主演したTV番組が大コケしたレイチェルはライマに帰郷し、グリー部復活のため顧問になることに。ライバル校のコーチはブレインとシュー先生だった。

マッキンリー校に、卒業生達が勢揃い! パック、クイン、サンタナ、メルセデスにブリトニー、アーティとティナが新生グリー部を助けに一堂に会する。

ニュー・ディレクションズの指導方法の違いでぶつかるレイチェルとカート。ベッキーは彼氏ができて有頂天だが、彼にあるウソをついたことで悩む。

些細なことからウィルへの復讐を誓ったスーは、グリー部を潰そうと勝手に招待公演を計画。さらにブレインとカロフスキーの仲を裂こうと暴挙に出る。

"クレイン"の復活を夢見るスー。招待公演が競技会に変わり、レイチェルとキティは審査員・スーの心に響く曲を探る。サムはアメフト部員を勧誘する。

サンタナとブリトニーが結婚に向けて準備を進める中、レイチェルとサムの間にも友情以上の感情が芽生える。帰郷したメルセデスにはある目的があった。

イジメのひどいボーカル・アドレナリンのメンバー達に、寛容の心を教えようとするウィル。レイチェルは生まれ育った家が売られてしまい、大ショック。

結婚式を間近に控えたブリトニーとサンタナ。友人達がそれぞれの思いを胸に式の準備を手伝う中、招待されなかったスーが、驚きの贈り物を用意する。

教育長の甥っこのバル・ミツバーでのパフォーマンスを手伝うよう頼まれたグリー部の面々。地区大会間近で忙しいのに、ワガママに振り回されるハメに。

ダルトン校が焼失してしまい、マッキンリー校グリー部はウォブラーズと合同チームを結成することに。NYADAでやり直したいレイチェルだが...。

地域大会で負ければ廃部となることが決定し、後のないグリー部。レイチェルはNYADAとブロードウェイの選択肢を与えられ、再び人生の岐路に立つ。

全国大会も無事終了し、マッキンリー高校にも大きな変化が訪れる。グリー部のメンバー達が新たな未来への道を歩み始める、感動のシリーズ最終回。