Nach der Rückkehr vom Nordpol erfährt Sheldon, dass seine Freunde die Forschungsergebnisse verfälscht haben, um Ruhe vor ihm zu haben. Unglücklicherweise hatte Sheldon aber bereits ein Rundschreiben an die Universität geschickt, in dem er seine bahnbrechenden Resultate angekündigt hatte. Gekränkt und gedemütigt beschließt er, die Universität zu verlassen und fährt nach Texas, wo er sich bei seiner Mutter verkriecht.

Leonard und Pennys erste gemeinsame Nacht verläuft auf eher enttäuschende Weise. Sheldons wie immer fehlendes Taktgefühl macht alles noch peinlicher für die beiden und sie beginnen an der Beziehung zu zweifeln und betrinken sich aus Frust.

Penny verbringt wegen ihrer Beziehung mit Leonard immer mehr Zeit in der WG, was Sheldon in seinem starren Tagesablauf stört. Er versucht, heimlich ihre Gewohnheiten zu ändern, indem er sie jedes Mal, wenn sie sich seinen Vorstellungen nach verhält, mit Pralinen „füttert“.

Rajesh ist mit seiner Forschung in einer Sackgasse angelangt und es besteht die Gefahr, dass ihm sein Visum entzogen wird und er nach Indien zurückkehren muss. Um dem zu entgehen, benötigt er einen Job in einer anderen Arbeitsgruppe.

Howard erinnert Leonard an die einst getroffene Vereinbarung, dass sobald einer der beiden eine Freundin findet, diese den anderen mit einer ihrer Freundinnen verkuppeln soll. Wenig begeistert macht Penny ihn daraufhin mit ihrer Arbeitskollegin Bernadette, einer Studentin der Mikrobiologie, bekannt.

Leonard beschleicht der Verdacht, dass Penny sich vor ihren Freunden für ihn schämt, diese weist es aber vehement zurück. Um in ihrem Freundeskreis Anschluss zu finden, lädt Penny ihn daraufhin ein, um sich mit ihren Freunden American Football anzusehen.

Leonard und Penny streiten sich, weil Penny einen befreundeten Musiker einlädt, um eine Weile bei ihr zu wohnen und Leonard deswegen eifersüchtig ist. Kurz danach streiten sich deswegen auch noch Rajesh und Howard, die unterschiedliche Ansichten über die Auseinandersetzung haben und bald zum gegenseitigen Rundumschlag ausholen.

Leonard campiert mit Howard und Rajesh in der Wüste, um den Leoniden-Schauer zu beobachten, während Sheldon alleine zu Hause bleibt und zum Helden wider Willen wird, da Penny in der Badewanne ausrutscht und sich dabei die Schulter ausrenkt.

Barry Kripke spielt Sheldon einen bösen Streich, als dieser per Telefonkonferenz in einer landesweiten Radiosendung auftritt: Er leitet heimlich Helium in Sheldons Büro, um seine Stimme lächerlich klingen zu lassen

Howards Freundin Bernadette ist zum ersten Mal zu Besuch in der WG und zeigt im Laufe der Unterhaltung Interesse an Leonards Arbeit und seinen Experimenten. Howard wird eifersüchtig und verbietet Leonard den Kontakt zu Bernadette, was diese verärgert und zum Streit führt.

Ein Besuch von Leonards Mutter Beverly zur Weihnachtszeit freut Sheldon, Leonard und Penny sind jedoch alles andere als begeistert. Leonard hat seiner Mutter die Beziehung zu Penny verschwiegen, da er befürchtete, sie würde den Ansprüchen seiner Mutter nicht genügen.

Penny ist wütend auf Leonard, nachdem dieser sich in Gegenwart von Howard und Bernadette über ihren Besuch beim Wahrsager und dass sie diesem „Unsinn“ Glauben schenkt lustig macht. Howard überzeugt ihn davon dass er für eine Beziehung mit Penny seine Überzeugungen hinten anstellen muss und Leonard entschuldigt sich bei ihr.

Bei Leonard und Sheldon wird eingebrochen und sämtliche Konsolen, samt Spielen, sowie Fernseher und Laptops werden gestohlen. Sheldon fühlt sich fortan in der Wohnung nicht mehr sicher und sucht ständig (auch nachts) Leonards und Pennys Nähe, die sich bald genervt davon fühlen.

Sheldon sucht seit Tagen verzweifelt die Antwort auf ein physikalisches Problem, ohne Fortschritte zu machen. Er schläft nicht mehr, kann an nichts anderes mehr denken und benutzt Alltagsgegenstände wie Murmeln oder die Erbsen vom Teller seiner Freunde, um seiner Vorstellung auf die Sprünge zu helfen

Leonard darf am Valentinstag einen Gast zum CERN in der Schweiz mitbringen. Er entscheidet sich natürlich, Penny mitzunehmen, was Sheldon sehr verärgert, denn er ist der Ansicht als Physiker hätte er es eher verdient, mitgenommen zu werden.

Sheldon muss sich vor Gericht verantworten, nachdem er durch Pennys Verschulden einen Strafzettel kassiert hat. Er beleidigt dabei den Richter, der sich von Sheldons Ausführungen unbeeindruckt gezeigt hat und die Strafe nicht aufheben will.

Ein „Herr der Ringe“-Ring, den Leonard, Sheldon, Rajesh und Howard zufällig auf einem Flohmarkt entdecken, droht die Freundschaft der vier auf eine harte Probe zu stellen, da jeder den Ring für sich beansprucht.

Sheldon soll eine Auszeichnung erhalten, ihm steht dabei aber seine Angst im Weg, vor Publikum eine Rede zu halten. Seine Freunde wissen ihm jedoch glücklicherweise zu helfen, jeder auf seine Weise

Penny fühlt sich durch Leonards plötzliches Liebesgeständnis überfordert, da sie sich nicht sicher ist, dasselbe für ihn zu empfinden wie er für sie. Während eines Bowlingspiels gegen das Team vom Comicbuchverkäufer Stuart und Sheldons Erzfeind Wil Wheaton kommt es darüber zum Streit und Penny geht, wodurch Sheldons Team verliert.

Leonard und Penny sprechen nicht mehr miteinander. Sheldon weiß nicht, wie er sich verhalten soll, vor allem nachdem Howard ihm einredet, dass seine uneingeschränkte Solidarität seinem Freund und Mitbewohner Leonard gelten müsse.

Dr. Elizabeth Plimpton, eine berühmte Physikerin und Bekannte von Sheldon, ist in der Stadt und da sie Hotels nicht mag, übernachtet sie in Sheldons Zimmer, während dieser solange auf der Couch schläft. Leonard ist vom ersten Moment an von ihr in den Bann gezogen und schwebt auf Wolke Sieben

Nach einem Streit mit Sheldon flüchtet Leonard in Pennys Wohnung und erzählt ihr dort, wie er Sheldons Mitbewohner wurde und wie der WG-Vertrag ausgehandelt worden ist.

Penny lernt Zack kennen, stellt aber nach kurzer Zeit entsetzt fest, dass ihre kurze Beziehung mit Leonard sie soweit verändert hat, dass sie es mit so einem „dummen Typen“ nicht mehr aushält. Frustriert darüber betrinkt sie sich und verführt Leonard, der es ihr einige Tage später erfolglos gleichzutun versucht.