Trois mois après le crash, tous sont devenus titulaires. Meredith, surnommée Médusa par ses internes, se remet difficilement de la mort de Lexie. Elle devient aigrie et sa nouvelle interne Jo Wilson en fait les frais. Mark est dans le coma. Conformément à ses volontés, les machines qui le maintiennent en vie sont débranchées. Derek et Callie l'accompagnent jusqu'à la fin. Cristina a quitté le Seattle Grace pour aller a Mayo où elle a du mal a s'intégrer parmi les autres médecins. Par webcam, elle reste en contact avec Meredith. Cette dernière la pousse à rentrer à Seattle. Owen part dans l'Ohio rendre visite à April pour lui proposer de revenir travailler à Seattle. Arizona est vivante mais sa jambe gauche est amputée, elle en veut énormément à Callie et ne veut plus sortir de son lit. Un nouveau titulaire en chirurgie pédiatrique doit arriver pour remplacer Arizona. Alex, qui doit quitter le SGH, ne veut pas que le programme qu'avait mis en place Arizona pour aider les enfants en provenance d'Afrique soit abandonné. Après des hésitations, il décide de rester à Seattle. Meredith prend l'avion pour aller voir Cristina mais au moment du décollage elle fait une crise de panique et hurle aux personnels de la faire sortir de l'avion.

Les survivants sont retrouvés dans la fôret et sont conduis en hélicoptère à l'hôpital de Boise où ils sont stabilisés. Ils sont ensuite transférés à Seattle. Meredith n'a pas de séquelle de l'accident. La main de Derek a besoin d'être opérée pour qu'elle retrouve toutes ses compétences, Cristina est en état de choc mais Owen essaie de l'aider à surmonter cet obstacle, Mark est très mal en arrivant à Boise mais il sort du coma en revenant à Seattle. L'infection de la jambe d'Arizona est trop profonde. Alex est pris de remords et culpabilise d'avoir laissé Arizona prendre sa place dans l'avion. Il lui amputera la jambe. April prend la décision de quitter Seattle pour rentrer chez elle, dans l'Ohio puisque son contrat avec l'hôpital se termine. Jackson lui demande de l'attendre chez Joe mais il arrivera finalement en retard et n'aura pas l'occasion de lui dire au revoir. Cristina quitte elle aussi Seattle pour aller dans le Minnesota mais Meredith lui reproche de fuir. Mark donne quelques conseils à Jackson avant de faire une rechute fatale. Webber arrive à le réanimer mais il retombe dans un profond coma, Mark ne pourra pas revoir une dernière fois sa fille, Sofia.

Les survivants du crash ont eu une lourde décision à prendre : accepter la somme d'argent conséquente offerte par la compagnie aérienne pour que la procédure n'aille pas plus loin ou la refuser et poursuivre ainsi le procès qui s'annonce long et douloureux pour chacun ? Pendant ce temps, la vie reprend peu à peu son cours normal au Seattle Grace. April est de retour, ce qui met Jackson dans l'embarras alors qu'ils sont obligés de travailler ensemble sur un cas. Alex tente de ne plus draguer les nouvelles internes. Quant à Cristina, si elle n'est pas dans les murs mais à l'autre bout du pays, elle n'en reste pas moins présente par écrans interposés. Après une pause forcée, elle reprend ses activités aux cotés de ses nouveaux collègues et essaye de se les mettre dans la poche...

Le Dr Webber appelle le Dr Catherine Avery pour un cas particulier en chirurgie urologique. Ils sont toujours aussi proches ce qui ne plait pas du tout à Jackson. Cristina avoue à Meredith qu'elle couche avec le Dr Parker pour combler son manque de sexe. Le Dr Parker met en place un plan pour inciter le Dr Thomas à pendre sa retraite mais Cristina, devenue proche du vieux chirurgien, fait tout pour contrer le plan du Dr Parker. April et Jackson passent leur temps libre à coucher ensemble. Consciente du fait que Derek ne puisse peut-être plus jamais opérer, Meredith cesse d'évoquer les chirurgies qu'elle pratique. Derek se reconvertit en professeur auprès des internes. Arizona, toujours rancunière, commence ses séances de rééducation. Elle est toujours froide envers Callie mais elle l'invitera quand même à regarder la télévision avec elle. Callie exprime sa détresse à Owen, et Alex est toujours rempli de culpabilité.

Meredith se retrouve confrontée à un cas chirurgical qui lui rappelle celui de sa sœur Lexie (décédée au 8x24). En effet, une jeune femme est prise au piège, la moitié du corps sous une voiture. Meredith va devoir prendre sur elle, d'autant que Derek est en déplacement. Elle a donc la responsabilité de Zola. Elle doit alors combiner son rôle de mère avec son nouveau rôle de titulaire. De son côté Cristina s'oppose au Dr Parker qui pousse le Dr Thomas à prendre sa retraite, en effet celle-ci a tissé de bons liens avec son mentor. La fin de l'épisode marque le retour de Cristina à Seattle après la mort du Dr Thomas en pleine opération. Attristée, elle prend un aller simple pour Seattle et retrouve Meredith chez elle qui est tout aussi déprimée d'accepter le deuil de sa sœur.

Cristina est réembauchée au Seattle Grace ; elle découvre le nouveau chef du service de cardio, le Dr Russell. Les victimes du crash rencontrent une équipe d’avocats pour décider de la prochaine étape dans cette action en justice. Meredith, enfin installée avec Derek et Zola, prend la décision de mettre la maison de sa mère en vente mais Alex veut la racheter à condition que Meredith rénove la maison. Les internes sont malmenés par les titulaires : Cristina leur donne de stupides surnoms, Alex ne cesse de reprendre Jo sur la propreté de sa blouse. Bailey contacte Arizona pour un cas en pédiatrie, cette dernière se résout enfin à sortir de son lit pour essayer de marcher avec sa prothèse. Après quelques efforts, Arizona parvient à se rendre à l'hôpital ce qui réjouit beaucoup Bailey et Callie. Les retrouvailles sont tendues entre Owen et Cristina. Pendant ce temps, April et Jackson continuent à coucher ensemble mais Jackson avoue à April que pour lui ce n'est pas que du sexe et qu'il a des sentiments pour elle. Callie est optimiste pour l'avenir de Derek dans un bloc opératoire. Enfin, l'équipe juridique à une nouvelle cible pour le procès : le Seattle Grace Mercy West lui-même... Les autorités suspectent Owen d'être la "cause" du crash.

Arizona est de retour au Seattle Grace, même si plus rien n'est comme avant. Elle retrouve quand même ses marques et sa rancune envers Callie et Alex a disparu. Owen se rend à une réunion concernant le crash et apprend qu'il est en partie responsable de cet événement tragique. Il annonce à Cristina qu'il souhaite divorcer. Pendant ce temps, Bailey n'est pas très enthousiaste pour un deuxième mariage. April se rend compte qu'elle a quatre jours de retard dans ses règles et panique immédiatement à l'idée d'être enceinte. Elle avertit Jackson qui, à l'hypothèse d'une éventuelle grossesse, lui propose de se marier et de fonder un foyer avec lui, April approuve. La prise de sang d'April s'avère négative et cette dernière clame haut et fort son remerciement envers Dieu et dit à Jackson que c'est une bonne nouvelle car elle n'aura pas à se marier avec lui, elle lui brise le cœur et Jackson se résout à devoir faire une pause avec elle. Callie cherche toujours une solution pour la main de Derek et demande de l'aide à Jackson. Enfin, Derek rentre chez lui où Meredith à quelque chose à lui apprendre : elle est enceinte de 3 semaines ! Ils sont tous les deux heureux et Meredith a d'ores et déjà acheté un t-shirt pour Zola où il est marqué : « Meilleure grande sœur du monde. »

Sur ordre du Docteur Callie Torres, Jackson cherche un nerf sur des cadavres pour la main de Derek. Meredith demande alors à une interne, Heather, de prendre contact avec les sœurs Sheperd pour être donneur d'"organe". Elle a pour ordre de leur téléphoner jusqu'à ce qu'elles disent oui. En répondant au téléphone de Meredith, elle finira par apprendre sa grossesse. Personne, à part Derek, n'étant au courant, Meredith lui fait très clairement comprendre qu'elle ne doit en parler à personne. Derek, en apprenant que Meredith a décidé d'impliquer ses sœurs, est en colère contre elle. C'est au moment où Heather crie sur le couple qu'une des sœurs (Neve Campbell) arrive et leur apprend qu'elle accepte de passer sur le billard pour son frère.

De plus, cet épisode nous en apprend plus sur l'histoire de la nouvelle interne du Seattle Grace, Jo. En effet, après qu'elle s'en soit prise à une adolescente qui abandonne son nourrisson après son accouchement, le Dr Karev décide de lui parler. On apprend alors que sa propre mère l'a abandonnée deux semaines après la naissance et qu'elle a grandi dans différentes familles d'accueil jusqu'à vivre dans sa voiture à partir de ses 16 ans.

À quelques jours de son mariage, Bailey est paniquée à l'idée de devoir passer devant l'autel. Elle sollicite April pour que cette dernière s'occupe de tous ses patients. Ensuite, elle demande à Meredith, Callie et Arizona si elles veulent bien être ses demoiselles d'honneur. Meredith, avec l'aide de Liz (la soeur de Derek), continue de pousser Derek à la chirurgie. Meredith et Derek se rendent à leur première échographie, mais Meredith est persuadée qu'elle va faire une fausse couche et refuse de regarder le moniteur. Jo se plaint à Arizona du comportement d'Alex. Arizona explique à Alex qu'il n'a pas à dire à Jo qu'elle est vouée à l'échec. Pendant ce temps, April et Jackson cherchent par tous les moyens à ne pas aller ensemble au mariage pour ne pas réveiller leur tension sexuelle. April impose alors à Jackson d'inviter Stéphanie et pour se venger, Jackson impose à April de s'y rendre avec Ross. Alex suggère à Jackson de demander à Stéphanie d'emmener une amie avec elle. Avec surprise, ils se rendent compte que l'amie de Stéphanie est Jo et donc qu'Alex devra être son cavalier. Le couple de Callie et Arizona est sur la bonne voie et Arizona semble accepter petit à petit son amputation même si quelquefois Callie doit lui redonner confiance en elle. Liz reproche à Meredith de laisser la famille Shepherd en dehors de leur vie. Cristina apprend qu'Owen a demandé le divorce pour des raisons judiciaires, et après lui avoir avoué qu'elle voulait donner une nouvelle chance à leur couple, ils tombent dans les bras l'un de l'autre. Après la chirurgie de Derek et Liz, qui s'est bien passée, Meredith informe Liz de sa grossesse fragile alors que même Cristina ne le sait pas. Avant de se rendre à la cérémonie, Miranda qui est avec Richard, est prise de doutes mais part tout de même rejoindre Ben vêtue de sa robe de mariée. Cependant, sur le trajet en voiture, Richard reçoit un important coup de fil qui lui apprend qu'Adele, sa femme atteinte d'Alzheimer, vient tout juste d'être admise au Seattle Grace car elle crache du sang en importante quantité. Désemparés, ils font demi-tour pour revenir à l'hôpital et s'occuper en urgence d'Adele. Son cas est grave et Richard, étant son mari, ne peut pas être accepté sur ce cas. Bailey décide donc d'opérer Adele sans même penser à son mariage. Ben et les invités ne voyant pas Miranda arriver pensent que ses doutes ont été plus forts qu'elle mais ignorent tout de l'urgence médicale à laquelle Bailey et Webber font face.

Bailey et Webber sont retournés à l'hôpital pour sauver la vie d'Adele. Les invités se demandent où est Miranda. Pour les faire patienter, Ben leur propose de participer au buffet du mariage. Arizona dit à Callie qu'elle a envie de refaire l'amour avec elle (elles ne l'ont pas fait depuis son amputation). Après avoir couché ensemble, Cristina et Owen se demandent s'ils doivent divorcer ou non. Meredith et Bailey opèrent Adele sous les yeux de Richard qui se montre pessimiste pour l'avenir de sa femme. Un groupe de motards mal en point est amené à l'hopital, tout le monde doit retourner au Seattle Grace exceptés Jo et Alex qui ont bu au mariage, ce qui les oblige à passer du temps ensemble. Ils discutent de leur enfance difficile et de leur famille d'accueil respective. Callie est heureuse, en voyant Arizona enfin prête à faire l'amour, mais au dernier moment, Arizona change d'avis: elle préfère attendre encore un peu. Arizona a peur que Callie ne veuille la quitter mais Callie la rassure en lui disant qu'elle sera présente comme Arizona l'a été pour elle à la suite de leur accident de voiture et que ce n'est pas du tout dans ses projets de rompre! Une fois l'opération d'Adele terminée, Bailey retrouve Ben qui est venu la chercher à l'hôpital. Ils partent tous les deux rejoindre leurs invités et se marier! Stephanie et Jackson finissent finalement par coucher ensemble alors qu'ils savent qu'ils ne devraient pas. Shane se demande si April n'aurait pas le béguin pour lui. Après qu'un des motards ait évoqué la liberté qu'on ressent en roulant à moto, Owen comprend qu'il doit divorcer. Il en parle avec Cristina et ils finissent par signer les papiers. À la fin de l'épisode, Richard arrive à la cérémonie et annonce une mauvaise nouvelle à Meredith : Adele vient de mourir d'un arrêt cardiaque. En regardant Bailey et Ben danser, il s'imagine danser une dernière fois avec Adele.

Meredith, Derek, Cristina et Arizona reçoivent d'importantes nouvelles du procès sur le crash de leur avion. En effet, ils obtiennent 15 millions de dollars chacun. Le soir même au restaurant, Meredith annonce qu'elle est enceinte (elle entame le deuxième trimestre). Richard repousse les avances de Catherine car il se sent coupable de la mort de sa femme. Jackson s'occupe d'un ancien patient de Mark. Il veut pratiquer une autre intervention que celle prévue à l'origine, ce qui ne plaît pas à Arizona. D'autre part, il annonce à April qu'il couche avec Stephanie. Derek commence la rééducation de sa main en jouant au ping pong avec Shane. Après plusieurs heures de match acharné, il ne ressent aucune douleur et Callie pense donc qu'il est prêt à réopérer. En fin d'épisode, Owen rencontre le conseil d'administration de l'hôpital qui lui explique que la compagnie d'assurance a trouvé une faille dans le dossier concernant le crash de l'avion. En effet, une règle dit que seuls deux titulaires peuvent se trouver sur un même vol. Arizona ayant pris l'avion à la place de Karev, la règle n'a pas été respectée et l'assurance refuse donc de sortir son chéquier. C'est à l'hôpital de payer, mais impossible pour lui de sortir 15 millions pour chaque victime. L'hôpital va être mis en faillite et va devoir fermer ses portes.

Arizona ressent de vives douleurs au niveau de la jambe qui a été amputée (syndrome du membre fantôme) et elle demande de l'aide à Owen. Alex et Cristina opèrent une petite orpheline venue d'Afrique, tandis que Derek fait sa première opération depuis le crash. April fait forte impression auprès d'un ambulancier, qui l'invite à boire un café. Quant à Meredith, ses hormones la font pleurer très facilement. Shane, qui travaille avec elle, accumule les erreurs et Meredith a du mal à le supporter... Pendant ce temps, le Dr Alana Cahill arrive au Seattle Grace pour réorganiser l'hôpital afin de trouver comment réduire les dépenses. A la fin de l'épisode, elle annonce aux médecins que l'unique solution est de fermer le service des urgences.

Alors que Derek et April travaillent jour et nuit pour trouver une solution pour l’hôpital, Cristina se bat pour respecter les volontés d’une famille dont le fils est mourant. Pendant ce temps, Arizona sympathise avec une adolescente qui fait face à des problèmes similaires aux siens.

Alors que la société Pegasus vient de dénicher un potentiel acheteur pour l'hôpital, Arizona décide de se ranger du côté de Callie, Derek et Meredith à la suite de la soudaine décision de démission du docteur Bailey. Le docteur Sheperd contacte alors son conseiller financier afin d'établir un plan concret pour racheter le Seattle Grace. De son côté, Owen tente de faire face à la rébellion qui gagne peu à peu tout le personnel du Seattle Grace. April découvre que son nouveau compagnon partage les mêmes valeurs qu'elle et Alex s'interroge sur une potentielle relation entre lui et Jo. La vente de l'hôpital ayant été programmé pour le soir même, Callie, Derek, Meredith et Arizona, rejoints par Cristina, tentent un coup d'état et donnent leurs démissions afin de gagner du temps. Pendant ce temps, afin de semer le désordre, Derek charge le Docteur Ross de saccager toutes les affiches de lui placardées aux quatre coins du Seattle Grace. L'épisode se termine par une réunion entre Callie, Arizona, Derek, Meredith et Cristina.

Pegasus accepte de revenir à la table des négociations, mais ils veulent juste liquider l'hôpital. Cette rumeur circule de plus en plus dans le Seattle Grace Mercy West, pendant que Derek, Meredith, Cristina, Callie et Arizona tentent de trouver un investisseur. Les délais sont courts, et c'est une course contre la montre pour convaincre l'investisseur potentiel de les aider. Alors que tout semble perdu Catherine Avery en toute fin d'épisode propose de les aider, la seule exigence de Catherine est le choix du représentant, Jackson va donc devenir le dirigeant de l'hôpital.

Les tensions augmentent lorsque la nouvelle équipe de direction prend le contrôle du Seattle Grace. La discorde et le chaos qui en résultent amènent le chef Owen Hunt à démissionner. Pendant ce temps, les médecins et les internes doivent jongler entre plusieurs transplantations, chacune ayant son propre lot d’obstacles : Meredith prend l'avion pour aller chercher un rein au loin, et une fois arrivée découvre que l'organe a déjà été envoyé à Seattle comme colis urgent; April Kepner, surmontant ses croyances religieuses, aide un jeune médecin au dernier stade de SLA à obtenir une euthanasie volontaire, et à donner ses organes, à condition qu'ils soient prélevés dans les 5 minutes suivant son arrêt cardiaque (et non sa mort cérébrale); Cristina doit circonvenir deux patients âgés qui se disputent un cœur, d'autant plus âprement qu'ils se connaissent depuis longtemps et sont de vieux rivaux ; Karev convainc une jeune insuffisante rénale qu'elle doit accepter la greffe d'un rein, même si cela l'éloigne momentanément de son petit ami qui est lui aussi en dialyse.

Alors que la nouvelle direction du Seattle Grace continue à faire des changements, les médecins commencent à réaliser qu’être propriétaire d’un hôpital apporte son lot de problèmes et de responsabilités. Dans le même temps, Meredith a des craintes pour le bien-être de son bébé. Callie et Arizona essaient de ramener des étincelles dans leur relation.

Un camion citerne plein de gaz explose sur une autoroute de Seattle, provoquant des blessures multiples, y compris pour l’ambulancier Matthew. Meredith et Jo aident une mère agitée dont l’enfant souffre d’une maladie mystérieuse. Owen se lie avec un jeune garçon dont les parents sont dans un état critique. Alex est obligée de s’occuper d’un patient malade avec le petit ami de Jo.

Trois anciens patients de Bailey sont ré-hospitalisés à la suite d'infections post-opératoires. Tout accuse l'interne Leah Murphy qui était grippée et assistait Bailey dans ses opérations. Alors qu'un de ces patients meurt, Leah informe Meredith qu'elle n'a assisté qu'à seulement 2 des 3 opérations. Bailey est alors mise en cause...

Alors que l'hôpital accueille de nouveaux patients aux doigts coupés, le docteur Bailey affronte ses problèmes vis-à-vis de l'infection de ses patients. Elle est interrogée tout au long de l'épisode par le CDC. Le Docteur Hunt continue de veiller sur le jeune Ethan et sur ses parents, oubliant parfois quelque peu son rôle de médecin. Pendant ce temps, Alex réfléchit à possibilité de séduire Jo.

Alors que Bailey se remet en doute à la suite des récents événements, l’hôpital accueille une famille de magiciens dont la femme a été coupé à moitié lors d'un de leurs tours de magie. Pendant ce temps, Alex et Jo n'arrivent pas à s'adresser la parole. Un nouveau médecin arrive au Grey Sloan Memorial Hospital, Dr. Lauren Boswell, et semble tourner autour d'Arizona. En fin d'épisode,Jo débarque chez Alex le visage couvert de bleus...

Une tempête se prépare à toucher Seattle. L'hôpital se prépare au pire alors que Meredith est sur le point d'accoucher. Matt demande April en mariage devant toute l'équipe de l'hôpital et cette dernière accepte. Owen montre son désir d'adopter Ethan auprès de Meredith mais le père de celui-ci fini par sortir du coma. Jo est confrontée à une terrible situation et Alex tente de l'aider et de comprendre ce qui s'est passé du mieux qu'il peut.Arizona et le Dr Boswell se rapprochent de plus en plus, Arizona fini par s'enfermer avec en salle de garde et à l'embrasser. La tempête commence à frapper Seattle et ses environs quand Meredith perd les eaux...

Dans cet épisode, une tempête fait ravage sur Seattle, l'hôpital est plein, la lumière s'éteint, et les accidents ne stoppent pas. Bailey refusant d'opérer, réalise un travail de simple infirmière. Meredith doit subir une césarienne dans le noir car le bébé ne se présente pas bien. Le bébé est sauf, mais Meredith fait une hémorragie, ce qui force Bailey à l'opérer. Elle finit par la sauver, et en son honneur, Meredith et Derek appellent leur fils Bailey. Alex avoue ses sentiments à Jo, qui sont réciproques et ils s'embrassent. Arizona, qui a trompé Callie dans l'épisode précédent, regrette fortement et le fait bien comprendre à Lauren, ce qui ne freine pas cette dernière. Et tout juste après avoir dit ça, Callie arrive en néo-nat, la lumière se rallume et elle remarque que Lauren a la bague d'Arizona épinglée à sa blouse (l'habitude des deux mariées pour ne pas perdre leur bague, or Lauren et Arizona ont échangé leurs blouses lorsqu'elles se rhabillaient), Lauren essaye de mentir mais Arizona n'y arrive pas, Callie comprend ce qui s'est passé. Elles se retrouvent face à face pour s'expliquer. Callie lui reproche la trahison, Arizona s'excuse mais la dispute dérape sur le crash et le fait que Callie ait amputé Arizona. Arizona dit à Callie qu'elle n'a rien perdu dans cet accident. Elle répondra en disant : "apparently I lost you." (apparemment je t'ai perdue). Christina rompt avec Owen car elle ne veut pas être celle qui l'empêche d'avoir un enfant. April lors d'un court instant, croit Jackson mort dans un accident de bus qui a eu lieu devant l'hôpital. Elle lui avoue ses sentiments au moment où il est pansé. Elle lui demande de lui donner une raison pour ne pas se marier avec Matt. L'épisode se finit sur l'image du docteur Webber allongé sur le sol, ayant pris une décharge électrique.