벽 안쪽은 인류의 편에 선 거인의 이야기로 떠들석했다. 한편, 군 내에선 엘런의 처분을 놓고 헌병단과 주둔병단 각자의 생각이 교차한 심의가 열린다.

법정의 결정에 따라 특별 작전반, 통칭 리바이반과 함께 구 조사병단 본부로 향한 엘런. 그러나 그곳은 정예라기 보단 괴짜들의 소굴이었는데... 엘런은 한지의 거인에 관한 연구를 듣고 질려버리고 만다.

귀중한 실험체 거인 두 마리가 누군가에 의해 살해당하는 사건이 발생된다. 범인을 잡아내기 위해 병단내에서는 조사가 시작되는데... 그리고 그날 밤, 자신이 속할 병단을 선택하는 104기 훈련병 퇴소식이 거행된다.

엘빈 단장을 선두로 신병들과 함께 벽외 조사를 나서게 된 조사병단. 벽외조사는 얼마나 거인을 잘 피하냐에 성공여부가 달려있어 서로 신호탄을 쓰며 전진하고 있었는데... 그러나 이런 엘빈의 작전도 무색하게 기행종 무리와 엄청난 공격력을 가진 여성형 거인이 나타난다.

여성형 거인의 등장으로 인해 정예 조사병단조차 잇달아 희생당하고 만다. 이미 목적은 이룰 수 없는 상황... 그러나 단장 엘빈은 철수가 아닌 진로변경을 명한다.

거인을 피해 숲속으로 들어왔으나 가속하며 쫓아오는 여성형 거인을 막을 수는 없었다. 그러나 리바이는 입체기동도, 명령도 내리지 않은 채 단지 앞만 보고 달릴 뿐이었는데... 차례차례 죽어나가는 조사병을 보며 엘런은 자신이 직접 거인이 되어 싸워야 하나 갈등의 기로에 놓인다.