巨人となったエレンに対する民衆の反応は様々だった。壁のより内側に住む者ほど、破滅に導く悪魔と恐れ、より外側に住む者ほど希望へと導く救世主と呼んだ。中央政府はエレンを憲兵団と調査兵団、どちらに引き渡すかの審議にかける。それぞれの兵団の思惑が交錯するなか、エレンの審議が始まる。

審議の結果、調査兵団特別作戦班・通称「リヴァイ班」に所属することになったエレン。調査兵団のなかでも精鋭が集うリヴァイ班はひと癖もふた癖もある個性的な団員で構成されていた。30日後の大規模な壁外遠征を控え、エレンはトロスト区掃討戦の際に捕えた巨人の実験内容をハンジから聞くのだった。

調査兵団が生け捕りにしていた２体の巨人が何者かによって殺されてしまう。第104期訓練兵にも疑いの目が向けられ、一人一人調査が行われた。結局、誰が殺したのかは分からなかったが、訓練兵たちにとっては重要なそれぞれの所属兵団を決める時期が迫っていた。彼らの前に立ったエルヴィンは本来であれば伏せておくべき情報まで明かすのだが……。

エレンと同期のミカサ、アルミン、ジャンたち第104期訓練兵を新たに加えた調査兵団はエルヴィンの指揮のもと第57回壁外調査に出た。長距離索敵陣形にて巨人との接触をできるかぎり避けながら目的地を目指す。しかし陣形内で索敵を担当するアルミンは“知性”を持つ女型の巨人に迫られ窮地に立たされる。

女型の巨人によって、陣形の右翼側索敵に壊滅的な打撃を受けた調査兵団。撤退指令が出るものと思われたが、指令班が下したのは陣形の進路を変えつつ、作戦を続行することだった。その間にも女型の巨人は調査兵団の陣形を破壊しながら団員達を蹂躙していく。そして、ついにエレンが属するリヴァイ班からも目視できる距離まで迫られる。

“巨人殺し”のプロフェッショナルであるリヴァイ班の背後に迫る女型の巨人。しかし、リヴァイ班の面々は女型の巨人を足止めするべく、立ち向かう兵士にあえて増援することなく、ただひたすらに馬を走らせていた。エレンは問う「見殺しにする理由がわからない！　それを説明しない理由もわからない！」と。その問いにリヴァイは、ある選択を投げかける。