艾連等104期兵決議被編入里維班。為了達成堵住瑪利亞之牆這個最初的目的，漢吉進行著實驗摸索能讓艾連自由令巨人化後的身體產生硬質化的方法，但此時卻傳來了尼克神父被謀殺的消息。就在里維聽到漢吉報告表示判斷尼克的謀殺案是由中央憲兵所為時，收到來自艾爾文的信。信裡所寫的內容是…？

艾連和希絲特利亞搭乘的馬車被襲擊，兩人就這樣被綁架了。里維正要追上去時，出現了謎樣的男人阻擋在他眼前。一看清男人的臉，里維立刻怒吼了男人的名字 ──「肯尼！！」看樣子這個神秘的男人，似乎是和里維的過去有關的對象。兩人的戰鬥正是拚死奪命的最佳演練。並非是人類對巨人，而是人類對人類的、運用立體機動裝置進行的死鬥。目擊這不可思議光景的約翰等人，也被捲入了這場戰鬥之中。

被綁架的希絲特莉亞醒來時所看見的，是自稱是她父親 ─ 羅德．雷斯的中年男性。羅德緊抱住希絲特莉亞，開口說明關於雷斯家的重大秘密。另一方面，漢吉也從逮到的憲兵口中得知了雷斯家的秘密。漢吉為了決定今後的行動方針，打算將雷斯家的秘密通知艾爾文。就在此時，艾爾文正和皮克希斯會面，表明自己打算推進人類歷史的決心。

調查兵團由於憲兵團的計策，被誣陷背負殺害平民的罪名。另一方面，進行巡邏的一男一女兩位憲兵 ─ 馬洛與希琪踏入眾人藏身的森林。雖然發現了正在汲水的阿爾敏，但反而被里維他們逮住。不過馬洛對憲兵團的做法抱持疑問，主動提出要協助調查兵團。里維將兩人交給約翰看守，但約翰對這兩人並不信任，對他們刀刃相向。

調查兵團的命運正走向終結。被中央憲兵逼入絕境，艾爾文也即將被處刑。在王之間接受最後審判的艾爾文主張，「失去調查兵團、同等於人類將失去反擊的利矛」── 卻沒有任何人願意傾聽他的想法。就在他要被拉去處刑時，突然傳來了超大型巨人和盔甲巨人突破羅塞之牆的通報。人類的未來究竟該託付給誰呢！？

在那之後到底經過多久了呢。在禮拜堂地底醒來的艾連身體被鎖鏈鎖住，站在他眼前的，是已經自稱取回所有記憶的希絲特莉亞和羅德。在羅德和希絲特莉亞伸手摸他的背部時，艾連的腦中浮現了不祥的記憶 ── 五年前的某個夜晚襲擊雷斯家的那場悲劇的真相。在那天晚上奪走羅德所有家人的，正是艾連的父親 ─ 古利夏．葉卡。