Samaritan e' entrata in funzione e i protagonisti della serie sono costretti a nascondersi dietro false identita' per non venir rintracciati dai loro nemici. Finch si e' arreso e ha deciso di mantenere un basso profilo per non destare sospetti ma Root, in contatto con la Macchina, rintraccia i vari componenti del gruppo decisa a farli tornare in azione.

Reese riceve il numero di una studentessa, Claire, che e' impegnata in un pericoloso gioco ideato da Samaritan per reclutare adepti. Reese, Shaw e Root riescono a convincere Finch di dar loro una mano e scoprono che il creatore della Macchina aveva gia' deciso di ributtarsi nella mischia.

Shaw si unisce a un team di ladri internazionali per tenere d'occhio l'ultima persona di cui si stanno occupando ma un imprevisto la mette in pericolo e rischia di essere rintracciata dal Samaritan.

Reese si offre volontario come istruttore all'accademia di polizia di New York per controllare una giovane recluta le cui azioni suscitano sospetti. Martine intanto, è sulle tracce di uno dei membri del team grazie alle informazioni ricevute da Samaritan.