艾伦等104期兵被编入利威尔班。为了达成夺回玛利亚之墙的目标，韩吉开始进行能让巨人化的艾伦的身体自由硬质化的实验。但是却传来了尼克神父被暗杀的消息。收到了韩吉断定尼克之死与中央宪兵有关的报告后，利威尔又到了艾尔文的信。写在信中的内容是......

载着艾伦和希斯特利亚的马车被袭击，两人就这样被夺走了。阻挡在欲追的利威尔面前的神秘男子凯尼看来是过去和利威尔有关系的对象。两人之间赌上性命的战斗，不是巨人对人类，而是人类之间使用立体机动装置进行的死斗。知悉了这一切的104期兵们也被卷入了战斗中。

失去了幼年记忆的的希斯特利亚睁开眼睛，发现了一个名为罗德·雷斯的男子自称是她的父亲。罗德一边抱住希斯特利亚，一边说出了关于雷斯家的重大秘密。另一方面，韩吉也通过俘虏的中央宪兵了解了雷斯家的秘密。为了决定今后方针，韩吉告知了艾尔文关于雷斯家的情报。那时，艾尔文正在会见皮克西斯，表明了要推翻王政的决心。

调查兵团在中央宪兵的设计诬陷下背负了杀害平民的罪行。利威尔班因此遭到王政府的通缉，奉命搜捕调查兵的宪兵马尔洛和希琪踏入了利威尔班躲藏着的森林。发现了打水的阿尔敏，但二人随后便被埋伏的利威尔等人控制。对宪兵团的做法抱有疑问的马尔洛提出了协助调查兵团的请求。利威尔把处理两名宪兵的任务交给了让……

调查兵团的命运行将结束。在中央宪兵的逼迫下，艾尔文即将被处决。在王座之间，艾尔文接受了最后的审判。艾尔文坚持主张“失去调查兵团意味着失去人类的矛”，但却徒劳无功。眼看艾尔文就要被带到处刑台的时候，传来了超大型巨人和铠之巨人突破了罗塞之墙的消息。人类的命运，到底应该托付给谁呢......

不知过了多久，在礼拜堂的地下醒来的艾伦发现身体被锁链所拘束，眼前站着的是罗德和希斯特利亚。当二人的手触碰到后背时，艾伦的脑中浮现出了不祥的记忆。那是5年前的某个夜晚，雷斯家被袭击的真相：那个晚上杀死罗德全家人的，正是艾伦的父亲格里沙·耶格尔.....