수많은 병단원들의 희생끝에 생포한 여성형 거인. 그러나 여성형의 특수한 능력때문에 안쪽의 본체를 끌어내는 것은 불가능했다. 리스크를 감수한채 화약으로 손을 날려버리려 한 순간, 여성형이 혼신의 비명을 지르기 시작했는데...

거인들을 불러 자신을 먹게 함으로써 함정을 빠져 나간 여성형 거인을 보고 엘빈은 병단에게 철수를 명령한다. 여성형 거인은 인간으로 돌아와 조사병단 사이에 섞여 엘런에게 접근하다가 다시 거인화를 시도하는데...

여성형 거인에게 패한 후 사로잡힌 엘런을 구하기 위해 협력하는 리바이와 미카사. 엘런을 다시 찾아오는데는 성공하지만 미카사의 실수로 그만 리바이는 다리에 부상을 입고만다. 그리고 귀환길, 상처입고 피폐해진 조사병단에겐 그 귀환조차 쉽지가 않았는데...

조사병단의 작전이 실패로 끝나자 엘런은 왕도로 소환되게 된다. 헌병단에 들어간 애니는 이런 엘런의 경호를 맡게 되는데. .. 그런데 그녀 앞에 갑자기 아르민이 나타나 어떤 극비작전에 협력해달라고 요구한다.

눈앞에서 정체를 드러낸 여성형 거인. 그와 동시에 조사병단은 비밀작전을 개시한다. 그러나 여성형 거인의 정체를 확인하게 된 엘런은 싸울 것을 주저하고 마는데...

거인화한 엘런은 여성형거인에 맞서 싸운다. 두 거인의 싸움으로 스토헤스 구는 초토화되기 시작하는데... 그러나 막대한 희생과 피해에도 불구하고 조사병단은 작전을 속행한다.