엘렌을 비롯한 104기 병사들은 새로운 리바이반에 들어가게 된다. 월 마리아에 뚫린 구멍을 막는다는 원래의 목적을 달성하기 위해, 거인화한 엘런의 몸을 자유자재로 경화하는 방법을 연구하던 한지에게 닉 사제가 살해당했다는 연락이 도착한다.

마차가 습격당해 그대로 납치되어버린 엘런과 히스토리아. 그리고 그 뒤를 쫓는 리바이의 앞에 나타난 한 남자. 그 남자의 얼굴을 본 리바이는 케니라고 외친다. 리바이의 과거와 연관 있어 보이는 그 남자와의 싸움은 마치 서로의 목숨을 빼앗으려는 모양새인데...

눈을 뜬 히스토리아의 앞에 자신이 아버지라고 말하는 로드 레이스가 나타난다. 그리고 로드는 히스토리아를 품에 안으며 레이스 가문에 관련된 중대한 비밀을 밝힌다. 한편 한지도 고문 끝에 헌병의 입을 열어 레이스 가문의 비밀과 마주하게 된다.

헌병단의 계획대로 민간인을 살해했다는 누명을 쓰게 된 조사병단. 조사병단이 잠복해 있는 숲에 수색 담당 헌병인 마를로와 하치가 발을 들인다. 이윽고 물을 긷던 아르민을 발견한 두 사람은 그를 구속하려 하지만, 되려 조사병단에게 구속되고 만다.

조사병단의 운명의 결말이 코앞으로 다가왔다. 중앙헌병에게 쫓기고 있는 데다 엘빈의 처형이 집행될 예정. 최후의 재판을 받게 된 엘빈은 조사병단을 잃는 것은 인류의 창을 잃는 것을 의미한다고 주장하지만 아무도 귀를 기울이지 않고 처형대로 올라갈 위기에 처하는데...

예배당 지하에서 눈을 뜬 엘런의 몸은 쇠사슬에 묶여 있고, 눈 앞에는 아버지 로드의 편을 들며 해명하는 히스토리아가 서 있다. 로드와 히스토리아의 손이 엘런의 등에 닿는 순간 엘런의 가슴 속 깊은 곳에서 끔찍한 기억이 피어오르는데...