生活在希甘希納區的少年艾連·葉卡一直都嚮往加入進行壁外調查活動的調查軍團。然而與小夥伴們嬉笑的平和日子在某一天被突然出現在牆外的超大型巨人所破壞。這個巨人踢開了希甘希納區與外界相通的大門，引入了大量以吞噬人類的巨人入城。此外，飛濺的石塊砸中了艾連·葉卡的家並壓住了他的母親。艾連只能眼睜睜的看著自己的母親被巨人吞噬。

為了躲避不斷湧入的巨人，希甘希納區的人們逃進了瑪利亞之牆內。但是此時出現了一個全身覆滿鎧甲的巨人撞開了希甘希納區瑪利亞之牆的城門，導致瑪利亞之牆內的人被迫往更裡面的羅塞之牆轉移。由此帶來的食物短缺導致政府命令難民返回去奪回瑪利亞之牆，由此導致人口銳減20%。而此時的艾連·葉卡為了報仇而與同伴加入了第104期訓練兵。

為了躲避不斷湧入的巨人，希甘希納區的人們逃進了瑪利亞之牆內。但是此時出現了一個全身覆滿鎧甲的巨人撞開了希甘希納區瑪利亞之牆的城門，導致瑪利亞之牆內的人被迫往更裡面的羅塞之牆轉移。由此帶來的食物短缺導致政府命令難民返回去奪回瑪利亞之牆，由此導致人口銳減20%。而此時的艾連·葉卡為了報仇而與同伴加入了第104期訓練兵。

在瑪利亞之牆陷落5年後，第104期訓練兵得以畢業。雖然最終成績名列前茅，但艾連還是選擇加入了調查軍團。就在眾人被分配到托洛斯特區駐防的當日，超大型巨人再次出現了。

再次出現的超大型巨人在士兵們展開反擊之前又一次消失了。為了阻擋湧入托洛斯特區的巨人，新兵們被分配出擊。在突擊途中負傷的艾連為了救阿爾敏，不幸被一個巨人吞噬了。

負責護衛難民撤退的米卡莎回憶起當年被人販子殺害雙親後被跟隨父親出診的艾連救下的事情。思緒回到現實後她又奮起擊殺巨人。

倖存的士兵們由於缺乏補給而陷入困境，此時的米卡莎又從阿爾敏口中得知了包括艾連在內的小隊其他成員全都戰死的消息。以激將法鼓勵餘下眾人繼續作戰後獨自奮站的米卡莎最終還是因氣罐耗盡而落到地面。就在她以為一切都已經結束的時候，一個會使用格鬥術的神秘巨人出現了。