ロッドが語るレイス家の真実。何代にもわたって受け継がれてきた巨人の力は今、エレンの中にあるという。ヒストリアは叫ぶ。その力を手に入れ、世界の歴史を継承し、この世から巨人を駆逐することこそが自分の使命だと。一方、真実を知ったエレンは償いきれない罪を犯してしまったと涙を流し、人類の命運をヒストリアに託す覚悟を決める。そんなエレンの想いを受けたヒストリアは、ロッドの目論み通りに巨人化してしまうのだろうか？

ヒストリアはロッドに逆らい、エレンを連れて礼拝堂から脱出しようとする。すると、床にこぼれた薬品を体内に取り入れたロッドが巨人化してしまった。その衝撃で飛ばされるヒストリアと拘束されたままだったエレンを、駆けつけた調査兵団の仲間たちが救う。そうしている間にもロッド巨人の体は形成されていき、その大きさは超大型巨人をも超えるものとなった。仲間が危機に直面したとき、エレンは再び自分を信じることを選択する。

エレンは仲間を守ることができたが、同時にロッド巨人も地上に出てきてしまった。高熱を発し、周囲の木々を焼きながら、ロッド巨人はゆっくりと歩みを進める。その先にはオルブド区があるが、エルヴィンはあえて避難指示を出さずに巨人を迎え撃つ作戦を立てる。被害がウォール・シーナの中心部にまで及ぶことを防ぐためにオルブド区の住民をおとりにしつつ、ひとりも死傷者を出さないという困難な戦いに、調査兵団が立ち向かう。

ロッド巨人は倒され、自らとどめを刺したヒストリアは住民や兵士たちの前で自分が真の王であることを宣言する。その頃、礼拝堂の崩落現場から脱出したケニーは大量の血を流し、息も絶え絶えになりながら横たわっていた。ケニーの脳裏に浮かんでは消える自らの壮絶な生涯―。ふと気がつくと、目の前にはリヴァイが立っていた。ケニーは生きるための最後のあがきをするかのように、巨人化する薬品の入った注射器を取り出すのだった…

ヒストリアの戴冠から２か月。牧場で孤児たちの面倒を見るヒストリアは、人々から親しみを込めて「牛飼いの女神様」と呼ばれていた。調査兵団ではエレンが得た硬質化の能力に関する実験が行われ、対巨人兵器の開発に成功する。度重なる実験は体に大きな負担を強いるものだったが、エレンは、巨人を一掃できるなら自分の身が削られることなどいとわない覚悟を見せる。そして、ある人物のことを思い出すのだった。

調査兵団の悲願であるウォール・マリア奪還作戦は、２日後に決行されることとなった。リヴァイは手負いのエルヴィンに対し出陣を控えるよう進言するが、エルヴィンは固辞。「この世の真実が明らかになる瞬間に立ち会わなければならない」と語るエルヴィンの強い意志に、リヴァイも納得してその場を去るのだった。その夜、兵舎で盛大な宴会が催され、英気を養う兵士たち。エレンたちはここまでの戦いを振り返り、決意を新たにする。