Dopo essere stato derubato di tutto, Sheldon è costretto a chiamare Leonard per farsi aiutare visto che è bloccato in Arizona. L'amico va a prenderlo accompagnato da Amy, furiosa per non essere stata interpellata dal fidanzato, che oltretutto ha lasciato la città senza salutarla. Sheldon ammette però che non l'ha chiamata perché si vergognava del fatto di non essere stato capace di cavarsela da solo. Amy, però, gli fa capire che lo stima ugualmente, anche se non è perfetto. Nel frattempo Bernadette procura a Penny un colloquio di lavoro nella sua ditta farmaceutica come rappresentante; inizialmente le cose non vanno bene, ma poi sia Penny che l'addetto al colloquio capiscono di avere una cosa in comune: entrambi hanno paura di Bernadette, così Penny ottiene il lavoro. Intanto, nonostante la signora Wolowitz si sia ripresa, Stuart continua a vivere a casa sua, provocando grosse gelosie in Howard.

Leonard, Howard e Raj si occupano di svuotare l'ufficio del defunto professor Abbott e, tra tutti gli appunti, trovano una bottiglia di champagne che la madre gli regalò per celebrare la sua prima scoperta; trovandola ancora chiusa dopo cinquant'anni, i tre cominciano a esaminare le ricerche per trovarne una degna di essere celebrata, ma parlando col vecchio collega di Abbott, il professor Sharpe, capiscono che egli non ha mai scoperto nulla di importante: decidono allora di usare la bottiglia per la prima grande scoperta di uno di loro. Sheldon ed Amy girano l'ultimo episodio di "Divertiamoci con le bandiere", cosa che rende il ragazzo molto triste; dopo aver pubblicato il video e aver ricevuto un commento positivo, tuttavia, il fisico decide di continuare con la serie e stappa la bottiglia di champagne solo per sentire il rumore. Penny, durante una cena organizzata dalla casa farmaceutica, rivela a Bernadette che in molti nell'azienda la temono per via del suo carattere talvolta aggressivo; la ragazza si scusa quindi con Dan e, per mantenere i benefici derivanti dalla paura instillata nei colleghi, comincia a fare le sue richieste piangendo.