Un ex-agente de la CIA llamado John Reese es reclutado por un solitario millonario llamado Harold Finch para resolver una trama antes de que ocurra un crimen y su primer trabajo es inmiscuirse en la vida de una ayudante de fiscal señalada por la máquina que aparentemente tiene conexiones con policías corruptos.

En su segunda misión, Reese tiene que proteger a una niña huérfana que, sin saberlo, una herencia familiar que es la causante de la fragmentación de su familia.

Reese se infiltra en un grupo de paramilitares ladrones de bancos para salvar a uno de sus miembros que fue señalado por la máquina.

La máquina señala a una doctora con un interes obsesivo por un banquero, ya que este es un violador que le arruino la vida a su fallecida hermana.

Un juez es extorsionado por delincuentes europeos para que libere a una ejecutiva que en realidad lava su dinero sucio.

Una ''arregladora'' llamada Zoe Morgan está investigando a una compañía farmacéutica responsable de la muerte de una de sus empleadas.

Un ''profesor de historia''(que en realidad es un peligroso criminal llamado Carl Elias) es víctima de una trama de la mafia rusa.

Un asesino de elite alemán a quien se creia muerto, regresa para vengarse de aquellos que lo traicionaron.

Mientras Carter es un objetivo a eliminar, Reese se reencuentra con Mark Snow, un antiguo compañero de la CIA quien le tiende una emboscada.

4 personas sin relación entre sí, son víctimas de una peligrosa trama criminal.

Un conserje de un bloque de apartamentos es investigado por la máquina por ser en apariencia un acosador.

Una abogada honesta se mete en una peligrosa trama de corrupción a fin de salvar a un cliente encarcelado injustamente.

Un hombre es injustamente acusado del asesinato de un congresista por culpa de una peligrosa hacker que se hace llamar ''Root''.

Un niño pandillero de Brooklyn desea vengarse de los responsables del asesinato de su hermano mayor.

Un policía encubierto es consciente de que miembros de HR( Recursos Humanos ) pueden arruinar su tapadera frente a unos pandilleros latinos.

Un corredor de bolsa es relacionado injustamente en una estafa financiera que puede arruinar su relación con su padre adoptivo.

Reese se ve obligado a proteger a un bebe recien nacido que es víctima de unos matones contratados por una celopata multimillonaria.

Un hombre victima de una clonación de identidad se hace pasar por un traficante de anfetaminas para acercarse al responsable de su desgracia.

Los jefes de la mafia son víctimas de la oscura trama de Carl Elias.

Tommy Clay es en apariencia un padre de familia, pero en realidad planeaba el robo de un banco y una negociación con el corrupto jefe de HR Artie Lynch.

Una mujer en apariencia fugitiva de la justicia, en realidad sufre el acoso de su violento esposo.

Un empleado del gobierno sufre la ira del mismo después de inmiscuirse en los asuntos de la máquina.

HR planea deshacerse de una psicóloga involucrada en una trama violenta.

Después de matar a Alicia Corwin, Root mantiene cautivo a Finch, mientras Reese sigue su pista a través de un contable que tiene problemas con la Hermandad Aria, al final salva a un perro al que llama Bear.

Reese se dirige a texas junto con Carter para salvar a Finch, a través de una pista que conecta a Root con su pasado.

La hija de un diplomático brasileño es el objetivo a casar de un estafador que se hace pasar por su novio.

Un matón irlandés tiene que protegerse de sus antiguos compañeros que le quieren matar.

Reese tiene que proteger a una periodista que es el próximo objetivo a cazar de HR.

Reese y Zoe Morgan se hacen pasar por un matrimonio en un condominio en Long Island para salvar a un ex-ladrón de bancos con un sentido de honestidad.

Una doctora lesbiana se ve extorsionada por un cazarecompensas británico que amenaza con matar a su esposa.

El matrimonio de los Drake esta a punto de romperse debido a las rencillas de ambos.

Un disidente cubano se ve en problemas al adquirir un objeto de valor.

Reese ayuda a una pareja de veteranos de guerra a recuperar el dinero que les fue arrebatado por culpa de un inescrupuloso ejecutivo, al final del episodio, Reese es arrestado.

Mientras Reese esta en la cárcel, Finch se inmiscuye en la vida de un adolescente genio de las matemáticas con problemas emocionales.

Reese es puesto a prueba en la cárcel para evitar que Donelly descubra su tapadera, aunque logra salir de prisión, es emboscado por Kara Stanton, a quien creia muerta en Ordos.

Kara Stanton orquesta una mortal jugarreta con Reese y Snow para vengarse de ellos por intentar matarla, pero al final es eliminada por Snow cuando este detona su chaleco explosivo en su automóvil.

En su primera misión fuera de la cárcel, Reese tiene que proteger a un inteligente pero inmaduro genio del software que por su actitud y personalidad, puede ser asesinado por los que en apariencia eran sus amigos.

Una limpiadora de origen albanés en un hotel sufre la persecución de unos asesinos del gobierno serbio por ser testigo de la muerte de su familia a manos de un militar corrupto.

La máquina señala a una disidente agente del ISA llamada Samanta Shaw que increíblemente trabajaba para personas que saben de la existencia de la misma.

Alan Fahey, un asesino en serie se hace pasar por agente del FBI hasta que Finch llega a desenmascararlo.

Un veterano apostador puede ser la tapadera perfecta para un inescrupuloso empresario dueño de un casino, mientras el detective Szymanski es víctima de un montaje planeado por Alonzo Quinn, quien termina acabando con su vida.

Mientras Reese y Finch protegen a una mujer testigo de prácticas inescrupulosas en una empresa tecnológica, Cal Beecher se acerca demasiado a la verdad, lo que termina costándole la vida.

Un médico veterano es víctima de una mortal trampa biológica, a la vez Fusco es investigado por la muerte del detective Stills(quien fue asesinado por Reese en el episodio piloto).

Cuando un virus provocado por Greer deja casi inservible la máquina, Finch es amenazado por Root para que le ayude a encontrar el origen de la misma.

Después de reactivarse la máquina, Reese sigue la pista de Finch hasta una instalación gubernamental en el estado de Washington donde una confrontación acaba con el consejero especial muerto y con Root traumatizada y encerrada por Finch en un manicomio.

El Equipo tiene la tarea de proteger a un marine que esta a punto de experimentar la peor amenaza de su vida, debido a unos diamantes que su amigo robo a unos mercenarios.

un empresario creador de una red social en internet sufre el acoso de un grupo de ciber-terroristas llamados Vigilance, que promueven la privacidad de las personas en internet.

Shaw, Carter & Zoe Morgan se infiltran en una fiesta nocturna para averiguar de la vida de Ian Murphy, un padre soltero en apariencia un sociopata encantador, que en realidad tiene problemas con su suegro,a la vez, Root escapa del manicomnio no sin antes dispararle a Hersh.

Una abogada defensora tiene problemas con la justicia tras la aparente muerte de su esposo.

Shaw se ve en la misión de proteger a una niña rusa de 10 años que sabe mucho de la trama del trafico de drogas que hay en Bronx, New York, trama que por supuesto involucra a los traficantes y a HR, liderado por Simmons y Quinn.

Un investigador estatal es el objetivo de Vigillance, debido a que su hermano adoptivo tiene cuentas pendientes con el grupo liderado por Peter Collier, mientras Shaw se ve envuelta en un juego urdido por Root, que al final es atrapada y encerrada en la biblioteca por Finch.

Hayden Price es en apariencia un Psiquiatra eficiente, en realidad es un estafador que se vera en problemas al meterse en los negocios turbios del corrupto oficial Patrick Simmons, mientras Carter da con evidencia para derribar a HR, no sin antes eliminar a Raymond Tierney.

Carter inicia una guerra sucia entre los Rusos y los policías corruptos de HR, con tal de hacerlos caer.

Reese es víctima de una caceria humana por todo New york, después de ayudar a Carter a llevar a Alonzo Quinn ante la justicia.

Patrick Simmons es buscado intensamente por la justicia por sus múltiples crimenes, entre las personas que lo buscan esta Reese, quien quiere vengar la muerte de Carter, al final Simmons es asesinado por orden de Carl Elias.

Recuerdos de la adolescencia de Finch proporcionan conocimientos sobre la creación de la máquina. Además, el equipo recibe el número de un hombre ya moribundo, y Reese deja al equipo POI como consecuencia de la guerra con la organización criminal HR.

Root es disparada y capturada por Control. Además, se revela que Arthur ha hecho una copia de Samaritan antes de que fuera destruida. Harold le revela a Arthur que La Máquina existe y lo convence de que destruya a Samaritan.

Reese aborda un avión para escaparse de su vida anterior pero la máquina le cambia el itinerario, haciéndole tomar un vuelo que lo llevará a salvar una vida.

El siguiente caso del equipo es el de Kelli Lin, una ex gimnasta olímpico que ganó la medalla de plata y que luego se revela como un ladrón de antigüedades que ha sido siempre perseguido por la Interpol.

Cuando el número de Sandra, una operadora del 911, aparece, Harold se infiltra en el centro de llamadas 911. Más tarde, un niño es secuestrado y la llamada se enrutada específicamente a Sandra, a quien le ordenan eliminar los registros de llamadas a cambio de la vida del niño.

En 2010, Finch y su guardián ayudan a su número más reciente, un programador que dos agentes de la CIA quieren ver muerto.

Root saca a un ladrón de coches llamado Billy Parsons (Colin Donnell) de un autobús que lo conduce a la cárcel y lo introduce en un centro de aplicaciones para supercomputadoras donde se hace pasar por otro hombre para conseguir un paquete. Cuando su trabajo acaba Parsons es detenido de nuevo por la policía aunque Root le ayuda a que su estancia en la cárcel sea más cómoda. Los caminos de Root y el equipo coinciden cuando la máquina los envía a todos a proteger a un conserje llamado Cyrus Wells (Yul Vazquez) que es buscado tanto por Vigilancia como tecnologías Decima. No se trata de un simple portero ya que tiene un master en finanzas y era multimillonario a los 35 años. Puede tener algo que ver con samaritano, pero no lo tienen claro.

El equipo recibe el número de Maria Martinez (Nazneen Contractor), una ingeniera que trabaja para la compañía internacional de energía HydralCorp. La siguen y se enteran de que ella está trabajando para limpiar el nombre de Omar Risha (Haaz Sleiman), un hombre de Irak sospechoso de ser un terrorista.

El equipo es testigo de su nuevo número, Leona Wainwright es asesinada por un coche bomba. Ella trabajaba para las autorizaciones de seguridad de gestión del gobierno; Finch deduce de la información del celular que fue asesinada por Vigilancia. Su próximo número, el fiscal Mateo Reed (Nestor Carbonell), llega poco después, y Reese y Shaw se envían a una reunión de secundaria en Westchester para impedir el futuro asesinato.

Root parece que se ocupa de las amenazas relevantes ahora que Luces del norte ha dejado de existir y esta vez se lleva a Sameen Shaw para que la ayude. Mientras Décima ha decidido poner en marcha el programa Samaritano, Finch llama a Reese porque necesita su ayuda en el Capitolio, Washington, para proteger a un nuevo número, al senador de Estados Unidos Roger McCourt. Sin embargo, pronto descubren que las únicas personas de las que deben proteger al senador son ellos mismos.

Samaritano está en funcionamiento durante 24 horas, controlando la ciudad de Nueva York, y Greer utiliza la oportunidad para tratar de dar caza a Reese, Sam, y Root. Al mismo tiempo, su gente tratar de localizar a cualquier persona conectada a Finch y localizan a alguien muy importante en su vida que cree que está muerto… Grace Hendricks.

En una serie de FlashBacks a 2010, la narrativa revela la historia de fondo de Collier, el rostro de Vigilancia.

El equipo toma acciones drásticas en un intento por impedir que Samaritano se active y les convierta en sus primeros objetivos. Mientras tanto, el enfrentamiento que ha durado meses contra el grupo terrorista Vigilancia llega a una impactante conclusión.

Reese y Finch intentan rescatar el código fuente de la máquina antes de que se deteriore irreparablemente. Además, Root lucha por su vida ante la arremetida de agentes de Samaritan y Fusco se enfrenta a preguntas difíciles tras la muerte de Dominic y Elias.

La Máquina experimenta un fallo técnico durante su reinicio, suministrando a Reese y Fusco los números de docenas de personas que no están involucradas en crímenes; al mismo tiempo, rastrea a Finch y a Root tras identificarlos como amenazas al basarse en sus comportamientos violentos en el pasado.

Finch, Reese, Fusco y Shaw se embarcan en una última misión para prevenir que Samaritan destruya a La Máquina y consolide su control sobre la humanidad.