも動き出す。そして、始祖の巨人と鎧の巨人が再び対峙する。「来いよ、ライナー」。

ミカサの「助けたい」と思う気持ちは本物なのか。エレンは何のために戦っているのか……。地を響かせ激突する巨人たち。マーレの奇襲に人々は武器を手に戦場へと向かう。

獣の巨人と始祖の巨人、事態の鍵を握る2体の巨人を目指し、人々は争いを広げる。互いの思いと記憶が交錯し、兄弟の目指す先にあるものとは。

弟は兄を拒み、兄は弟を見捨てなかった。救いたい思いだけ。たどり着いた果ての場所でエレンとジークはあの日の記憶とともに、父・グリシャの真実を知る。

二千年前から抗い、戦い、進み続けてきたものたちの物語。それは、一体誰が始めた物語だったのか。歩き続ける始祖ユミルにエレンは語りかける「待っていたんだろ。ずっと…。二千年前から。誰かを。」

ごうごうと鳴り響く大地。空まで立ち上る土煙。その先を進む、巨人の群れ。島の壁は今、なくなった。この世からそこにある命を駆逐するまで、誰もエレンを止めることはできない。