固定住了女巨人后，艾伦、爱尔敏和三笠他们似乎都没有猜出埃尔文团长的用意。可是因事情不断的进展，特别作战班和爱尔敏感知到，不被信任是因为可能出现了能够巨人化的间谍。团长似乎是想要捉到隐藏在巨人面具下成为人类战士的间谍。利威尔兵长和埃尔文团长想要去砍捂在后颈上的女巨人的手时，钢刀却断了。女巨人的手上出现了一层淡蓝色的透明铠甲，片刻又破碎消失。埃尔文团长推测这可能与铠之巨人有关。兵长站在女巨人头上冷冷地讲了几句话后，女巨人发出了孤注一掷般的吼声。接着，大批奇形种朝这里奔来。最后，埃尔文团长下达了全体战斗的命令，可不敌人数过多的巨人，便准备撤退。女巨人招来如此多的巨人来啃食自己的躯体也不让情报泄露。撤退时，团长却让利威尔去换上钢刀和补足气体，特别作战班的返程似乎又碰到了女巨人，根塔先生在没有防备下被攻击成重伤后挂在了树上。

女巨人继续追击艾伦，艾伦又一次想要巨人化，利威尔班剩余的三人劝阻艾伦，希望艾伦相信他们，让他们去战斗，艾伦选择了相信并继续前进，看到剩余的三人在刚刚失去了根塔先生的情况下仍就那么强大，艾伦开始庆幸自己的选择，正在这时，女巨人突然进攻将剩余三人杀害，目睹利威尔班全军覆没的艾伦开始愤怒，巨人化开始咆哮，攻击女巨人，远处的三笠，兵长听到艾伦的咆哮就往艾伦所在之处奔去，此时已经处于极度愤怒状态的艾伦正在和女巨人交战，可最终不幸败下阵来，正当女巨人要吃下艾伦之时，艾伦终于明白女巨人的真实身份，女巨人将艾伦吞食，远处赶来的三笠正好看见了这一切，女巨人吞食艾伦后开始逃跑，三笠追赶，要将女巨人杀死将艾伦救出来，兵长此时也已赶到，两人一起追赶女巨人。

兵长与三笠为了击杀女巨人分工合作，在兵长扭伤脚后救出了艾伦，此时的艾伦已经被粘液包裹的无法动弹。两人在重伤女巨人后撤退。兵长向后望去，女巨人在树下靠着竟流下了眼泪。女巨人一战落幕，侦查兵团在运送尸体回到壁内的途中又遇见巨人。在无奈之下只好丢弃尸体以拖延巨人。就这样，侦查兵团回到了壁内。

亚妮从沉睡中醒来，和其他宪兵队成员接到上级下达的新任务--护送调查兵团回王都。腐败的宪兵团上级更是把整个任务全权交给新兵们办理。执行任务前，阿明秘密地找到亚妮，请求其在护送期间协助艾路逃跑。亚妮心存疑虑的答应了。但在逃离斯特黑斯区的最后一步，通过阴暗狭窄的地道时，亚妮却识破阿明原计策。被识破身份的亚妮放弃了艾伦的劝说，露出可怕微笑，利用戒指上的尖钩，在希娜之壁中变身。

逃下地道的三人仁遭到女型巨人堵上一切的袭击。关键时刻，按计划应该变身成巨人的艾伦却因为不愿相信事实而没有成功。三笠和阿明冲出地道想吸引女型巨人的注意，艾伦却先遭袭，被压埋在废墟下，被木头刺穿。女型巨人与调查兵团在城中又是一场恶战，并挣脱了韩吉等人布下的陷阱。另一方面，在阿明的激励下，奄奄一息的的艾伦坚定了驱除巨人的决心，强忍剧痛，成功变身。艾伦与亚妮两人的决斗已经爆发！

城中，两个巨人间爆发激烈的格斗。最终，亚妮最终难敌盛怒狂暴之下的艾伦。极度虚弱的女型巨人想翻越希娜之壁逃脱，被三笠斩断十指摔落，为人类所擒获。然而，艾伦在挖出亚妮本体时的一丝迟疑，使亚妮有机会用坚硬的水晶石保护住自己。调查兵团众人无法打开水晶石，但总算对上级有个交代，保住了调查兵团，使艾伦免去被解剖的麻烦。