Reese, Shaw et Fusco doivent protéger un modeste employé de bureau qui s'est embarqué dans une très dangereuse conspiration, se faisait passer pour un lieutenant de police. Pendant ce temps, Finch voyage à Hong Kong dans le cadre de son identité d'enseignant...

Reese se porte volontaire comme instructeur de l'académie de police du NYPD dans le but de garder un œil sur une jeune et talentueuse recrue aux actions suspicieuses qui font douter John de ses motivations. Pendant ce temps, Martine, aidée par « Samaritain », entreprend une traque d'un membre de l'équipe...

Reese et Finch se trouvent mêlés à une lutte de pouvoir par les gangs de la ville quand Elias est pris pour cible par Dominic, l'ambitieux leader de « la Confrérie » (« the Brotherhood » en version originale). Pendant ce temps, Root et Shaw ne sont pas d'accord sur le moyen de gérer une nouvelle menace de « Samaritain »...

Reese et Finch doivent protéger Harper, une arnaqueuse douée, quand ses plans de voler un dispensaire médical de marijuana contrarient un cartel et Dominic...

Reese et Fusco ne savent pas comment gérer la rivalité qui opposent les patrons du crime, Élias et Dominic. En parallèle, Finch et Root sont conduits directement dans un piège extrêmement dangereux quand un indice les pousse à aller enquêter dans un endroit peu sûr, un asile. De son côté, Contrôle essaye d'en savoir plus sur « Samaritain »...

Finch et Root luttent pour sauver la Machine, qui a été localisée par l'intelligence artificielle rivale, « Samaritain ». Pendant ce temps, Reese est pris en plein milieu de la confrontation finale entre les patrons du crime, Élias et Dominic...

Le combat mené contre le Samaritain n'a pas permis de le mettre hors d'état de nuire. La machine n'est plus en état de fonctionner, même si ce qui constitue son essence a été conservé. La fine équipe doit absolument chercher un endroit où se mettre à l'abri en attendant des jours meilleurs. Finch s'attelle, par ailleurs, à reconstruire la machine. Il profite de ce nouveau départ pour effectuer des modifications et tirer les leçons du passé. Par ailleurs, Fusco est interrogé par les affaires internes, car il était le seul agent du N.Y.P.D. présent au moment où Élias et Dominic ont été tués. Il est suspecté...