女型の巨人との戦闘の後、壁の中から発見された巨人。その正体を聞き出そうと、ハンジはニック司祭を激しく責め立てるが、ニックは脅しに屈することなく黙秘を貫くのだった。遡ること12時間前、ウォール・ローゼ南区で待機するコニーやサシャら104期生のもとに巨人が多数襲来したとの情報が伝えられる。巨人の群れが進む先には、コニーの故郷の村があった。コニーたちをそこへ向かわせるため、分隊長のミケがとった行動は……？

巨人発見より５時間後、北の森に向かったサシャは故郷の村まで到達する。サシャの胸中によみがえる、父親との苦い思い出……。３年ぶりの故郷は最早、人の住める土地ではなく、その先に見つけた新しい村でサシャは凄惨な光景を目の当たりにする。一方で、急ぎウォール・ローゼをめざすエレンたちだったが、同行者の中には何故かニックの姿があった。ウォール教が知る壁の秘密を開示するべきか、彼は自分の目で確かめるという。

コニーの故郷に人影は一切なく、代わりに残されていたのは一体の巨人が仰向けに倒れた姿のみ。失意のコニーの耳に届く、微かな声。それは巨人が発したように思われたが……。時を同じくして、リコ率いる駐屯兵第一師団精鋭部隊は東防衛線で巨人と交戦し、ハンネス率いるウォール・ローゼ対策部隊は壁沿いの道を偵察するも未だ一匹の巨人とも遭遇しないままだった。それぞれに胸騒ぎを覚えたまま、巨人出現から最初の夜が訪れる。

コニーやライナー、ベルトルトのいる南班、そしてクリスタとユミルがいた西班は暗闇の中で合流し、ウトガルド城という古城跡で共に夜を明かすことになった。だが、見張りが気づいたときには既に城の周りを大勢の巨人が取り囲んでいた。戦闘用の装備を持たない104期生たちは塔の中へ一時避難するが、突破されるのは時間の問題だった。巨人の侵入を防ごうと孤軍奮闘するライナー。彼の脳裏にフラッシュバックする記憶とは……？

エレンたちがまだ訓練兵団だった頃。とある雪山での訓練を終えた後、ふと気づくとクリスタとユミルの姿が見えなくなっていた。クリスタは訓練中に体調を崩したダズのそばについていて、また、ユミルはそんなクリスタに付き合っているうちに遭難してしまったのだ。吹雪の中、すっかり日も暮れて、息も絶え絶えなダズを引きずって山のふもとをめざすクリスタ。このままでは３人とも助からないという状況で、クリスタのとった決断は!?

ウトガルド城を取り囲んだ巨人の群れはユミルの活躍と、駆けつけた調査兵団の主力部隊によって撃退された。重傷を負ったユミルは治療のためトロスト区に送られることとなり、残った調査兵団は壁の修復作戦を再開することに。ところが、穴の位置を知らせに来たはずのハンネスは「穴はどこにもない」と報告する。穴がないのだとしたら、巨人はどうやって壁の内側に現れたのか？　疑問を抱えたまま、エレンたちはトロスト区で待機する。