Finn und Sam sind sich einig: Mit ihren Freundinnen Rachel und Quinn haben sie die zwei prüdesten Mädchen auf der gesamten McKinley High an ihrer Seite. Mehr als harmlose Küsse sind bei den beiden nicht drin. Finn erklärt seinem Freund Sam, dass er immer dann, wenn er sich wünscht dass es zu „mehr“ kommt, einfach an besonders abstoßende Erlebnisse denkt. Gute Idee, findet Sam und entschließt sich dazu, fortan in „Notsituationen“ immer an die burschikose Trainerin Beiste zu denken. Leider bleibt dies nicht lange sein Geheimnis, denn als Quinn und Sam sich das nächste Mal küssen, denkt er nicht nur zwanghaft an Beiste, er spricht fatalerweise auch noch ihren Namen aus und löst damit ein Drama aus. Für Quinn ist klar: Sam steht offensichtlich auf die Trainerin und wäre das nicht schon genug, dichtet sie ihm eine Affäre mit Beiste an. Sue kommt der Trubel um ihre Erzfeindin gerade recht und sie versucht, daraus Kapital zu schlagen. Will eröffnet dem Glee-Club, mit welchen Teams sie sich in Zukunft messen müssen. Dazu zählt unter anderem die Daltons Academy, eine reine Jungen-Schule. Besonders Kurt fühlt sich zu dieser Schule immer mehr hingezogen, denn der dortige Chor ist eine ganz große Nummer. Hinzu kommt, dass er die Anfeindungen von Karofsky ein für alle Mal satt hat, sich jedoch gleichzeitig nicht stark genug fühlt, dem entgegen zu treten. Dann lernt Kurt Blaine kennen und ist entschlossen, den Glee-Club zu verlassen. Gelingt es Will, ihn in letzter Sekunde noch umzustimmen? Puck kommt derweil aus der Jugendhaft zurück und muss seinen Sozialdienst ausgerechnet bei Artie ableisten. Doch aus der Not machen sie schnell eine Tugend und Puck merkt, wieviel er tatsächlich von Artie lernen kann. Und dann vertraut ihm Artie schließlich sein großes Geheimnis an.

Die Sectionals-Wettkämpfe stehen vor der Tür und Will folgt Emmas Vorschlag, statt auf Altbewährtes zu setzen, dieses Mal mehr Risiken einzugehen. Rachel ist sauer, denn Wills neuer Plan sieht keinen Soloauftritt für sie vor. Stattdessen soll sie mit den anderen im Chor singen. Zu allem Übel behauptet Santana dann auch noch, eine Nacht mit Finn verbracht zu haben. Für Rachel ist klar: Eine Paartherapie scheint ihre und Finns letzte Chance. Emma leitet das Gespräch und schon gesteht Finn, dass er Santana durchaus attraktiv findet und damals im Motel tatsächlich etwas zwischen ihnen gelaufen ist. Währenddessen erlebt Kurt seinen ersten Tag als Teil des Warbler-Chors an der Daltons Academy und wird sogleich mit einer verantwortungsvollen Aufgabe betraut: Er soll auf das Maskotchen Pavarotti, ein Kanarienvogel, aufpassen. Als Kurt dann jedoch auch ein paar Songvorschläge für die Sectionals macht, wird er sofort in seine Schranken verwiesen: Bei den Warblers treffen einzig und allein die Senior-Studenten die Songauswahl. In seinem Stolz verletzt, findet Kurt Zuspruch bei Blaine, der ihm klar macht, dass er sich mehr als Teil des Teams sehen sollte, statt als Individuum. Doch kann der exzentrische Kurt sein Ego auf Dauer hinten anstellen? Da Kurt nun im Glee-Club fehlt, muss Will Ersatz finden. Ausgerechnet Puck soll Kurts Lücke füllen. Als Puck jedoch im Umkleideraum mit einer beschwingten Rede über Bruce Springsteen versucht, das Football-Team ebenfalls zu ermutigen, Teil des Glee-Clubs zu werden, wird er Opfer von Karofsky und Amizo – und einer Toilette. Bei den Sectionals geht schließlich alles drunter und drüber, denn scheinbar hat jedes Mitglied neben Lampenfieber auch noch mit ganz persönlichen Problemen zu kämpfen. Will ist von Emmas Abwesenheit enttäuscht, Quinn ist nervös vor so einem großen Publikum zu singen, schließlich haben bei ihrem letzten großen Auftritt die Wehen eingesetzt – und Rachel ist sauer, weil offensichtlich jeder – außer ihr – von Finns Seitensprung wusste. Werden die Mitglieder ihre Nerven am Ende wieder im Griff haben, so dass der Glee-Club als Gewinner hervorgeht?

Sue steckt in der Krise: Ihr Job als Trainerin der Cheerios langweilt sie. Sie ist genervter und missmutiger als je zuvor. Um sich selbst aus ihrem emotionalen Tief zu befreien, muss etwas Neues her, je spektakulärer desto besser. Plötzlich kommt ihr eine Idee, inspiriert durch einen alten Zeichentrickfilm. Sie will ihre Cheerleader in Zukunft mit einer Zirkuskanone über das Footballfeld schießen. Prompt versucht sie, der naiven Brittany das Gefühl vom Fliegen schmackhaft zu machen. Als Will und Schulleiter Figgings von Sues unglaublichen Plan erfahren, verbieten sie den Einsatz der Kanone und ziehen damit Sues geballte Wut auf sich. Aus Rache setzt Sue den Termin der Cheerleading-Meisterschaften auf denselben Tag, an dem die Football-Meisterschaften stattfinden. Das heißt: Die Footballer müssen in ihrer Halbzeitpause ohne eine Tanzeinlage der Cheerios auskommen. Für Will liegt die Lösung des Problems auf der Hand: Statt der Cheerios soll nun der Glee-Club eine Halbzeitshow präsentieren. Doch was anfänglich nach einem tollen Plan klingt, entwickelt sich schon bald zum Desaster.

Auf der McKinley High steht alles im Zeichen der Liebe. So lautet die Aufgabe für den Glee-Club: Die Mitglieder sollen am Valentinstag im Duett das für sie persönlich schönste Liebeslied performen. Keine schwere Aufgabe für die Liebespaare Artie und Brittany und Mike und Tina, die sofort Feuer und Flamme sind. Doch nicht für alle Glee-Mitglieder ist diese Hürde leicht zu nehmen. Seit dem Sieg der Football-Meisterschaft strotzt Finn nur so vor Selbstbewusstsein. Um Geld für die Reise zum nächsten Gesangswettbewerb für den Glee-Club zu sammeln, eröffnet er einen Kussstand. Jedes Mädchen kann sich so von Finn einen Kuss erkaufen – mit einer Ausnahme: Als die von Liebeskummer geplagte Rachel versucht, einen Kuss von Finn zu ergattern, wird sie von ihm zurückgewiesen. Stattdessen flirtet er mit Quinn und zwischen den beiden scheinen wieder alte Gefühle aufzukeimen. Puck ist sich derweil sicher, dass Lauren und er diegleichen tiefen Gefühle füreinander hegen. Er will ihr mit einem Liebeslied seine Zuneigung gestehen, doch die schlagfertige Lauren macht ihm eine klare Ansage – sehr zur Freude von Santana, die als Einzige den Valentinstag als Single verbringen muss. Auch für Kurt läuft der Valentinstag anders als erwartet. Blaine verkündet den Warbler-Mitgliedern, dass er verliebt ist. Um dem Objekt seiner Begierde seine Liebe zu gestehen, bittet Blaine seine Freunde um Unterstützung. Kurt ist zunächst begeistert dabei, hofft er doch insgeheim, dass Blaines Liebeserklärung, ihm gelten soll. Doch dann wird Kurt bitter enttäuscht.

Die „Regionals“-Wettbewerbe nähern sich mit großen Schritten und ausgerechnet jetzt ereilt Will und den „Glee“-Club eine böse Überraschung: Ihr bisher einstudierter Song der Band „The Chemical Romance“ wurde von derselbigen in einem Schreiben an die McKinley High verboten. Will greift daraufhin Rachels Idee, einen selbst komponierten Song zu performen, wieder auf und alle machen sich an die Arbeit, getreu dem Motto: je schmerzvoller die Emotion, desto besser der Song. Und von Herzschmerz können die Glee-Mitglieder momentan tatsächlich ein Lied singen. Santana widmet ihren Song Sam, weil sie immer noch sauer auf Brittany ist, die ihre Gefühle für sie nicht erwidert. Puck schreibt ein Lied über Lauren und auch Rachel macht sich Gedanken. Derweil verfolgt Quinn weiterhin das Ziel, ihre Beziehung zu Finn wieder aufleben zu lassen, vor allem, weil demnächst die Wahl zur Ballkönigin ansteht. Auch bei den „Warblers“ geht es kurz vor den „Regionals“ drunter und drüber. Kurt hat es satt, dass Blaine bei jedem Auftritt die Solonummern singen darf. Doch sein Ärger rückt schnell in den Hintergrund, als er am Abend bemerkt, dass das Maskottchen der „Warblers“, Kanarienvogel Pavarotti, gestorben ist – und das ausgerechnet unter seiner Obhut. Sichtlich getroffen von Kurts Vorwurf immer im Mittelpunkt stehen zu wollen, beschließt Blaine, bei den „Regionals“ im Duett aufzutreten – mit Kurt. Der „Aural Intensity“-Chor scheint, dank Sue, im Gegensatz zur Konkurrenz bestens vorbereitet zu sein. Immerhin hat die ehrgeizige Sue voller Eifer die diesjährigen Juroren und ihre Vorlieben studiert. Siegessicher glaubt sie, mit einem christlichen Song die beste Wahl getroffen zu haben. Doch wer wird am Ende tatsächlich die Trophäe mit nach Hause nehmen dürfen?

Um für die „Nationals“ bestmöglich vorbereitet zu sein, müssen sich die Glee-Mitglieder diese Woche einem harten Tanztraining unterziehen. Doch bereits in der ersten Stunde kommt es zu einem folgenschweren Unglück: Finn macht eine ungeschickte Bewegung und trifft Rachels Nase. Der Arzt diagnostiziert einen Nasenbeinbruch – und nicht nur das: Er schlägt ihr vor, sich einer Schönheitsoperation zu unterziehen. Eigentlich ist Rachel mit ihrem Aussehen ganz zufrieden, doch als sie hört, dass eine Nasenoperation auch Vorteile für ihre Gesangsstimme mit sich bringen könnte, ist sie hin- und hergerissen. Sie fragt ihre Freunde um Rat und Santana bringt es schließlich auf den Punkt: Jeder von ihnen habe eine Schwachstelle und es liegt einzig an einem selbst, diesen Makel zu kompensieren. Santanas Einwand bringt viele Glee-Mitglieder zum Nachdenken: Lauren erkennt, dass sie sich gerne der Wahl zur Abschlussballkönigin stellen würde. Doch ihr wird schnell klar, dass sie gegen die scheinbar perfekte Quinn nicht den Hauch einer Chance hat – bis sie erfährt, dass auch Quinn eine Schwachstelle hat. Auch Santana macht sich Hoffnungen auf die Krone. Um sich die Stimmen ihrer Mitschüler zu sichern, verfolgt sie einen ausgeklügelten Plan: Sie möchte Kurt dazu bringen, zurück an die McKinley High zu kommen. Doch damit ihr dies gelingt, muss sie Kurts größtem Widersacher Karofsky den Wind aus den Segeln nehmen, indem sie sein intimstes Geheimnis enthüllt.

Endlich sind alle Rollen für das Schulmusical „West Side Story“ vergeben und die Proben können beginnen. Artie übernimmt die Position des Regisseurs, was ihm sehr viel Spaß macht. Doch als es darum geht, die Liebesgeschichte zwischen Rachel als „Maria“ und Blaine als „Tony“ möglichst echt rüberzubringen, verzweifelt er schier: Zwischen Rachel und Blaine will der Funke auf der Bühne nicht so recht überspringen. Auch Football-Trainerin Shannon Beiste scheint mit dem Thema Sexualität so ihre Schwierigkeiten zu haben. Shannon vertraut sich Artie an und gesteht, dass sie noch Jungfrau und heimlich in den Football Talent-Scout Cooter Mankins verliebt ist. Dieser sucht an der momentan an der McKinley High nach neuen sportlichen Talenten sucht. Doch Shannon ist der Meinung, dass Cooter kein Interesse an ihr hat. Ob sie da richtig liegt?

Auch Rachel und Blaine haben noch keinerlei sexuelle Erfahrungen gemacht, denn beide warten mit ihren jeweiligen Partnern Finn und Kurt auf den richtigen Moment. Weil Artie der Meinung ist, dass sowohl bei Rachel als auch bei Blaine die Leidenschaft fehlt, beschließen beide, ihr erstes Mal so schnell wie möglich hinter sich zu bringen. Doch während Rachel krampfhaft versucht, einen romantischen Moment mit Finn abzupassen, um ihn zu verführen, merkt dieser, dass Rachel in Wirklichkeit noch nicht bereit ist für einen solch intimen Moment und blockt ab. Blaine wird von Sebastian, ein Neuzugang im „Warbler“-Chor, in eine Schwulenbar eingeladen. Auch Kurt ist dabei und beobachtet argwöhnisch, wie Blaine und Sebastian miteinander tanzen. Doch als Blaine wenig später betrunken versucht, sich über seinen Freund „herzumachen“, macht Kurt ihm klar, dass er sein erstes Mal ganz sicher nicht benebelt von Alkohol erleben möchte. Statt in großer Leidenschaft, stecken die beiden Paare nun also in einer Beziehungskrise – nicht gerade die besten Voraussetzungen, um Arties Anforderungen an eine Liebesgeschichte auf der Bühne zu erfüllen.

Die „Regionals“ stehen an und Blaine erfährt von Kurt, dass der „Glee“-Club dieses Jahr eine Hommage an Michael Jackson plant. Daraufhin erzählt Blaine Sebastian von diesem Vorhaben. Das hätte er besser nicht gemacht, denn nun sieht Sebastian seine Chance, gegenüber dem „Glee“-Club im Vorteil zu sein und schlägt den „Warblers“ ebenfalls die Songs des King of Pop vor. Ein spannendes Duell der beiden Chöre bahnt sich an, doch dabei droht vor allem der Konkurrenzkampf zwischen Kurt und Sebastian zu eskalieren. Nach ihren Auftritten wirft Sebastian wütend einen Slushie, doch dieser trifft Blaine direkt ins Gesicht und nicht wie beabsichtigt Kurt. Schlimmer noch: Das Getränk war manipuliert und Blaines Verletzungen sind so gravierend, dass er in die Notaufnahme muss..

Kurt ist außer sich vor Wut: Nun muss der „Glee“-Club erst recht gegen die „Warblers“ die „Regionals“ gewinnen. Als dann auch noch der Brief der New York Academy ins Haus flattert, kann Kurt es nicht fassen: Er wurde angenommen!

Nach Finns Heiratsantrag ist Rachel total überfordert und weiß nicht, wie sie diesen beantworten soll. Drei Tage sind inzwischen vergangen und Finn wartet auf ihre endgültige Entscheidung. In ihrer Not fragt sie Quinn um Rat, doch diese rät ihr, sich zu trennen und an ihre Zukunft zu denken. Ausgerechnet jetzt erhält auch Rachel eine Zusage für die New York Academy. Steht ihr Entschluss damit fest?

Nachdem nun alle an der McKinley High von Rachels und Finns Hochzeitsplänen wissen, kann die Braut es kaum erwarten, endlich vor den Traualtar zu treten. Doch bis dahin hat das Paar noch einen steinigen Weg vor sich: Sebastian, ein Mitglied des konkurrierenden Clubs „Warblers“, taucht überraschend bei Rachel auf und überreicht ihr eine gefälschte Fotomontage auf der Finn nackt und in Pumps zu sehen ist. Sebastian droht damit, dieses Foto im Internet zu veröffentlichen, falls der „Glee“-Club als Favorit tatsächlich bei den anstehenden Regionals antreten sollte. Doch mit dieser Drohung bewirkt Sebastian bloß das Gegenteil: Der „Glee“-Club tritt stärker und besser denn je bei den Regionals auf. Aber werden sie diese auch gewinnen?

Ein weiterer Zwischenfall trübt die Vorfreude auf die große Hochzeit: der Selbstmordversuch von David Karofksy. Zum Glück findet sein Vater ihn rechtzeitig und bringt seinen Sohn ins Krankenhaus. Dort besucht ihn wenig später Kurt, der ihm gut zuredet, endlich offen und stolz mit seiner Homosexualität umzugehen.

Sue ruft indes Quinn zu sich und verkündet ihr, dass sie ein Kind erwartet und erhofft sich Tipps von der Schülerin und Mutter! Dabei verschweigt die Cheerleader-Trainerin jedoch den Namen des Kindsvaters. Quinn sucht ebenfalls das Gespräch mit Sue, denn sie würde gerne wieder den Cheerios beitreten. Zwar ziert sich Sue zunächst, heißt Quinn dann aber doch wieder in ihrem Team Willkommen. Die Freude über ihre Wiederaufnahme währt allerdings nicht lange, denn es kommt alles anders als erwartet …

In seiner neuen Rolle als Schulsprecher ruft Blaine den Club der Superhelden zusammen, denn der Nationals-Pokal der New Directions wurde von einem Unbekannten gestohlen. Die Spur führt Blaine zu seiner alten Schule und ihrem Gesangs-Club, den Warblers. Der Vorsitzende klaute den Pokal, da seine Truppe bei den letzten Nationals gegen die New Directions verloren hat und er nun versucht, Blaine zu einer Rückkehr zu den Warblers zu überreden. Schließlich hat er durch die Trennung von Kurt nichts mehr an der McKinley High verloren. Wird Blaine der Versuchung nachgeben und dem Glee Club den Rücken kehren? Finn möchte den Zusammenhalt innerhalb des Glee Clubs stärken und setzt auf ungewöhnliche Duette: Ryder muss mit Jake singen und Marley hat das zweifelhafte Vergnügen, mit der intriganten Kitty anzutreten. Finns Plan geht zunächst nach hinten los, denn statt sich zu versöhnen, eskaliert die Situation zwischen Ryder und Jake: Da sie beide ein Auge auf Marley geworfen haben, prügeln sie sich um die hübsche Schülerin. Und auch zwischen Marley und Kitty kommt es zu Spannungen, denn Kitty redet ihrer Kontrahentin nach wie vor ein, zu dick zu sein und treibt sie immer weiter in die Bulimie …