Reese, Shaw e Fusco devem proteger um trabalhador que se depara com uma conspiração perigosa ao fingir ser um detetive. Enquanto isso, Finch viaja a Hong Kong como parte de sua identidade secreta acadêmica.

Reese se voluntaria como instrutor na Academia de Polícia de Nova York para ficar de olho em um jovem oficial talentoso, cujas ações suspeitas fazem Reese questionar suas motivações. Enquanto isso, Martine, armado com informações do Samaritano, caça um membro do time.

Reese e Finch se deparam com uma luta de poder pelo controle das gangues da cidade quando Elias se torna o alvo de Dominic, o ambicioso líder da Irmandade. Enquanto isso, Root e Shaw discordam sobre como lidar com uma nova ameaça do Samaritano.

Reese e Finch devem proteger Harper, uma vigarista das ruas, quando o plano da garota de roubar dinheiro de uma loja acaba indo por água abaixo.

Reese e Fusco ficam no meio de uma guerra envolvendo duas novas pessoas de interesse, os chefes criminosos rivais Elias e Dominic. Enquanto isso, uma pista sobre o paradeiro de Shaw levam Finch e Root rumo a uma possível armadilha, ao mesmo tempo em que Control tenta descobrir as verdadeiras intenções do programa Samaritano.

Finch e Root correm para salvar a Máquina ao mesmo tempo em que Reese fica preso no meio da batalha final entre Elias e Dominic.

Reese e Finch tentam salvar o código-fonte da Máquina antes que se deteriore e seja impossível reparar; Root luta pela sua vida contra agentes Samaritan; e Fusco enfrenta questionamentos pelas mortes de Dominic e Elias.