Reese und Finch ziehen in einen Apartmentkomplex, um eine interessante Person zu überwachen: den Hausverwalter. Gleichzeitig versucht Carter, Finch auf die Schliche zu kommen. In einer Rückblende erfahren wir mehr über die Startphase der Maschine

Da Finch von Root (Amy Acker) gefangen gehalten wird, übernimmt Reese doppelte Aufgaben: seinen Freund suchen und gleichzeitig einen geldwaschenden Banker vor Attentätern retten.

Der Weg zu Finchs Aufenthaltsort führt durch Texas, wo schockierende Details aus Roots Vergangenheit ans Licht kommen.

Die Maschine hat beim Rebooten eine kleine Panne, die Reese und Fusco die Namen von Dutzenden Personen verrät, die entgegen ersten Analysen gar nicht in Verbrechen involviert sind. Gleichzeitig schließt sie Finch und Root aus dem System aus, weil sie beide wegen ihrer gewalttätigen Vergangenheit als potentielle Gefahr identifiziert.

Finch ist mit dem Virus ICE-9 unterwegs zur NSA, um mit diesem Samaritan auszuschalten. Allerdings zweifelt er noch an seiner Entscheidung, da das Virus seine Maschine ebenfalls beseitigen würde. Die Maschine bietet Harold Einblicke in die Welt, wie sie gewesen wäre, hätte er seine Maschine nicht gebaut. Mit Hilfe der Maschine gelangt Harold tatsächlich bis ins Rechenzentrum der NSA, wo er allerdings bereits von Greer erwartet wird. Da das Passwort zur Aktivierung des Virencodes von Harold gesprochen werden muss, bringt Greer Finch in einen schallisolierten Raum, um dort herauszufinden, ob eventuell auch die Maschine das Passwort kennt …