距离人类与巨人的壮烈战斗开始至今，已经过了多少岁月呢……。艾伦·耶格尔一心向往、终于抵达的海的另一端，却持续着不知何时会结束的战争。他们究竟是谁，又是为何而战？现在，一名少年兵抱着必死的觉悟，投身于最前线的战场…

长达4年的马莱与中东联合国的战争结束了。但是，两大的突然消失和马莱战士的战场上的表现表明，巨人之力所向无敌的时代即将结束。为了挽回因外国持续开发反巨人武器而对马莱造成的不利局面，吉克向军队的上层进言，建议重启对帕拉迪岛作战计划。

回到故乡，与母亲重逢的莱纳。在那天晚上回想起了以成为战士为目标的童年时光。拥有艾尔迪亚人母亲的莱纳的梦想就是和母亲一起获得荣誉马莱人的称号，进而和离开他们的父亲一起生活。如果能继承巨人的力量成为拯救世界的英雄的话，相信这个愿望一定能够实现…...

战士候补生之一的法尔克格莱斯。为了守护爱慕的贾碧·布朗，自己必须继承铠之巨人。但是自己与贾碧的成绩差距却越来越大。这时候，垂头丧气的法尔克听到了一个男人向他打招呼.....

莱纳被法尔可带着进入了一个地下室，看见坐在地下室里等待着他的那张脸感到惊愕不已。与此同时，威利·戴巴受到全世界瞩目的演说即将开始…

威利·戴巴通过演说在全世界面前向帕拉迪岛发出了宣战公告。就在这时，喧闹的广场上，出现了一位不速之客的身影......

帕拉迪岛（Paradis）的部队开始进攻，战士们挺身面对能在空中移动自如、迎面袭来的敌人。这场战斗究竟会如何演变…

在没有巨人威胁的情形下，调查兵团撤退到飞艇上。贾碧握枪追赶着，决心要让他们为践踏她的家园付出代价。