「鎧の巨人」と「超大型巨人」がエレンの目の前に出現。激昂したエレンはすぐさま巨人化し、鎧の巨人の顔面に拳を叩きこむ。一方、超大型巨人は調査兵団が待機していた壁を破壊し、昏睡状態のユミルを捕らえて自らの口の中に放り込むのだった。調査兵団はハンジの号令のもと、一斉に超大型巨人へ襲いかかるが、巨人が全身から蒸気を噴出させたため、近づくことすら不可能となった。その頃、鎧の巨人を相手に苦戦するエレンは……？

エレン巨人は鎧の巨人をあと一歩のところまで追いつめたが、超大型巨人の頭部が落下してきたことにより形勢は逆転し、エレンは鎧の巨人に連れ去られてしまう。さらに、超大型巨人の発生させた熱と風圧が、その場にいた兵士たちに甚大なダメージを与える。倒れたミカサが目を覚ましたときには、既にエレンの敗北から５時間が経過していた。エレンを想って、涙するミカサ。そんなミカサやアルミンを、ハンネスは勇気づけるのだった。

鎧の巨人との戦いに敗れたエレンは、巨大樹の森で目を覚ます。そこにはエレンと同様に巨人化の能力を有する者たちがいた。巨人の巣窟となった森では、たとえ巨人になったとしても生き抜くことは困難であり、そもそも戦い終えたばかりのエレンには巨人になれるだけの体力はない。即ち今のエレンに出来ることは、巨人が動かなくなる夜まで大人しく待つことだけ。そんなエレンに、ある人物が「俺達の故郷に来てもらう」と語りかける。

日没まであと１時間。調査兵団の精鋭たちがついに巨大樹の森に到達した。目的はあくまで戦闘ではなく、エレンを見つけ出し奪還すること。だが、それでも危険な作戦であることに変わりはない。そんな中で、クリスタだけは絶対に助け出さなければならないと、ユミルの心に焦りが生じていた。ユミルは思い出す。貧民街で暮らしていた幼い頃と、その後の数奇な運命、そしてクリスタとの出会いを――。はたして、ユミルはどう動くのか!?

森に突入しようとしていたエルヴィンの前に姿を現す、鎧の巨人。その肩には、ある人物の背中に括りつけられたエレンの姿があった。巨人に連れ去られる前に、何としてでもエレンを救い出そうとする調査兵団。しかし、鎧の巨人とその協力者に攻撃を仕掛けるミカサを、もう一体の巨人が何度も妨害するのだった。その巨人を殺さなくてはならないと、敵意を剥き出しにするミカサ。彼女の前に立ち、戦いをやめるよう呼びかけたのは――!?

エルヴィンが引き連れてきた巨人の大群が、鎧の巨人に襲いかかる。まるで地獄のような光景が繰り広げられる中、調査兵団はエレンの奪還に何とか成功した。だが、退避する兵たちに向けて、鎧の巨人が他の巨人を投げつけてくる。その衝撃で落馬したエレンとミカサの前に出現したのは、５年前のあの日、エレンの母・カルラを食った巨人だった。憎き仇との因縁に自らの手で決着をつけるため、エレンは巨人となって戦おうとするが……。