Personne ne sait où la machine s'est installée, mais elle est toujours en contact avec Finch et son équipe d'une part, et Root d'autre part. Toujours internée, Root a un problème à régler rapidement avec son psychiatre, qui l'empêche d'accéder aux téléphones et à tout appareil électronique. Rétrogradée au rang d'agent de police depuis l'affaire de la fusillade orchestrée par la DRH, Carter a ses propres centres d'intérêt. Elle n'a d'ailleurs pas parlé à Finch et à Reese de son association avec un ancien numéro. Celui que la machine soumet à Finch appartient à Jack Salazar, seconde classe dans la Navy. Il plaît d'emblée à Reese pour ses valeur morales, son aptitude à se battre et son parcours qui lui rappelle le sien quand cinq ans avant Salazar, il a lui aussi choisi l'armée plutôt que la prison.

Le nouveau numéro dévoilé par la machine est celui de Wayne Kruger, directeur de Lifetrace, une société de courtage de données qui tire profit de la vente d'informations personnelles. La vie de Kruger bascule quand une personne commence, à son tour, à jouer avec ses propres données personnelles. Ses comptes bancaires sont vidés, son mariage brisé, son passé judiciaire révélé, un gros contrat annulé. Reese et Finch découvrent que les attaques proviennent de différentes personnes, toutes plaignantes dans le cadre d'une action collective intentée contre Lifetrace.

Toute l'équipe se penche sur la personne d'intérêt du moment, un homme semblant être aux premiers abords un dangereux psychopathe. Il s'avère finalement qu'il était la victime.

L'équipe se penche sur le cas d'une procureure qui aurait tué son mari. Après de nombreux rebondissements, Reese et Finch finissent par découvrir que le prétendu défunt mari est en fait toujours en vie et que ce dernier a piégé sa femme pour faire croire qu'elle l'a tué.

Shaw et Finch se concentrent sur la nouvelle personne en danger, Genrika Zhirova, une jeune fille de 10 ans passionnée d’espionnage. En plus d'aider ses deux collègues, John travaille également avec Carter pour l'aider à arrêter des personnes travaillant pour la « DRH ». Cependant l'équipe se rend vite compte que les deux affaires sont liées, la jeune fille ayant en sa possession des enregistrements compromettants de membres de la « DRH ».

Shaw, qui a été enlevée sur ordre de la machine par Root, est obligée de travailler avec cette dernière. Les deux femmes savent seulement que cette mission, donnée par la machine, concerne la survie de cette dernière. Elles doivent sauver un homme, Jason Greenfield, un hacker qui faisait partie de l’organisation de Peter Collier mais qui a voulu la quitter. L’organisation, maintenant connue sous le nom de « Vigilance », menace de le tuer, ainsi que son frère adoptif, Timothy Sloan. Celui-ci s'avère être le nouveau numéro donné par la machine à Finch.

L'équipe enquête sur le cas d'un hypnotiseur, Hayden Price, qui se révèle être un arnaqueur de ses patients. Se retrouvant impliqué dans un trafic de la « DRH », avec un de ses clients, Sven Vanger, ces deux personnes se mettent automatiquement en danger. John et Shaw ainsi que Fusco et Carter interviennent respectivement pour les sauver.

Carter connaît le nom du chef de la « DRH », Alonzo Quinn. Elle est déterminée à venger la mort de Cal Beecher et met au point un plan, sans l'aide ni l'accord de John et Harold, afin de monter l'un contre l'autre la « DRH » et les Russes. Elle demande l'aide de Carl Elias. Alors qu'une bataille sanglante est sur le point d'éclater, Finch reçoit 38 numéros, tous de policiers corrompus au solde de la « DRH » visés par les Russes.

Reese et Carter ont réussi à quitter la maison du juge Monahan avec Alonzo Quinn, menotté. Mais Simmons a alerté tous les policiers du HR et il a communiqué la photo de Reese à tous les gangs de la ville avec une récompense pour qui l’abattra le premier. La traversée de New York jusqu’au bâtiment du FBI s’annonce donc dangereuse, voire fatale pour nos deux héros.

L'équipe est sous le choc après le meurtre de Carter et la grave blessure de Reese par le lieutenant Simmons. Celui-ci est activement recherché par les autorités, mais aussi par les Russes qui s'estiment trahis par la DRH. Au péril de sa vie, Reese a quitté l'hôpital pour partir à sa recherche en remontant toutes les pistes possibles. Shaw fait de même de son côté.

Après la mort de Carter et la guerre avec la DRH, Reese quitte ses amis, toujours extrêmement attristé par la mort de Joss, et part pour le Colorado où son père vivait. Pendant ce temps, la machine tente de donner un nouveau numéro à Harold, mais celui-ci est plutôt réticent. Après avoir été convaincu par Root, il finit par accepter. La nouvelle personne d'intérêt est donc Arthur Claypool, un ancien ami d'Harold quand celui-ci étudiait au MIT.

Harold, Shaw et Arthur sont détenus par Contrôle car cette dernière veux obtenir des informations. Shaw étant déclarée inutile, elle est sur le point de se faire tuer quand Root fait irruption dans la pièce et réussit, avec des armes et l'aide de la machine, à faire sortir les trois personnes vivantes. Cependant, pendant leur fuite, elle est capturée par Contrôle.

Après avoir clairement dit à Finch, qu'il arrêtait tout, Reese embarque dans un avion, laissant son passé derrière lui et l'équipe.Mais il est en colère, quand il comprend que ses plans de voyage ont été modifiés. Lors du vol, Reese devra contre son gré, sauver un ingénieur informatique, où plusieurs personnes veulent le tuer. Il pourra compter sur l'aide d'une hôtesse de l'air, de Finch et de Shaw.

Reese rejoint Finch à New York, mais quand l'équipe reçoit le numéro d'un voleur d'antiquités hautement qualifié, une surprenante tournure des événements leur fait planifier un hold-up.Cela pourrait bien leur faire prendre de gros risque, jusqu'en prison par exemple.

Finch s'infiltre dans un centre d'appels d'urgences pour protéger un opérateur de police secours. Mais il comprend rapidement que la menace est plus importante que ce que l'équipe avait prévu.

Les secrets de Harold Finch sur son fonctionnement avant de recruter John Reese sont révélés, y compris des liens choquants avec les évènements d'aujourd'hui.

La machine donne pour mission à Root de rechercher un concierge avec un passé mystérieux, mais quand sa présence met sa vie en danger, Finch reçoit également son numéro.

Finch et Reese doivent plonger dans les eaux troubles de la politique internationale quand on leur donne le numéro d'un ancien entrepreneur du gouvernement qui guette un diplomate de l'ONU.Pendant ce temps, Root est sur la trace de Greer.

Reese et Shaw se font passer pour d'anciens élèves à une réunion de lycée afin de garder les yeux sur le dernier numéro sorti, Matthew Reed, un procureur hanté par un sombre secret de son passé. Pendant ce temps, Finch et Fusco se rendent à Washington pour enquêter sur les motivations de la dernière attaque de Vigilance.

Décima utilise Samaritain afin d'alimenter la traque de Shaw, Root et Reese. Pendant ce temps Greer, afin de tenter de faire sortir Finch de sa cachette, utilise la plus grande faiblesse de Harold : son amour pour son ancienne fiancée, Grace Hendricks.

Quand une entité inconnue empêche la Machine de voir l'image complète d'une catastrophe imminente, elle envoie cinq numéros distincts, pour aider l'équipe à reconstituer la vue d'ensemble. Une équipe de hackers, recrutés par Root, débarque à New York.

L'équipe prend des mesures désespérées dans sa course pour empêcher Samaritain d'être mis en ligne et de cibler ses premières victimes. Pendant ce temps, de longs mois de bataille avec le groupe terroriste anti-surveillance Vigilance arrive à une conclusion choquante.