Die Gruppe bereitet sich auf die zweite Hochzeit von Leonard und Penny vor. Dabei dreht sich alles um die Frage, ob Sheldons Mutter und Leonards Vater die letzte Nacht zusammen verbracht haben.

Bernadette ist wütend, weil ihre Arbeitskollegen von ihrer Schwangerschaft wissen und vermutet, dass eine unbeliebte Kollegin dafür verantwortlich ist. Penny gesteht ihr, dass sie es war, die das Geheimnis versehentlich ausgeplaudert hat.

Howard, Leonard und Sheldon kommen in ihrem Projekt nicht vorwärts, der Zeitdruck ist groß. Im Traum erscheint Sheldon The Flash und verführt ihn, einen Energy-Drink zu kosten. Nun ist er süchtig nach Koffein – jedenfalls glaubt er das.

Da Amys Wohnung wegen eines Wasserschadens renoviert werden muss, braucht sie eine zeitweilige Bleibe. Das bringt Penny auf die Idee, dass Amy bei Sheldon einziehen könnte, damit Leonard endlich zu ihr ziehen kann.

Sheldons und Amys neue Wohnsituation führt zu großen Konflikten, weshalb die beiden Leonard und Penny um Hilfe bitten. Die Beiden trennen die Streitenden: Penny versucht, Sheldons Sichtweise zu verstehen und Leonard unterstützt die Sichtweise Amys.

Leonard überzeugt Penny davon, auf einer miesen Comic Convention eine Autogrammstunde zu halten. Amy will währenddessen Sheldon davon überzeugen, eine Party im Zuge ihrer neuen Wohnsituation zu organisieren.

Sheldon und Amy drehen eine neue Folge ihrer Flaggenshow, wobei Raj und Howard die Show mit kleinen Musikeinlagen begleiten. Sheldon tut kund, dass er und seine Freundin vorübergehend zusammenleben, da Amys Wohnung aufgrund eines Wasserschadens zurzeit unbewohnbar ist.

Amy züchtet mit Sheldon zusammen Gehirnzellen aus ihren Hautzellen. Sheldon tauft sie "Wir-Zeit-Krebse".

Bert, der Geologe, hat eine wichtige Auszeichnung gewonnen. Sheldon liest seine Arbeit und findet sie bemerkenswert. Er ist aber auch sehr neidisch auf dessen Erfolg.

Sheldon und Amy tauschen Einrichtungsgegenstände mit Leonard und Penny, um ihre Wohnung umzugestalten. Sheldon geht dabei sehr egoistisch vor und verlässt nach Kritik an seinem Verhalten beleidigt die Wohnung von Leonard und Penny.

Sheldon gratuliert Amy zum Geburtstag. Den bevorstehenden Koitus müssen sie allerdings verschieben, um die Geburt von Bernadettes und Howards Baby nicht zu verpassen.

Sheldon und Amy berichten Leonard und Penny über ihre Reise nach Texas und den Besuch bei Sheldons Mutter. Nachdem diese das Zusammenwohnen von Sheldon und Amy nicht verdammt, verhält sich Sheldon überaus kindisch.

Penny bemerkt, dass sich Leonard in ihrer Beziehung keine Mühe mehr gibt. Sie nimmt deshalb statt Leonard lieber Amy mit zum Wellness-Wochenende.

Raj wurde von seiner neuen Freundin verlassen. In der entstehenden Diskussion beschwert sich Sheldon, dass es ihm schwerfällt, ständig emotionale Codes zu entschlüsseln.

Sheldon, Leonard und Howard arbeiten weiterhin an ihrem Gyroskop-Projekt. Sheldon hat einen Weg gefunden, um das Teil nochmals kleiner zu machen. Da dies mit zusätzlicher Arbeit verbunden ist, wollen die beiden anderen dies aber nicht umsetzen.

Amy und Sheldon haben ihren Date-Abend und gehen gemeinsam essen. Sie treffen Bert, der von seiner Verabredung versetzt wurde. Sheldon lädt ihn zu ihnen an den Tisch ein, was Amy beeindruckt.

Sheldon kümmert sich nun um die Finanzen von Raj und hat ihm als erstes gesagt, dass er dieses Jahr nicht zur Comic-Con gehen kann. Er findet das ganz schlecht, aber Sheldon lässt sich nicht umstimmen.

Raj sucht eine billigere Wohnung. Nachdem er sowohl von Howard als auch von Leonard ein Zimmer angeboten bekommt, versucht er zu verhandeln, sagt dann aber den Hofstadters zu, als Penny sich dazuschaltet.

Sheldon interessiert sich für Amys Forschung über den Zeitpunkt der Bewusstwerdung von Gedanken und Absichten. Als Sheldon vorschlägt, wissenschaftlich zusammenzuarbeiten, fordert Amy Grundregeln, um ihre Beziehung nicht zu gefährden.

Sheldon arbeitet gleichzeitig am Quantengyroskop und an Amys Projekt mit. Infolgedessen erkrankt er und erwacht schließlich ohne Erinnerung an die letzten Stunden auf der Couch.

In Sheldon und Amys Spaß mit Flaggen-Retrospektive teilt Bert telefonisch mit, dass er eine Freundin hat. Sie werden von Leonard zum gemeinsamen Abendessen eingeladen.

Penny trifft ihren Ex-Freund Zack, der sich verlobt hat und Penny und Leonard zum Essen einlädt. Er bietet Penny einen Job in seiner Firma an. Leonard kämpft daraufhin mit seiner Eifersucht.

Das US-Militär hat über Nacht die Forschung zum Gyroskop an einen geheimen Ort geschafft und Sheldon, Leonard und Howard nicht informiert. Die drei sind verwirrt, wütend und frustriert.

Sheldon und Amy halten ihre Beziehung über Skype am Laufen. Sheldon isst aber auch mit der attraktiven Doktorin Ramona Nowitzki zu Mittag. Amy ist eifersüchtig, als sie davon erfährt.