Le nouveau numéro dévoilé par la machine est celui de Wayne Kruger, directeur de Lifetrace, une société de courtage de données qui tire profit de la vente d'informations personnelles. La vie de Kruger bascule quand une personne commence, à son tour, à jouer avec ses propres données personnelles. Ses comptes bancaires sont vidés, son mariage brisé, son passé judiciaire révélé, un gros contrat annulé. Reese et Finch découvrent que les attaques proviennent de différentes personnes, toutes plaignantes dans le cadre d'une action collective intentée contre Lifetrace.

Shaw, qui a été enlevée sur ordre de la machine par Root, est obligée de travailler avec cette dernière. Les deux femmes savent seulement que cette mission, donnée par la machine, concerne la survie de cette dernière. Elles doivent sauver un homme, Jason Greenfield, un hacker qui faisait partie de l’organisation de Peter Collier mais qui a voulu la quitter. L’organisation, maintenant connue sous le nom de « Vigilance », menace de le tuer, ainsi que son frère adoptif, Timothy Sloan. Celui-ci s'avère être le nouveau numéro donné par la machine à Finch.

Après la mort de Carter et la guerre avec la DRH, Reese quitte ses amis, toujours extrêmement attristé par la mort de Joss, et part pour le Colorado où son père vivait. Pendant ce temps, la machine tente de donner un nouveau numéro à Harold, mais celui-ci est plutôt réticent. Après avoir été convaincu par Root, il finit par accepter. La nouvelle personne d'intérêt est donc Arthur Claypool, un ancien ami d'Harold quand celui-ci étudiait au MIT.

Harold, Shaw et Arthur sont détenus par Contrôle car cette dernière veux obtenir des informations. Shaw étant déclarée inutile, elle est sur le point de se faire tuer quand Root fait irruption dans la pièce et réussit, avec des armes et l'aide de la machine, à faire sortir les trois personnes vivantes. Cependant, pendant leur fuite, elle est capturée par Contrôle.

La machine donne pour mission à Root de rechercher un concierge avec un passé mystérieux, mais quand sa présence met sa vie en danger, Finch reçoit également son numéro.

Reese et Shaw se font passer pour d'anciens élèves à une réunion de lycée afin de garder les yeux sur le dernier numéro sorti, Matthew Reed, un procureur hanté par un sombre secret de son passé. Pendant ce temps, Finch et Fusco se rendent à Washington pour enquêter sur les motivations de la dernière attaque de Vigilance.

Quand une entité inconnue empêche la Machine de voir l'image complète d'une catastrophe imminente, elle envoie cinq numéros distincts, pour aider l'équipe à reconstituer la vue d'ensemble. Une équipe de hackers, recrutés par Root, débarque à New York.

L'équipe prend des mesures désespérées dans sa course pour empêcher Samaritain d'être mis en ligne et de cibler ses premières victimes. Pendant ce temps, de longs mois de bataille avec le groupe terroriste anti-surveillance Vigilance arrive à une conclusion choquante.