数多の犠牲を払いながら、ついに巨大樹の森で女型の巨人を拘束兵器で捕えることに成功した調査兵団。作戦の本来の目的を知らされていなかったほとんどの兵団員は、ようやくエルヴィン団長の真意を知ることとなる。身じろぎひとつできなくなった女型の巨人は、断末魔の悲鳴をあげるが……。

自らの肉体を他の巨人に喰らわせ、蒸気とともに消えた女型の巨人。その中にいた人物は、調査兵団員と同じ制服で兵士の中に紛れ込み、エレンを追っていた。エレンを護衛しながら帰還するグンタを手にかけ、再び女型の巨人となってエレンの前に現れる。オルオ、エルド、ぺトラが連携しながら女型の巨人に立ち向かうが……。

女型の巨人に捕えられたエレンを奪還するべく、そのあとを追うミカサ。そこにリヴァイが追いつき、巨人を仕留めることをあきらめ、エレンを救い出すことに目的を絞る。リヴァイは人間とは思えない驚異的な動きで、ついに女型の巨人の動きを止めることに成功する。ミカサは、止めを刺そうと攻撃に入るが……。

第57回壁外調査は、人類のなかに潜む敵━━巨人化能力を持ち、壁の破壊を企む人間を捉える作戦でもあった。しかし、調査兵団はこの作戦に失敗してしまう。政治的判断からエルヴィンら責任者が王都に召集されるだけでなく、エレンの引き渡しも決まってしまう。そんなおり、ストヘス区憲兵団支部に所属するアニは、調査兵団がストヘス区を通過する間の警備を命じられる。

アルミンの立案した作戦に沿って、アニを地下通路への入口まで誘い出すことに成功したエレン、ミカサ、アルミン。しかし、アルミンの真意に気づいたアニは巨人化し、エレンを死にもの狂いで捕えようとしていた。地下通路内に逃れたエレンたちを狙う女型の巨人・アニ。ミカサ、アルミンを守るためエレンも巨人化を試みるが……。

逃げる女型の巨人（アニ）に、巨人となったエレンは追いつき、2体の巨人は激しい闘いを繰り広げていた。巨人同士の闘いに巻き込まれ、ストヘ ス区市街では想像を絶する被害が出ていた。その責任を憲兵団師団長ナイルに糾弾されるエルヴィン。エルヴィンは「人類の勝利のため」と答え、ナイルの構える銃の前に立つ。