L'équipe de Beckett enquête sur la mort d'un jeune militaire hispanique de 20 ans, ancien voleur repenti, du nom d'Orlando Costas, dont le corps a été retrouvé dans une ruelle: Costas s'est fait tuer par deux armes à feu différentes. De plus, les marques retrouvées sur son cou et ses épaules indiquent qu'il portait sur son dos un objet lourd d'une quinzaine de kilos. Bien vite, la conjointe d'Orlando, Marisol Castenada, devient suspecte, puisqu'elle tente de fuir la ville. Comme celui-ci était membre d'un gang de rue avant qu'il ne devienne militaire, ses autres membres sont suspectés. Beckett réussit à faire parler l'un d'eux et trouve une église où Costas avait rendez-vous avec un homme. L'équipe en déduit qu'il est militaire de la même division que Costas, nommé Cole Maddox. Kate demande à Ryan et Esposito de retrouver ce Maddox.

Au cours de l'enquête, un vol de dossier et d'ordinateur chez l'ancien capitaine de police, Roy Montgomery, vient confirmer la thèse que le meurtre de Costas est lié au tireur qui a failli tuer Beckett un an plus tôt, et au meurtre de la mère de celle-ci. R.Castle demande alors à Kate de se retirer de l'enquête sur la mort de Costas, lui avouant avoir été en contact avec un ami de Montgomery qui connaît celui qui a tué la mère de cette dernière. Il lui déclare par la même occasion ses sentiments mais Kate refuse de se retirer de l'enquête. Castle dit alors partir définitivement, refusant de voir Beckett se faire tuer.

Kevin réclame à Javier d'informer la capitaine Victoria Gates des recherches et de la visite que Kate veut effectuer chez C.Maddox, mais Javier refuse, laissant Kevin indécis.

Kate va finalement, avec Esposito, retrouver ce Maddox dans un hôtel, mais très vite ce dernier met Kate dans une situation critique avant de disparaître. Attendant une mort inéluctable, Kate croit entendre la voix de Richard, mais est en réalité sauvée par des policiers emmenés par Gates et Ryan. Suite à cet événement, Kate remet sa démission au capitaine Gates, avant de se rendre chez Castle lui déclarer ses propres sentiments et se donner à lui.

De son côté, Alexis doit faire un discours le jour de sa remise des diplômes. Elle n'en dort plus et manque d'inspiration. Richard lui donne quelques pistes à suivre afin de l'aider.

Au moment où Alexis fait son discours de remise des diplômes, Cole Maddox rend visite à un certain monsieur Smith, ami de Roy Montgomery qui protège Beckett. Il demande à Smith les preuves qu'il détient sur son client et qui protègent celle-ci. Une fois qu'il aura obtenu les preuves, Cole Maddox déclare vouloir en finir avec Kate Beckett...

Le lendemain de leur nuit ensemble, Castle et Beckett se prouvent alors qu'elle n'était pas basée sur un coup de tête quand Martha rentre plus tôt que prévu et interrompt leurs ébats matinaux : Alexis a une gueule de bois au lendemain du bal des diplômes. Castle demande alors à Beckett de se cacher dans le placard ce qui la rend particulièrement de mauvaise humeur.

Ryan, avec la supervision du capitaine Gates, poursuit l'enquête sur Cole Maddox. Sans avertir Victoria, il va demander l'aide de Beckett et de Castle, car il a trouvé une piste. C'est ainsi qu'ils remontent à Michael Smith, le dernier lien qui protégeait Beckett. Malheureusement, Beckett et Castle arrivent trop tard car ils retrouvent Smith dans un sale état et le dossier a été brûlé par Maddox. Juste avant de partir en ambulance, Smith donne un indice important à Castle, ce qui lui permet de trouver le vrai dossier. De son côté, Esposito réussit à découvrir la véritable identité de Cole Maddox. Kate et Richard se rendent dans un immeuble de logements désaffectés pour chercher le véritable dossier. Sur place, ils sont piégés par Maddox qui les enferme dans une salle de bain. Esposito vient à leur rescousse et les libère. Ils se mettent alors à rechercher Maddox, mais celui-ci a trouvé le dossier si important et le prend. Cependant, le dossier étant piégé, Maddox meurt dans l'explosion, le dossier original est aussi détruit.

Plus tard, Castle et Beckett rendent visite à Smith, qui est à l'hôpital. Ce dernier conseille à Beckett de disparaître, comme lui s'apprête à le faire, mais celle-ci refuse. Quelques minutes après leur départ, Castle et Beckett reviennent dans la chambre de Smith afin d'avoir sa coopération dans l'affaire, mais celui-ci est mort d'une mystérieuse crise cardiaque.

À la suite de cela, Ryan apporte à Kate, Castle et Esposito les morceaux du dossier détruit dans l'explosion. L'équipe va assembler des morceaux de papier afin de reconstituer le dossier. C'est ainsi qu'ils vont trouver le nom de l'homme qui a commandité le meurtre de la mère de Kate. Il s'agit de William Bracken, un sénateur qui fait campagne à New York ; à l'époque, celui-ci finançait ses campagnes en prenant sa part dans les rançons des mafieux enlevés par les policiers.

Alors que Castle dormait, Kate se prépare à rencontrer Bracken. Au réveil de Castle, trouvant le lit vide, celui-ci panique à l'idée que Kate commette l'irréparable. Avec l'aide de Ryan et Esposito, ils arrivent à l'hôtel où se trouvent Bracken et Kate. Avant l'arrivée des garçons, Kate passe un marché avec Bracken : s'il lui arrive quelque chose à elle ou à un de ses proches, le dossier deviendra public, ce qui compromettra Bracken.

Enfin, Beckett demande la permission à son chef de reprendre son job de flic. Gates accepte mais Kate doit d'abord terminer sa mise à pied. Castle lui demande alors ce qu'elle veut faire pendant ce temps. Elle lui répond qu'elle trouvera bien quelque chose alors que l'ascenseur se referme.